Leonardo ed I suoi alleati sono costretti a ritirarsi quando la flotta ottomana invade Otranto. Leonardo scopre che le terribili armi dei turchi sono copiate dai suoi disegni.

Leonardo ed i suoi amici aiutano i sopravvissuti ad abbandonare Otranto. Vanessa aiuta i Signori a decidere il destino di Firenze. Il Papa Sisto va avanti con il suo piano di formare un esercito per le sue Crociate. Clarissa continua a cercare Carlo.

Leonardo vuole allearsi con il Papa per avere i fondi per costruire le armi necessarie a sconfiggere i turchi. Riario e Leonardo collaborano per risolvere un omicidio.

Il tentativo di Carlo di riprogrammare Leonardo per farlo diventare parte del “Labirinto” gli procura delle allucinazioni su una realtà alternativa che può mettere a rischio la vita di Da Vinci.

Leonardo, sempre più paranoico, si allontana dai suoi amici, mentre Lucrezia cerca un modo per fare ammenda degli errori commessi in passato e prova ad avere nuove informazioni sul Libro delle Foglie.

Leonardo non vuole che Firenze partecipi alle crociate contro i turchi. Lorenzo bandisce Leonardo da Firenze. Lucrezia trova la madre di Leonardo mentre viene scoperto un segreto di Sophia.

Mentre Nico e Zoroastro vanno a chiedere il sostegno per le crociate ad un vecchio nemico, Leonardo torna a Vinci ma subisce un’imboscata da parte degli uomini del “Labirinto”.

Leonardo e Sophia lottano per controllare il misterioso dispositivo che hanno costruito. Nel frattempo a Firenze, Riario attende il giudizio per i crimini commessi mentre Lorenzo e Vanessa portano la loro collaborazione ad un nuovo livello.

Dopo l'imboscata dell'esercito ottomano ai danni dei Crociati, Leonardo deve fidarsi di se stesso e dei suoi amici se vuole avere una possibilità di sconfiggere i turchi.