De opkomende ambachtsman Leonardo da Vinci krijgt van de machtige Medici de opdracht om een Paas spektakel in Florence te creëren. Na wat manoeuvreren word da Vinci ingehuurd als ingenieur om oorlogsmachines te ontwerpen. Een mysterieuze Turk intrigeert Leonardo.

Leonardo's zoektocht naar het Boek der Bladeren zet zich voort, en zijn falende ontwerpen voor oorlogswapens zorgt voor een scheur tussen hem en de Medici. Een pauselijk spion, Riario, word verslagen door Leonardo en keert terug naar Rome.

Riario spreekt de paus en een mysterieuze gevangene in een discussie met betrekking tot de graaf zijn nederlaag, terwijl Leonardo een rationele verklaring zoekt voor een uitbraak van demonische bezetenheid in een klooster, en de schuld op de Medici's word geplaatst.

Bechhi word beschuldigt een spion voor Rome te zijn. De legers van Florence en Rome confronteren elkaar en Leonardo onthult zijn laatste wapen.

Lorenzo beveelt Piero da Vinci om zijn vervreemde zoon te verdedigen in de rechtbank. Tijdens een optreden voor edelen verrast Leonardo de corrupte rechters. Terug bij zijn werkplaats word Leonardo verrast door de Turk.

Een aanwijzing van de Turk over het Boek der Bladeren stuurt Leonardo naar Walachije waar hij Vlad Dracula ontmoet. Lorenzo en Piero ontmoeten de hertog van Urbino. De zoektocht naar de echte spion zet zich voort.

Leonardo bouwt een onderwater pak en gebruikt de riolen om het Vaticaan binnen te komen, hier ontmoet hij de Paus en de mysterieuze gevangene. Giuliano onthult de ware identiteit van de spion van Rome.

De Pazzi's bereiden een dodelijk complot voor Paaszondag. De Turk verteld aan Leonardo waar hij het Boek der Bladeren kan vinden. Lucrezia doet een bekentenis terwijl Leonardo de Medici's probeert te redden.