Il Duca di Milano viene assassinato il 13 aprile del 1477 e i Medici temono che il Papa ne approfitti per avanzare a nord. Leonardo Da Vinci viene assunto da Lorenzo come ingegnere militare. La bella amante di Lorenzo, Lucrezia Donati, si accorge dell'interessamento di Leonardo, ma in realtà la nobildonna è una spia al soldo del nipote del Papa. Leonardo incontra un misterioso turco che lo informa dell'esistenza di un libro che contiene la verità sulla storia del mondo.

Leonardo continua le sue ricerche sul libro delle foglie, ma resta deluso dal mancato successo dei suoi progetti sulle macchine da guerra, a causa di uno screzio coi Medici. Questo non impedisce al papa di rendersi conto delle grandi abilità del geniale inventore fiorentino. Il nipote del pontefice rapisce Nico per scoprire cosa Leonardo ha scoperto con l'autopsia del turco. Alla fine Leonardo prova ai Medici la sua lealtà e il suo genio.

Un convento è piagato da una serie di possessioni demoniache e i Medici sono accusati di essere i responsabili per via del loro atteggiamento liberare e della loro posizione contro il papa. Leonardo cerca di trovare una spiegazione logica agli avvenimenti prima che sia troppo tardi.

Il Mago Becchi viene arrestato e accusato di essere una spia di Roma, intanto le armate del Papa e dei Medici si affrontano e Leonardo svela una nuova arma.

La caccia alla spia continua, intanto Piero e Lorenzo incontrano il Duca di Urbino. Leonardo è in cerca del Libro delle Foglie e si reca in Romania dove incontra Vlad Dracula.

L'ultimo giorno del carnevale di Roma, Leonardo usa una delle sue invenzioni per entrare in Vaticano e cercare la chiave che porti alla Volta del Cielo. Si trova faccia a faccia con il Papa e con un misterioso prigioniero.

I Pazzi sono pronti per uccidere Lorenzo nella domenica di Pasqua. Il Turco riferisce a Leonardo che deve trovare assolutamente il Libro delle Foglie mentre Lucrezia confessa qualcosa a Da Vinci per salvare la famiglia Medici.