A Pazzik támadása nyomán Firenzében kitör a káosz. Leonardo da Vinci az egész város jövőjét kénytelen kockáztatni, miközben megpróbálja megmenteni a halálos sebet kapott Lorenzo de Medicit. Lorenzo távollétében Clarice igyekszik megvédeni a Medici-palotát. Riario megelőzi da Vincit a Levelek Könyve utáni hajszában.

Leonardo minden zsenialitását latba veti, hogy helyreállítsa a rendet Firenzében. Szixtusz pápa és Federico, Urbino hercege szövetséget kötnek Ferrante nápolyi királlyal, hogy végleg legyőzzék Firenzét. A Medici-palotában Clarice-re nehezedik az uralkodás minden terhe. Mindeközben Nico próbál ellenállni Riario csábításának, és igyekszik hűséges maradni Mesteréhez.

Leonardo egy szokatlan találmány segítségével meglovasítja Alfonso nápolyi herceg egyik hajóját, és folytatja a Levelek Könyvének felkutatását. Szixtusz pápa durva lépéseket tesz Firenze ellen, így Lorenzo és Piero kénytelen Nápolyba utazni, hogy tárgyalásokat kezdjenek Ferrante királlyal. Carlo, Cosimo törvénytelen fia segítséget ígér Clarice-nek Lorenzo távollétében. Lucrezia Rómába utazik Quon Shan társaságában, hogy meglepő titkot tárjon fel Mercuri előtt.

Térkép nélkül da Vinci nehezen boldogul az Atlanti-óceánon, így a hajó babonás rabszolgái kezdenek elbizonytalanodni a küldetés sikerét illetőleg. Mercuri becsempészi Lucreziát a Vatikánba, aki saját otthonában akar bosszút állni az ellenségen. Miközben Nápolyba tartanak, Lorenzo és Piero lelepleződnek.

Leonardo és legénysége megérkezik az Új Világba, de egy ellenséges inka törzs fogságába esnek. Riario és Nico oldalán szörnyű próbák várnak rájuk, amelyeket az inka törzsfőnök, Topa Inca ró ki rájuk, aki egy titokzatos papnő, Ima tanácsait követi. Lorenzo régi szerelme, Ippolita segítségével próbálja megmenteni Firenzét. Mindeközben Clarice Carlo közreműködésével igyekszik visszaszerezni a Medici-bank feletti irányítást.

Leonardo és Riario egyaránt hihetetlen kihívásokkal néz szembe, miközben megpróbálnak bejutani a Mennyek Barlangjába, hogy megszerezzék a Levelek Könyvét. Kettejük sorsa összefonódik, és egyikük szörnyű áldozatra kényszerül. Lorenzo részt vesz Ferrante király véres játékán, mert abban reménykedik, hogy helyet szerezhet magának az uralkodó asztalánál. Lucrezia épp Konstantinápolyba tart, ám egy váratlan találkozás feltartóztatja.

Leonardo és szövetségesei a Levelek Könyvének keresése során folyton farkasszemet néznek a halállal. A veszélyek próbára teszik Leonardo zsenialitását, miközben a csapatnak egy belső ellenséggel is meg kell küzdenie. Carlo Clarice segítségére siet egy váratlan fenyegetés miatt, így kapcsolatuk elmélyül. Mindeközben Konstantinápolyban Lucrezia behálózza Bayezidet, II. Mehmed császár fiát.

Míg Leonardo és Riario a halált várja, Zoroaster és Nico szökési tervet eszel ki. Nápolyban Ippolita segítségével Lorenzo kieszközöl egy audienciát az őrült Ferrante királynál. Bayezid Rómába érkezik tárgyalni, de Szixtusznak más tervei vannak.

A bosszúszomjas da Vinci Otrantóba érkezik, ahol az ottomán flotta Itália megtámadására készül. A támadás visszaverésére egy valószerűtlen szövetség formálódik, ám egy váratlan találkozás miatt a tervek félresiklanak. Mindeközben Riariót megfenyegetik, Nico pedig saját kezébe veszi Vanessa sorsát.