Die Pazzi-Verschwörung hat Florenz ins Chaos gestürzt. Die einst so mächtige Familie Medici ist angeschlagen, und Leonardo da Vinci sieht sich gezwungen, all seine Fähigkeiten einzusetzen, damit Florenz eine Zukunft hat. Währenddessen macht sich Riario auf eigene Faust auf die Suche nach dem ominösen „Buch der Blätter“.

Dank seiner außergewöhnlichen geistigen Fähigkeiten gelingt es Leonardo da Vinci, die Ordnung in Florenz wieder herzustellen. Das hält Papst Sixtus in Rom allerdings nicht davon ab, seine Truppen weiterhin gegen die Florentiner hinter sich zu versammeln. An einem anderen Schauplatz versucht inzwischen Nico, den Versuchungen Riarios zu widerstehen.

Papst Sixtus macht Ernst und setzt Florenz massiv unter Druck. Das zwingt Lorenzo erneut dazu, große Opfer zu bringen. Um Schlimmeres für Florenz zu verhindern, begibt sich Lucrezia nach Rom und sucht dort nach neuen Verbündeten. Leonardo da Vinci setzt derweil seine Suche nach dem „Buch der Blätter“ fort.

Während sich Lucrezia in die Höhle des Löwen, den Vatikan, einschleusen lässt, um eine wichtige Person zu treffen, ist Lorenzo inkognito auf dem Weg nach Neapel. Leonardo versucht indes, ganz ohne Karten den Weg über den Atlantik zu finden.

Auf der Suche nach dem „Buch der Blätter“ hat Leonardo Amerika erreicht. Dort trifft er wieder auf Nico und Riario. Lorenzo versucht indessen mit der Hilfe einer alten Liebe, Florenz zu schützen, während Clarice mit allen Mitteln darum kämpft, die Kontrolle über die Medici-Bank zu bewahren.

Bald nachdem sich Leonardo und Riario in Amerika wiedergefunden haben, stehen sie vor einer großen Herausforderung: Sie versuchen das „Gewölbe des Himmels“ zu betreten. Lorenzo nimmt derweil an den blutigen Spielen des grausamen neapolitanischen Königs Ferrante teil, und Lucrezia trifft auf ihrer Reise nach Konstantinopel den Türken.

Auf der Suche nach dem „Buch der Blätter“ befinden sich Leonardo und seine Verbündeten in ständiger Lebensgefahr. Während Clarice Unterstützung von Carlo bekommt, schmiedet Lucrezia im Morgenland Ränke mit dem Sohn des Sultans.

Während Leonardo und Riario dem Tod ins Auge sehen, schmieden Zoroaster und Nico Pläne für ihre Flucht. Währenddessen versucht Lorenzo immer noch eine Audienz bei Ferrante, dem König von Neapel, zu bekommen. Derweil kommt Bayezid nach Rom, um Verhandlungen zu führen.

Leonardo kehrt nach langer Abwesenheit endlich nach Florenz zurück. Mittlerweile wird die Stadt von Herzog Federico mit eiserner Hand regiert. In der Zwischenzeit sucht Riario Erlösung für seine Sünden, und der neapolitanische König Ferrante ist endlich zu Verhandlungen mit Lorenzo bereit.