Османский флот уже на подступах к Отранто, но Леонардо удаётся остановить турок с помощью своего изобретения — скорострельной пушки. Лоренцо и Альфонсо празднуют победу, но турки не собираются сдаваться так просто. Риарио вновь удаётся завоевать расположение Папы Сикста, с чьей помощью он надеется воплотить планы Лабиринта в жизнь. Кларисса Орсини прибывает в Рим и полна решимости разыскать Карло и заставить его заплатить за предательство родной семьи.

Леонардо, Зороастр и Пьеро пытаются выбраться из руин Отранто, не попав в лапы к туркам. В попытках спасти мирных граждан они оказываются заперты в церкви, со всех сторон окружённой противником. Казалось бы, выхода нет, но гений Леонардо всегда готов найти путь, по которому человек ещё не ступал. Риарио удаётся убедить Папу Сикста объявить крестовый поход, но для этого Ватикану нужно сперва заручиться поддержкой союзников, первым и важнейшим из которых является Венеция. Сикст поручает Риарио убедить Лауру Черету, прибывшую из Венеции за телом брата, пересмотреть соглашения республики с турками и примкнуть к воинству Господа.

Чтобы одолеть турок, Леонардо нужны союзники. В столь отчаянной ситуации он готов даже искать примирения с Папой Сикстом. Сикст готов предложить Леонардо место в крестовом походе, если тот докажет свою ценность, раскрыв убийство кардинала Родриго. Вместе с Риарио Лео начинает расследование, которое вскоре приведёт его к заклятому врагу. Тем временем Зороастр печалится о предательском союзе друга и впервые пробует опиум, а Никколо Макиавелли предпринимает попытку реформировать систему налогообложения Флоренции.

Со времён османского вторжения прошли годы. Турецкая армия была разбита, а сыны Митры повержены. Лабиринт уничтожил Книгу жизни, вышел из тени и открыто правит Римом. Леонардо да Винчи и его жена Лукреция живут тихой мирной жизнью неподалёку от священного города и растят сына, Андреа — верного последователя Лабиринта. Сам Лабиринт, в честь заслуг Лео перед новым режимом, закрывает на его вольнодумство глаза. Но что-то во всей этой картине не складывается.

Зо и Лео возвращаются во Флоренцию. Вскоре туда же прибывает и Риарио вместе с синьорой Черетой, намеренные убедить город присоединиться к Крестовому походу. Да Винчи сразу же запирается в своей полуразрушенной мастерской и начинает работать над оружием, способным одолеть Османскую армию, а Зороастр помогает Нико и Ванессе найти способ пополнить городскую казну. Тем временем Лукреция в поисках страницы из Книги жизни находит Лупо Меркури. Бывший кардинал сильно изменился с их последней встречи и теперь живёт затворником в лесу.

Лоренцо де Медичи удаётся сбежать из турецкого плена. Он возвращается во Флоренцию, приходит в бешенство от текущего положения дел и сразу же расторгает все только сложившиеся договорённости с Римом. Отныне Флоренция не считает себя частью Италии и живёт сама по себе. Леонардо пытается переубедить старого друга, но безуспешно. Вместе с Зо и Нико они отправляются на поиски новых союзников, которые помогут Крестовому походу преуспеть.

Леонардо возвращается в родной край, надеясь встретить там Софию и получить у неё страницу из Книги жизни. К несчастью, в Винчи его ждёт не только София, но и старый враг. А Зо и Нико прибывают ко двору князя Влада Дракулы. Увы, несмотря на то, что князь сразу признаёт наличие общего врага и видит резонность аргументов своих гостей, он всё ещё чересчур раздосадован их прошлым визитом — поэтому так просто Зо и Нико не отделаться.

Леонардо, София и Зороастр изучают устройство, созданное по чертежам из Книги жизни, и понимают, что смогут использовать его против турецких доспехов. Тем временем оснащённая теми же доспехами папская армия выдвигается навстречу турецкому войску. А во Флоренции идёт суд над Джироламо Риарио, который, впрочем, сразу признаёт себя виновным во всех убийствах и с радостью добавляет обвинению несколько новых пунктов.

Леонардо объясняет соратникам свой план и готовится к финальной стадии. Вместе с остатками разбитого папского войска он выходит дать османам последний бой, чтобы выманить их на открытую местность, где Зо и София смогут раз и навсегда покончить с врагом с помощью устройства из Книги жизни. Увы, чтобы с кем-то покончить, Зо и Софии требуется для начала выбраться из турецкого плена. А пока на юге разворачивается битва за жизни итальянцев, во Флоренции приговорённый к смерти Риарио начинает вести бой за их умы и души.