A Milánó és Firenze közötti törékeny békét megzavarják. Lorenzo de Medici műkedvelő testvére, Giuliano azt javasolja, hogy az idei húsvétot egy pompás ünnepséggel köszöntsék, és megbízza a feltörekvő művészt, Leonardo da Vincit a látványosság megszervezésével. Némi mesterkedés után da Vinci megbízást kap Lucrezia Donati megfestésére, aki Lorenzo szeretője. Mindeközben IV. Szixtusz pápa híreket kap arról, hogy sikeres merényletet követtek el Milánó hercege ellen, és Lorenzo udvarába fogadott egy zseniális hadimérnököt. Leonardo kíváncsiságát felkelti egy rejtélyes török, aki a semmiből bukkan fel Firenzében.

Riario elmeséli vereségét Szixtusz pápának, és a Vatikán tömlöcében meglátogat egy rejtélyes rabot is, akiben szemmel láthatólag mindenkinél jobban megbízik. Lorenzo híreket kap arról, hogy egy közeli kolostorban démonok szállták meg a szerzeteseket. Róma a Mediciek istentelen életmódját okolja, így Giulianót küldik el, hogy oldja meg a problémát. Leonardót már a helyszínen találja, a művész tudományos ismeretei alapján akar racionális választ találni az esetre. Mindeközben a Medici kém körül egyre szorul a hurok.

Giuliano kérdőre vonja Lorenzót Becchi elfogása miatt, akit Rómának való kémkedéssel vádolnak. A Róma és Firenze közötti feszültség egyre élesedik, a seregek farkasszemet néznek. Riario, a római sereg parancsnoka felszólítja Lorenzót a megadásra, ám Leonardo bemutatja legújabb fegyverét, hogy elrettentse az ellenséget. Firenzében Becchihez rejtélyes látogató érkezik a börtönbe egy ajándékkal. Lorenzo ünnepséget rendez da Vinci tiszteletére, hogy megünnepeljék a Róma felett aratott győzelmüket, de a mulatozást a Pazzik parancsára félbeszakítja az Éjszaka Hivatala, és szodómia vádjával letartóztatják da Vincit.

Mivel tudja, hogy a da Vinci elleni vádak csupán Róma koholmányai, Lorenzo utasítja Piero da Vincit, hogy védje meg törvényen kívüli fiát a bíróság előtt. Ferdinánd király és a vallásosságáról messze földön ismert Izabella spanyol királyné Firenzébe érkezik, hogy üzleti ügyben tárgyaljon Lorenzóval, és egy színdarabot is megtekintenek Giuliano rendezésében. Az előadás alatt Leonardo sarokba szorítja a korrupt bírót, és eléri, hogy ejtsék az ellene felhozott vádakat. Da Vinci visszatér műhelyébe, ahol a Török várja.

A Török az Abessziniai után küldi Leonardót, mert a férfi segíthet a Levelek Könyvének megtalálásában. Leonardo Havasalföldre utazik Zoroasterrel és Nicóval, hogy találkozzon Vlad Drakulával, a Karóbahúzóval, mert ő tartja fogva az Abessziniait. Firenzében Lorenzo és Piero tárgyalásokat folytat Urbino hercegével, hogy szövetséget kössenek, miközben Giuliano mindent tűvé tesz a valódi kém után, mert tisztára akarja mosni Becchi nevét. Leonardo megküzd Vlad Drakulával, és végül újabb nyomra bukkan a Levelek Könyvével kapcsolatban.

A római karnevál utolsó napján Leonardo egy búvárruhát készít, és a csatornákon keresztül betör a Vatikánba, hogy megtalálja a Mennyek Boltozatának második kulcsát. A Pápát és a rejtélyes Rabot azonban nem tudja elkerülni. Giuliano megtalálja és leleplezi Róma valódi kémjét. Szixtusz pápa a Titkos Archívumhoz való hozzáféréssel próbálja magához csábítani Leonardót, ám végül Nico az, aki megszerzi a második kulcsot Riariótól, és így egy lépéssel megint közelebb kerülnek a Levelek Könyvéhez.

A Pazzi összeesküvők Lorenzo és Giuliano meggyilkolásával akarják megdönteni a Mediciek uralmát a húsvétvasárnapi misén. Mindeközben a Török a Zöld-foki szigetekre küldi da Vincit egy hajón, amely húsvét hajnalán indul, hogy a Levelek Könyvét rejtő földre vigye utasait. Lucrezia bevallja Leonardónak, hogy ő a kém, de meg akarja menteni a Medicieket a Pazzi-család aljas mesterkedéseitől. Leonardo elindul, hogy megakadályozza a gyilkosságot, de amikor Lorenzo meglátja Lucrezia gyűrűjét, rájön, hogy megmentője elszerette tőle kedvesét.