未然犯罪搜查對策準備室，通稱「未犯」，負責搜集、分析日本國民各種個人情報和全國防盜錄像，由AI根據統計學找出「未來的犯罪者」，對其進行潛入、跟蹤搜查，以防患於未然。這個部門的領導井澤范人原為公安的精英刑警，但因為「未犯」系統的測試案件「0號」的冤案，其妻女被殘害。他平時舉止溫和、飄逸，不可捉摸，但實際上他作為刑警有著超越許可範圍的凶暴性，因此被上層視為危險人物。為了阻止「未犯」系統推算出來的犯毒團伙中的內鬥，井澤與山內、小田切等人一起潛入往來於東京、香港之間的郵輪。在新加入的黑客加賀美聰介的幫助下，他們預防犯罪的行動取得成功。過了幾天，井澤和山內、小田切以及新成員精英警察吉岡被召集到「未犯」的新據點。那裡位於已經決定搬遷的公營批發市場的地下。等著他們的人是法務省官員北見俊哉和自願成為「未犯」總負責人的香阪朱裡。香阪當著眾人的面，談及井澤的過去及其危險性，表示要重新評估人員，同時也指示大家進行暗中調查。這一次，系統首度同時排查出兩名危險人物。井澤與危險人物——律師田代智之、剛出獄的風俗店店員籐倉尚也進行接觸，但是沒有發現二人的交集。

原警察廳次長町田獲保釋後失蹤，最後被發現已經死亡。井澤因此案接受警視廳搜查一課的早川的訊問。而後，井澤隔著魔術鏡向在另一邊看著的香阪提出要進推心置腹地談一談。與香阪對崎的井澤，談及當年殺害他妻女的凶刀在一個月前被人送來，又詢問香阪為何去面見因殺害他妻女而坐牢的犯人宇佐美。另一方面，命令山內監視井澤的公安部部長曾根崎宣佈町田之死表面上看是自殺，與此同時，他叮囑山內要一刻不停地盯著井澤。這時，「未犯」發現了新的危險人物。目標是跟蹤住在附近的女高中生時田明日香的無職遊民馬場智樹。但是，馬場有意識地規避跟蹤犯限製法，其行為不足以說是觸犯法律。另外，馬場因為賭博欠債被黑社會追索。看起來，他並非單純的跟蹤狂。而被跟蹤的明日香本是個優等生，但最近卻不知何故開始逃學了。井澤他們開始臥底調查。就在他們調查時，有人綁架了明日香。這起少女綁架案背後隱藏著驚人的事實。為了在24小時內救出少女，「未犯」開始行動起來。

「未犯」系統排查出了新的危險人物。那個人是屬於知名芭蕾舞團的日本芭蕾舞界的希望之星八尋舞。舞在網絡上買了達到致死劑量的毒藥，而且多次瀏覽介紹如何用毒物殺人的網頁。山內注意到舞報名參加了一周後舉行的世界級舞蹈大賽。警方懷疑舞要除掉的目標是她的競爭對手、接受精英教育且與舞屬於同一芭蕾舞團的瀨川綾乃。井澤等人在進行臥底搜查的同時，在舞的房間裡安裝了攝像頭。但是，就在這時，舞因目擊建材墜落導致人員受重傷的事故，受刺激失去意識，被送到醫院。她因受刺激過度而失憶，連患重病住院的好友安達智花也不記得了。自從失憶後，舞一掃最近的萎頓狀態，好像恢復了過去的良好狀態。但是，井澤他們懷疑她的殺意是不是真的與記憶一起抹掉了，仍然密切關注著她的動態。而小田切臥底調查時與在心理治療小組相識的筱田浩輝重逢，對方問及她的真實姓名。

香阪找來井澤等人，指示他們去調查「未犯」所預測出的新的危險人物。那個人是給想自殺的人提供咨詢的NPO法人杉原佳代。佳代不但在尋找讓人看起來失蹤的方法，還購買了散彈鎗。還有一件事引人注意，佳代有令她不能釋懷的過去。她是十年前發生的「大森山無差別殺傷案」的被害者家屬。井澤與山內一起潛入佳代任法人的NPO當工作人員。另一方面，小田切與吉岡假扮成私奔到東京的情侶，造訪佳代的共享公寓。不久後，他們聽說，長期住在佳代的共享公寓裡的保育員佐籐奈奈三個月前與佳代發生爭執後搬走了。實際上，奈奈是當年殺人案的犯人的妹妹。所以，佳代與奈奈是被害者家屬與加害者家屬的關係。井澤等人懷疑佳代是向加害者的家人復仇。另外，平時很冷漠的香阪不知為何對這個事件表現得特別積極，親自出馬調查，這讓井澤他們覺得不可思議。

議員兒島祐三及警視廳、法務省的高層官員前來視察井澤等人作為據店的「未犯」總部。負責引導的香阪介紹了「未犯系統」迄今為止的成績，還報告了目前被確定為危險人物的大學醫院醫生真田雄大的調查情況。真田購買了蘭博刀，而且在網上匿名發表了對同院醫生益子博文充滿仇恨的言論。益子博文是人稱「超級醫生」的外科醫生。真田說自己被趕出大學醫院，下個月要到離島赴任。潛入醫院調查的山內和小田切緊盯著真田和益子，但還是發生了不測事態。就在他們追蹤可疑男子的時候，益子被告人用刀刺傷，而真田就站在一邊。益子被送去接受緊急手術，搜查一課的早川把真田作為重要嫌疑帶走審問。當著視察的議員們的面，「未犯」小組丟了臉。他們一邊承受著來自曾根崎的壓力，一邊全體出動尋找真田無罪的證明。井澤和加賀美發現「未犯」系統的數據是被人捏造，於是，造訪情報機關，尋找醫療相關情報。在那裡，接待他們的是「未犯」曾經的負責人東堂定春。

在升學率很高的名校就讀的17歲高中生淺井航，殺害了在美術館遇到的26歲全職主婦松永由貴並分屍，這件聳人聽聞的慘案引起全社會嘩然。無論如何都想把井澤趕出「未犯」的公安部部長曾根崎正人，責問「未犯」系統為何沒有探知這件案子，並要追究井澤的責任。「未犯」的總負責人香阪提議，儘管航已被捕，但還應該重新調查此案。於是，井澤等人開始調查這件已經發生的案子。井澤扮作精神科醫生，為航進行精神鑒定。在全國模擬考試中奪得第一名的航，面對井澤的詢問，採取挑釁的態度，問井澤的鑒定是不是能看透他的心。而且，當被問及動機時，他坦承自己想試試殺人。航在處理由貴的屍體時，擦除了血跡，完全湮滅的證據，雖然他的偽裝工作做得不錯，但是對於決定性證據——防盜錄像機拍到的由貴進入航的公寓的視頻，卻像是完全沒注意到似的。井澤等人懷疑航是否真是獵奇殺人犯，也想弄清航與由貴之間到底發生過什麼。在與航對決的過程中，井澤團隊通過臥底調查漸漸明白了航的本性。終於，「未犯」找到了令人意外的真相。

負責「未犯」的香阪終於向井澤吐露心聲。香阪表示，雖然對於無法擁有家人的自己來說，可能無法對井澤所背負的傷痛產生共鳴，但是，如果他們希望用預防犯罪的想法是一致的，那麼她會與井澤共同推動「未犯」的法制化。她還提出，要抓住即將召開的東京峰會，以及稍後舉行的奧運會的好機會宣傳「未犯」。井澤等人開始調查危險人物、大型健身俱樂部社長仁科紗耶香。在五年前發生的強盜殺人案中，紗耶香的丈夫輝幸被殺，紗耶香自己也身受重傷幾乎喪命。輝幸死後，紗耶香繼承了公司，發揮經營才能，讓公司業績蒸蒸日上。但是，她卻秘密購買了無法被檢測出的危險毒藥。井澤扮成體育教練，山內、小田切扮作會員開始臥底調查。最初，浮現在他們視野中的人是紗耶香公司擁有的企業體育隊的教練辰巳。辰巳向紗耶香敲詐勒索。但是，隨著調查的深入，井澤他們發現辰巳頗有男子氣概，也沒有金錢方面的困擾。另一方面，山內發現紗耶香的秘書江波擅長格鬥。「未犯」團隊搞不清紗耶香到底要殺誰。就在這期間，有新的人物與紗耶香接觸。他就是科學搜查研究所的主任研究員真鍋。真鍋是個不惜時間、精力為被害者追查真相的人，指導解決過無數疑難案件。而五年前就是他負責輝幸與紗耶香被襲擊的案件。

雖然「未犯」系統探查到但沒能展開調查的三個危險人物失蹤了。這三個人分別是：從地主手中騙取土地並打算將之殺害的地產騙子，給不能還借款的人買保險然後殺掉借款人的SNS高利貸經營者，將用水上摩托殺害女性的案件一筆勾銷，還準備殺害目擊證人的政治家的兒子。公安部的部長曾根崎來到井澤他們的辦公室，提到曾經暗中消滅法律無法制裁的犯人的前「未犯」調查員田村薰巡查部長的事，指出有人繼承了田村的事業。實際上，井澤等人沒能逮捕的大型健身俱樂部社長仁科紗耶香也失蹤了。曾根崎懷疑有人在綁架並殺死兇惡的罪犯，而且「未犯」團隊中的人與一連串的失蹤案件有關，他說話的口氣好像井澤就是犯人一樣。對此，香阪宣佈，為了證明團隊中的人與失蹤案件無關，他們會調查出真相。「未犯」團隊對三件失蹤案展開調查後，發現被認為是那些人遭綁架的場所都沒有防盜錄像設施。但是，他們調用行車記錄儀等設備，得到了疑似罪犯的人的畫像，並用畫像和步行認證對照，來鑒定犯人是不是「未犯」團隊的人。結果，一個意料之外的人物浮上水面。

恐怖分子有可能針對東京峰會進行炸彈襲擊，就在此時，香阪失蹤了。井澤得知香阪的平板電腦裡存著與恐怖分子有關的數據。但是，山內和小田切不相信一直推動「未犯」系統合法化的香阪會與恐怖分子有關。井澤告訴山內他們香阪的過去：26年前，香阪的父親在電影院散佈神經毒氣造成多人死傷，在案發前數年，香阪的父母離婚，香阪由與法務省官員再婚的母親撫養。而實際上，香阪還有一個弟弟，那個弟弟也被捲入了父親的罪行中。那時，香阪的弟弟奇跡般地保住了一條命，但卻因為世人強烈的攻擊而在絕望中自殺。香阪一直想向弟弟贖罪，背負著殺人犯之女的沉重的十字架生活著，按理說她不應該製造恐怖襲擊。但是，他們不明白香阪為何不依賴「未犯」而單獨行動。這時，加賀美發現香阪在利用「未犯」系統調查了什麼。那是遊走於海外戰亂地帶、被認為進行恐怖活動的原僱傭兵裡谷隆一等人的情報。另一方面，警視廳在副總監指揮下設立緊急特別搜查總部。調查員們正在徹查潛在的恐怖分子。這時，井澤查到裡谷是只有公安的高層才知道其存在的「馬特克」的合作者。於是，他去找曾根崎。

針對東京峰會的恐怖襲擊被扼殺了，但是，到最後，被認為與恐怖襲擊有關的香阪被人射殺。SAT聽到槍聲後趕來，要逮捕拿著槍站在香阪屍體旁邊的井澤。井澤打倒SAT和趕到現場的山人，奪路而去。面對這樣的井澤，山內舉槍射擊。曾根崎接受調查時，否認與恐怖襲擊有關。另一方面，警視廳上層把責任全推給死去的香阪，「未犯」面臨解散的危機。就在這時，小田切的男友筱田被人襲擊。小田切看著筱田給自己拍的照片，注意到不同的照片中都拍到了同一個人物。他就是與這次恐怖襲擊有關的諏訪樹生。筱田可能是因為「未犯」而被捲入了案件中。小田感到自己對他的被襲自己負有責任。為了不讓香阪白死，為了抓住真見，「未犯」團隊振奮起來。這時，關於香阪被害案，加賀美終於心情沉重地開口了。他談起自己在26年前電影院毒氣案中所救的一個少年的故事。「未犯」團隊諸人懷著各自的想法為了找出真兇而行動。

井澤等人發現恐怖襲擊計劃的幕後黑手水島步的真實身份是筱田。這時，「未犯」系統查知加賀美是危險人物。26年前，在電影院發生神經毒氣恐怖襲擊事件之際，加賀美救下了犯人的兒子步，對他談起「未犯」系統的事。因為是加害者的家人而飽受攻擊的步，希望「未犯」更加強大，消滅世上的犯罪。但他囿於這樣的想法，結果行為失控。加賀美加入「未犯」，也是為了能親手了結這樣的步。加賀美攜手槍前往筱田所住的醫院。井澤與吉岡趕去阻止加賀美。山內在被黑客諏訪遇害之處——筱田的基地，與搜查一課的早川會合。然後，早川告訴山內，諏訪用槍打了筱田，但被對方反擊射殺，而且小田切的骨傳輸器也被人安裝了精巧的竊聽器。用無線電把香阪叫出來並將其殺害的人也是筱田。小田切接受監察官的審訊。她為香阪之死自責，決定辭掉警察的工作。就在這時，「未犯」系統查知筱田是危險人物。筱田與前僱傭兵裡谷一起行動。井澤等人知道筱田還持有炸彈，為了解決一切他們決定出擊。