Świat da Vinciego zaczyna się rozpadać po tym, jak Otranto zostaje rozszarpane przez osmańskich najeźdźców. Na polu bitwy, Turcy wykorzystują broń stworzoną przez Leonarda, której projekty zostały skradzione przez kogoś, komu ufał.

Leonardo planuje ucieczkę z Otranto, ale jego bliscy mogą wciąż znajdować się w niebezpieczeństwie.

Leonardo przeprowadza śledztwo w sprawie straszliwego morderstwa, co może w rezultacie doprowadzić do ujawnienia Labiryntu.

Usiłowania Carla, mające na celu zaprogramowanie Leonarda, by stał się „jednością” z Labiryntem, sprawiają, że trafia do alternatywnej rzeczywistości, która może zagrażać jego życiu.

Ogarnięty paranoją Leonardo odcina się od swoich przyjaciół. Tymczasem zagrożona Lukrecja szuka sposobu na odpokutowanie grzechów z przeszłości.

Potwór z Italii zostaje złapany, ale wciąż czyhające niebezpieczeństwo stanowi zagrożenie dla nadchodzącego Festiwalu Krucjaty.

Do Florencji powraca stary wróg, który krzyżuje plany krucjaty. Vanessa i Nico stawiają swoją przyszłość pod znakiem zapytania, a Leonardo usiłuje rozszyfrować, w jaki sposób zbudowana jest turecka zbroja.

Leonardo powraca do miejsca swojego urodzenia. Riario wyznaje Wawrzyńcowi, że zamordował Klarysę. Vlad testuje lojalność Zoroastra i Nico. Tymczasem dzięki Księdze Liści Da Vinci odkrywa nową broń, równie potężną co niemożliwą do opanowania. Vanessa i Wawrzyniec zbliżają się do siebie.

Leo i Sophia napotykają na problemy, starając się przejąć kontrolę nad ich tajemniczym wynalazkiem. Tymczasem we Florencji, Riario oczekuje na wyrok, a związek Wawrzyńca i Vanessy przechodzi na kolejny poziom.

W miarę jak zbliża się termin ostatecznej bitwy, Wawrzyniec i Vanessa jeszcze bardziej się do siebie zbliżają. Lukrecja zabija syna sułtana, umożliwiając tym samym ucieczkę sobie, Sophii i Zoroastrowi, by móc dokończyć realizację planu Leonarda. We Florencji, Riario oczekuje na swoją egzekucję.