פירנצה נופלת לתוך כאוס כשהפאצים תוקפים בכל הכוח. לאונרדו חושף קבוצה אויבים מסתורית, ונאלץ להמר על עתידה של פירנצה, כשהוא מנסה להציל את חייו של לורנצו שנפצע אנושות.

לורנצו מצליח לשוב אל הארמון ואל כס השלטון בעזרתו של דה וינצ'י. האפיפיור סיקסטוס והדוכס פדריקו כורתים ברית עם המלך פראנטה מנאפולי, כדי להביס את פירנצה.

האפיפיור מטיל חרם על פירנצה. בינתיים, לוקרציה הוגה תכנית כדי להיפגש עם אביה הכלוא, ודה וינצ'י מנסה לגנוב את ספינתו של הדוכס אלפונסו.

ליאונרדו וריאריו מבינים כי הכניסה אל תיבת השמיים אינה פשוטה כפי שחשבו. לוקרציה פוגשת את הטורקי.

לאונרדו מתאחד עם ריאריו וניקו בעולם החדש. לורנצו מנסה להציל את פירנצה בעזרת אהבה מהעבר, וקלריס נאבקת להחזיק בשליטה על בנק מדיצ'י.

לאונרדו מגלה סודות חדשים כשהוא נכנס אל דלת גן העדן, ואתגרים ניצבים בפניו ובפני ריאריו. כשגורלם שלוב זה בזה, אחד מהם יצטרך יאלץ לשלם מחיר כבד.

האחווה מגיעה אל תיבת השמיים, הטומנת בחובה סודות, סכנות והטעיות רבות המובילות את גאונותו של ליאונרדו אל נקודת שבירה. בינתיים, לוקרציה מגיעה אל יעדה, וחייה של קלריס מצויים בסכנה.

בעוד ליאונרדו וריאריו מתכוננים למותם, ניקו וזורואסטר מתכננים את בריחתם. בינתיים, לורנצו מתכנן פגישה עם מלך נאפולי.

פרק סיום העונה. מונע על ידי נקמה, דה וינצ'י מגיע לאוטרנטו, שם הצי העותמאני צפוי לתקוף את איטליה. סיקסטוס, אלפונסו ולורנצו חייבים לאחד כוחות עם דה וינצ'י כדי להדוף את האיום, אבל שם מצפה להם הפתעה...