シアトルで若い女性が誘拐され、殺害されるという事件が起こり、BAU（FBI行動分析課）に捜査の要請がかかる。過去の行き過ぎた捜査により、半年間現場を離れていたベテランのギデオンも呼ばれるが、それは密かに上層部がギデオンの執務能力を検証する査定でもあった。ギデオン、そしてBAUは、新たな女性を誘拐し、拉致している連続殺人犯を見つけ出すことができるのか？

フロリダ州パームビーチで起こった爆破事件の捜査に乗り出したBAU。現場から集められた破片を元に爆弾を復元したモーガンは、そのあまりの精巧さに驚き、同時にある人物に思い当たる。事件の鍵を握ると思われるその人物に会いに、ある場所に向かったギデオン。その人物こそ、ギデオンの心に深い傷を負わせ、現場を離れる原因となった張本人だった。

BAUは、白昼堂々と犯行を繰り返す連続暴行殺人事件の犯人をプロファイリングするためにサンディエゴに飛んだ。犯人は被害者の目を見開いた状態にして接着剤で固めており、4件目の犯行からは現場に17世紀の物語詩の1節を残していた。幅広い知識を持つリードは、これらの異常行動から犯人像を読み解こうとするが、そんな中、新たな殺人未遂事件が報告される。

BAUは、有名弁護士の双子の娘の一人、パトリシアが誘拐された事件の調査をはじめる。誘拐犯の狙いはお金ではなく、もう一人の双子の娘、シェリルのようだった。身代金受け渡しの指示もシェリルに出したいと要求する誘拐犯。犯人の真の目的を探るため、大胆な行動に出るギデオン。BAUのメンバーたちは、犯人にシェリルを渡さずに捕われているパトリシアを救うことはできるのか？

イリノイ州で連続狙撃事件が発生。犯人は白昼に遠距離から無差別に狙撃し、その行動は次第にエスカレートしていく。BAUは調査を開始するが、秘密裏に行われていたはずの捜査がなぜかマスコミに漏れ、ニュースで大々的に流れてしまう。射撃の適性試験に落ちてしまい、銃の所持を禁じられていたリードは・・・。

BAUは、旅行に出かける直前の幸せな家族を襲った殺人犯の調査に乗り出す。事件を調べていくうちに、数か月前に同様の手口で別の一家が殺害されていることが判明した。リードは、ギデオンに命じられ、不安を抱えながらも容疑者との面会に一人で赴くが、戸惑いつつも独自のプロファイリングで容疑者の心の闇に迫っていく。

首を一気に切られた老夫婦の惨殺死体が発見される。さらに死体には拷問の痕跡も見受けられた。しかしギデオンは、バスタブに残された血痕から第三の被害者の存在を指摘、さらに異様に熟達した殺害手口から、犯人は何度も殺人を経験していると推測。そして彼らの調査は幾つかの未解決事件にたどり着くが・・・。

飛び込み自殺によって停車した長距離列車にたまたま乗り合わせてしまったエル。すると、乗客の中にいた男が突然警備員を射殺し、奪った銃で乗客を人質にとり、「権威ある者」との交渉を要求しはじめる。それは、天才的な物理学者でありながら、病的な妄想に取り付かれた男だった。身動きが取れないエルのもとに現れたのはリードだった・・・。

ヴァージニア州である高校の人気者が撲殺された。犯行現場に残された証拠を調査していたＢＡＵは、悪魔崇拝のカルト集団が犯行に関与している可能性を導き出す。遺体発見現場の近くからは、頭蓋骨が割れた白骨死体が発見される。そこには、その仮説を裏付けるある文字が残されていた。

テネシー州の平和な街で、64年ぶりに殺人事件が発生、残された遺体からは内臓と血痕が抜き取られていた。現地に向かったＢＡＵだが、週末にスカイダイビングで怪我をしていたギデオンだけは現場に行けず、代わりに、普段は現場へ赴かないガルシアを遠隔操作してプロファイリングにあたる。

昼間の明るい運動場で少女が突然姿を消した。少女が母親と口論して行方がわからなくなる前に、離婚して別れて暮らす父親に電話していたため、ＢＡＵはまず父親の関与の可能性を考えた。しかし、少女の父親にはアリバイがあり、第三者による誘拐の線が濃くなった。誘拐は発生から24時間以内に被害者が殺害される確率が高い。残されたわずかな時間で少女を救うことはできるのか？

ニュージャージー州の小さな街で、ＬＳＤによる幻覚症状のため一日に7人もが病院に運び込まれた。そのうちの一人は酷い幻覚のため自分の息子に怪我を負わせていた。何者かが故意に毒物を混入している事件として、ＢＡＵがプロファイリングに乗り出した。ところが操作を進めていくと、被害者は誰一人としてＬＳＤを摂取する経緯を覚えていないことが判明する・・・。

12人もの少女の連続殺人の容疑で逮捕された夫婦に死刑執行の時が迫っていた。ところが、13人目の被害者が発見された新たな犯行を調査するためにＢＡＵはフロリダに向かった。妻と面会したギデオンは彼女が実は無罪で、夫の犠牲者の一人なのではないかと疑い始める・・・。

長い間沈黙を守ってきた連続殺人魔が、BAUに5日以内に次の犠牲者を殺す、と予告してきた。20年前に7人の女性が殺害された事件だったが、犯人は突然犯行を続けることをやめ、ギデオンの先輩である元捜査官が事件を解決できぬまま引退していた。ギデオンは彼に捜査の協力を求める。

建設中の空き巣に忍び込んでいた大学生5人が惨殺された。現場には皮を剥がされたり、杭を刺された凄惨な死体が残されており、ギデオンは複数による犯行とプロファイルする。死体損壊の様相が、先住民の戦いの儀式に酷似しており、さらに現場の土地も元々先住民の土地であったことから、ある一人の男が浮上する。

マンハッタンで猟奇連続殺人事件が発生。犠牲者はいずれも目隠しをされ、胸を銃で撃たれた上、耳から脳に向かってナイフを突き立てられていた。犠牲者に共通点が見い出せないことから、同一犯ではないのではと思われていたが、やがて警察は、犯人が有名な猟奇殺人犯”サムの息子”を真似ていることに気付き始める。さらに新たな被害者が出て、パニックを危惧したＢＡＵは事件の詳細発表を控えるが、新聞のスクープにより事件が報道されてしまう。

ギデオンとリードは、ロサンゼルス市警に招かれ、プロファイリングのレクチャーをするためカリフォルニアへ向かい、リードはそこでライラという女優と知り合う。翌日ギデオンとリードが帰途に着こうとしていると、ハリウッドで若手女優が殺害される事件がおこる。以前にも同様の事件が発生していたことがわかり、急遽ロサンゼルス市警よりＢＡＵへ、正式に捜査が要請されることとなる。

メキシコの小さな街で殺人事件が発生。この地域では年配の女性を狙った同様の惨殺事件が2年間で11件も発生していることが発覚するが、連続殺人をアメリカ文化の産物と考えるメキシコ当局は、連続殺人を否定するためにあえてＢＡＵをメキシコに招く。家族団欒のさなかに呼び出されたホッチナーは、仕事の責任と家族生活との間で微かなほころびを感じつつ、メキシコへ飛ぶ。

4人の女性が拷問の末に溺殺されるという連続殺人が発生。殺人は、マーク・グレゴリーという男と特定されているのだが、容疑を次々と変えては犯行を続けるため、まったく足取りがつかめない。水を使った殺害方法であることから、なんらかの「清めの儀式」の意味があると推測したギデオンたちは、過去を洗うことで行き先を突き止めようと、犯人の実家を訪ねる。

ＣＩＡ工作員ジョン・サマーズの死亡記事を見て、ギデオンは、ＣＩＡ対テロ対策チームのリーダーであり同時に戦友でもあるブルーノに連絡を取る。数日前にサマーズの精神鑑定を行ったばかりのギデオンは、自殺という公式発表が信じられず、この死亡記事にはなんらかの裏が隠されていると感じたのだ。サマーズがＣＩＡ内部の二重スパイによって殺害されたらしいことを知ったギデオンは、ＢＡＵを率いてＣＩＡに乗り込み、誰が二重スパイなのか捜査し始める。

ＢＡＵのメンバーは、久しぶりの長期休暇をそれぞれ楽しんでいた。エルとモーガンはジャマイカのリゾートホテルへ向かい、ホッチナーは家族サービス。リードは静養する母親のもとへ行っていた。ところがジャマイカで熱い夜を過ごしていたエルが真夜中に突然逮捕される。同じころ、ホッチの家には電話がかかり、そして、オンラインゲームをしていたガルシアのパソコンには、ハッカーが侵入していた・・・。