Léonard aide Lorenzo, blessé, a échapper aux Pazzi. Mais Lorenzo est mourant et perd trop de sang. Avec l'assistance de Verrochio, Léonard improvise une transfusion de sang, au cours de laquelle il a des visions. Alors que les deux hommes sont affaiblis, Riario et les Pazzi tentent de s'emparer de Florence. Clarisse et ses enfants s'enferment dans le palais des Médicis pendant que Zoroastre tente de prendre le large avec le «Basilic»...

Riario se débarrasse de Zoroastre et Lucrezia en les jetant à l'eau, mais ils survivent. Léonard aide Lorenzo à reprendre le contrôle de Florence. Il fabrique un amplificateur, qui permet à son ami de se faire entendre dans toute la ville. Il lance un appel au soulèvement qui s'achève par la fuite des Pazzi...

A bord de son navire, dont il a affranchi les esclaves de l'équipage, Léonard fait voile vers l'ouest. Mais les marins ont peur de tomber dans le vide en arrivant au bout de la mer, ce qui oblige Léonard à leur démontrer que la planète est ronde. Au cours de ses calculs, il comprend que la terre tourne autour du soleil. Il est cependant trop tard pour empêcher l'équipage de se mutiner...

Léonard et ses compagnons échouent sur un rivage inconnu, où ils découvrent l'épave du «Basilic». Amerigo décide de retourner sur le navire pour cartographier ce nouveau territoire. En explorant la région, Léonard est capturé par les habitants, qui le conduisent à Machu Picchu. Pendant ce temps, à Florence, Lorenzo et Piero soudoient un garde dans l'espoir d'obtenir une audience auprès du roi...

Léonard et Riario doivent affronter de nombreuses épreuves avant de pouvoir entrer dans le caveau tant convoité. Mordu par un serpent, Léonard a des visions alors qu'il est dans les bras d'Ima. Il fait alors l'amour avec elle et comprend qui le pourchasse. Pendant ce temps, Riario cherche un antidote. A Naples, Lorenzo est menacé de mort.

Léonard trouve enfin la solution aux trois énigmes du caveau. Mais Ima le trahit. Elle veut le sacrifier pour sauver son peuple. La voix de la mère de Léonard se fait entendre du tombeau. Sur la route de Constantinople, Lucrezia croise Al-Rahim qui lui fait contempler le fantôme de sa sœur disparue. A Florence, Clarisse et Vanessa sont agressées puis sauvées par Carlo.

Léonard et Riario sont sur le point d'être sacrifiés. Ozzo et Nico se préparent à finir en esclaves. Mais les quatre hommes parviennent à s'échapper. Ils mettent la main sur la clef du caveau. Léonard entre dans le tombeau, mais n'y trouve pas le livre qu'il recherchait. Il découvre une tête de bronze qui reproduit la voix de sa mère.

Lorsque Léonard revient à Florence, il trouve la ville occupée par le duc d'Urbino. Il rejoint Carlo, délivre Clarisse et entreprend de libérer la cité. Mais Carlo, qui est en réalité un agent du Labyrinthe, tue Verrocchio. Pendant ce temps, Lucrezia est interrogée par le devin du sultan. Épuisée et manipulée, elle lui explique malgré elle que l'objectif de son père est de provoquer une guerre entre la Chrétienté et l'Empire ottoman.

Al-Rahim soigne Léonard et lui suggère que le livre qu'il cherche se trouve à Constantinople. Vanessa met au monde l'héritier des Médicis. Elle se retrouve régente de la maison alors que Clarisse abandonne la cité. Riairio a été capturé par les hommes du Labyrinthe. Ces derniers le torturent afin de le pousser à changer d'allégeance. Lucrezia arrive à Florence en tant que porte-parole de l'Empire ottoman.