Стараниями верных дому Медичи людей Орсини удаётся укрыться во дворце, откуда та пытается организовать сопротивление Пацци и остальным захватчикам. Риарио, тем временем, выпытывает у Лукреции возможное местонахождение Да Винчи, однако одержимость мужчины преследованием художника не находит понимания у его окружения. Леонардо же, в попытках спасти Лоренцо, решает использовать описанный арабским учёным новаторский метод, в ходе чего его посещает видение. В это же время Нико и Зо попадают в ловушку недавнего противника, имеющего на одного из них далеко идущие планы.

Не в силах подтвердить, что её супруг жив, Орсини вскоре узнаёт о ещё одной проблеме помимо Пацци, настраивающего горожан против Медичи. Да Винчи, тем временем, организует для Лоренцо возможность прилюдно выступить перед народом, после чего решает вернуться к своей главной миссии с помощью плутоватого знакомого. Между тем Папа заручается поддержкой короля Неаполя, чтобы завладеть Флоренцией, Ванесса начинает жить при дворце, а Леонардо встречает, казалось бы, погибшую возлюбленную и получает ценный подарок.

Король Ферранте, Урбина и Папа заключают соглашение, направленное против Медичи, тем самым понижая шансы Флоренции найти достойных союзников. Чтобы разрешить ситуацию, Лоренцо готовится нанести личный визит Сиксту, оставив Орсини замещать его в важных вопросах. После провала обманного манёвра по завладению одним из кораблей, Леонардо, вдохновлённый морскими обитателями с рыбного рынка, изобретает невиданное ранее устройство, позволяющее ему с Зо незаметно добраться до нужного им судна и провернуть операцию по его захвату. Меркури же решает проверить любопытную информацию, которая открывает ему ужасную правду.

Освободив рабов, Да Винчи старается убедить их, что земля круглая и им ничего не угрожает, а также использует все возможности, чтобы найти путь к своей цели. В это же время Риарио в надежде отыскать местоположение книги жизни пытается склонить Нико на свою сторону, однако встречает от юноши достойный отпор. Между тем Лоренцо с Пьеро в процессе своего путешествия попадают в переделку, а Лукреция заручается помощью Меркури в попытках освободить отца из заключения.

Прибыв к неизведанным землям, Да Винчи с командой не только находят подсказки к нахождению книги жизни, но и встречаются с недружелюбно настроенными незнакомцами. Леонардо ждёт смертельное испытание, встреча с верным другом и старым врагом, а также неожиданные вести о матери. Тем временем Лоренцо пытается использовать былые чувства к предмету своей первой любви для того, чтобы встретиться с королём Неаполя. Кларисса же заключает сделку с недавно объявившемся во Флоренции незаконным сыном Козимо ради удержания под контролем банковской системы.

Има соглашается отправиться под Небесный свод вместе со всеми выжившими пленниками, однако первое же испытание отрезает её от Да Винчи и остальных. С помощью смекалки Леонардо успешно преодолевает все испытания, чтобы в конце, в шаге от несбыточной мечты, испытать предательство новой знакомой. Тем временем Лукреция встречается со старшим сыном турецкого султана Байезидом в надежде заключить сделку, а Карло предпринимает меры по устранению заказчика недавнего покушения на него, Клариссу и Ванессу.

Самоуверенным планам Байезида заключить мирный договор с Папой не суждено сбыться — при прибытии его ждёт более чем прохладная встреча, в то время как Лукреция знакомится с советником султана, намеренным вызнать все её тайны. Ипполита между тем делает всё, чтобы Лоренцо заслужил уважение короля, но этого оказывается недостаточно в свете задуманного её супругом противодействия Медичи. Да Винчи с соратниками же удаётся сбежать от Имы и её армии, однако вместо книги Жизни Леонардо получает лишь очередную подсказку к её местонахождению.

Возвратившись в родной город, Да Винчи оказывается свидетелем переворота, устроенного герцогом Урбино, но благодаря хитрости и новому изобретению художнику удаётся не только вырваться из плена, но и спасти Клариссу, Карло и своих друзей от расправы. Тем временем Лоренцо выдвигает королю заманчивое предложение, что идёт вразрез с намерениями Папы, желающим любой ценой исправить сложившееся положение дел. Риарио же пытается найти своё место в жизни, а Лукреция подвергается изощрённой пытке с целью узнать истинные намерения отца, пославшего её ко двору султана.

Скорбя по наставнику, Леонардо пытается догнать его убийцу, но вместо этого, раненый, оказывается посреди леса, где его ждёт встреча с Турком. Тот указывает художнику на иную интерпретацию подсказки матери, направляя Да Винчи в портовый город, куда в это же время прибывает Лукреция в качестве дипломата османской армии. Между тем, узнав о нанесённом Карло уроне, Орсини принимает нелёгкое решение, в результате которого Ванесса неожиданно получает новый статус. Лео же придумывает способ, как дать отпор многочисленному турецкому войску, когда отец сообщает ему неожиданную новость.