３度の飯よりケンカが好きな少年、自称・日本一のケンカ番長こと大門大。いつものようにケンカに明け暮れていたある日、大の前に「ラプター１」と呼ばれる、恐竜のような奇妙な生物が現われた。だが、大はひるむことなく素手でケンカに挑み、見事に勝利をおさめるのだった。そして、ラプター1と呼ばれる生物も大の強さを認め、大のことを「アニキ」と慕うようになるのだった。 しかし、仲直りをしたのもつかの間、「DATS（ダット）」とと言う組織から派遣されたヨシノという少女が現われ、ラプター１を捕らえようとした。しかし、子分となったラプター１を放っておけない大は、ラプター１を背負ってその場から逃げ出してしまう。なんとか逃げ切れた大たちだったが、ラプター１がお腹を空かしたため、大はひとりで食料を買いにでかけるのだった。そこでヨシノに再び出会い、あの奇妙な生物が「アグモン」というデジタルモンスターであり、DATSはそれを取り締まる組織であることを知らされる。 デジモンは専用の餌しか食べないと、ヨシノに聞かされた大は、DATSの本部へ連れて行くように頼むのだった。DATSの司令官である薩摩の説明によると、デジタルワールドと人間界のふたつの世界の壁が崩れはじめており、未曾有の危機に瀕しているとのことだった。その時、ハンバーガーショップが謎のデジモンに襲われる！アグモンが疑われたことを信じられない大はDATSの本部を飛び出した。 ハンバーガーショップを襲ったのはコカトリモンという巨鳥型のデジモンであることがわかった大は、アグモンと共にコカトリモンを倒す決意をする。しかし手ごわい敵の前にアグモンがやられてしまった。怒りの大の拳に「デジソウル」が宿った時、謎の老人が現れ、大に「デジヴァイス」を手渡すのだった。デジヴァイスにデジソウルをチャージすると、アグモンは強大な「ジオグレイモン」に進化し、強力な炎の技・メガフレイムによりコカトリモンを倒す。

「人間界で問題を起こしたデジモンは、例外なくすべてデジタルワールドに強制送還しなければならない」…デジモン監視組織『DAT』に連れ戻されたマサルは、子分のデジモン「アグモン」が同じようにされると聞いて急いで逃げ出した!!　そんな彼がアグモンを隠そうとしたのは、母「小百合」と妹「知香」が一緒に住む自宅…。「アグモンの事を知ったら、きっとパニックになる」…マサルは、まるで捨て猫を隠すようにアグモンを隠そうとするが…。 最初はアグモンを母や妹から隠そうとしていたマサルだったが、彼の心配もむなしく、アグモンは瞬く間に家族の一員になっていた。母の手料理を、まるでそこにいるのが当然の如く楽しむアグモン。しかもアグモンを監視するはずのヨシノまで食卓の輪に入り、マサルの母のクシカツを絶賛する始末…。そんなヨシノに猛抗議するマサルだが、「隊長命令だから、しばらく居候する」と、涼しい顔でかわされてしまう。 アグモンとヨシノがマサルの部屋で一緒に寝る事になり、こうして奇妙な同居生活が始まった。そんな中、知香の小学校で飼育小屋があらされるという事件が発生する。犯人はデジモン!?　…てコトは、また暴れられる!!　大喜びのマサルは、アグモンを囮にして犯人のデジモンをおびき出そうと計画。さっそくその夜に計画を実行に移した。だがそこに現われた人物は、何と飼育小屋の管理を任されていたはずのタカシ少年…!! 「僕は…飼育係なんて、やりたくなかったんだ!!」…犯人は、被害者であるはずのタカシ少年だった!!　しかもそれを操っていたのは、はぐれデジモンの「フライモン」!!　ヨシノ&ララモンに続いて戦闘態勢に入ったマサル&アグモンは、絶妙のコンビネーションでフライモンを撃破。謎の老人の助言を受け、強敵と戦うためにDAT入隊を志願する。そしてかねてからマサルの素質を買っていた隊長は、そんな二人を仲間として受け入れるのだった。

DATS日本支部にエースメンバー「トーマ・H・ノルシュタイン」が帰ってきた!!　彼はマサルと同じ年齢ながら、13才でストックホルム王立科学大学を主席で卒業した超頭脳の持ち主。そしてオーストリア貴族の血を引くという、冷静沈着で紳士な少年だった。そんな彼をただの新人だと思っていたマサルは、トーマが6ヶ月前まで日本支部にいたこと、デジモンの取り締まりと転送機の開発に携わっていたことを聞かされて衝撃を受ける。 DATSに所属するデジモンの中でも1・2を争う実力の持ち主であるガオモンをパートナーに持ち、頭脳も体力もズバ抜けて優秀なトーマ。だが「マサルの存在がDATSのプラスになるとは思えない」という彼の発言が、マサルのライバル心に火をつけた!!　まるで水と油、正反対なキャラクターの持ち主である両者は、もはや引っ込みがつかない状態までにヒートアップ。だがボクシング対決で見せた実力では、トーマの方が遥かに上のようで…。 ボクシング対決で負け、プチメラモン出現に際しても出動を許可してもらえなかったマサルとアグモン。それに対し、トーマはガオモンと共に出動すると、瞬く間にプチメラモンの大軍を撃破していった。その手際の良さ、戦い慣れしたトーマの姿に、自分の不甲斐なさを感じるマサル。自分は、デジソウルを貯めることもできなかったのに…。そんな彼に、あの謎の老人が再びアドバイスを送った。それが、マサルにあるアイデアを閃かせる!! パンチでデジソウルを貯めるマサルにとって、ヒラヒラと手ごたえのないプチメラモンは天敵のようなもの。だが老人のアドバイスで閃いたマサルは、あえてメラモンを進化させることで実体を持たせることに成功。ついにパンチをヒットさせた!!　そして貯めたデジソウルでアグモンを進化させ、ようやくメラモンを撃破させる。だがせっかく立ち直ったマサルに、隊長はトーマとチームを組むよう言い渡す…。

秀才メンバーのトーマとチームを組むことになったマサルとアグモンだったが、両者の歯車はまったく噛み合わなかった。マサルとアグモンを無能呼ばわりし、自分たちの足枷にしかならないと毛嫌いするトーマ。方やマサルたちも感情に任せて突っ走るばかりで失敗ばかり…。お目付け役のヨシノも、この仲の悪さは頭を抱えるしかなかった。だがどんなに両者がチームを嫌がっても、隊長命令とあっては共に行動するしかない…。 そんな中、銀行強盗の2人組がモグラタイプのデジモン「ドリモゲモン」を利用し、次々と襲撃するという事件が発生した!!　さっそく現場に駆けつけ、一味の確保に取り掛かるマサルたち。だが犯人コンビの身柄には成功するものの、ここでもマサルとトーマは衝突する。「地面で戦えば地中に逃げられる…ならば水の上に誘い込もう」…トーマが作戦を立てたのに、マサルたちの先走り行為がまたもや邪魔してしまったのだ!! 地中に潜って脱出を計ったドリモゲモンを追い、ついにアグモンとガオモンで挟みうち!!　そんな決定的な場面で事件は起こってしまった。前後から放たれたアグモンとガオモンの攻撃が、ちょうどドリモゲモンの頭上でぶつかり、互いの技の威力を相殺してしまったのである!!　そのせいでドリモゲモンはデジタルゲートを通ってデジタルワールドへと逃れてしまい、マサルとトーマのコンビには決定的な亀裂が生じてしまう…!! 「もうチームは組めない！」…解散を隊長に進言するマサルとトーマ。その中でトーマは、「デジタルダイブ」でデジタルワールドに行く事を願い出る。あくまでドリモゲモンを追うつもりなのだ。だが人間がデジタルダイブをすることは禁じられている。絶対に帰って来られる保証はないからだ。だがその夜、当直をしていたヨシノの目の前で、何者かがデジタルダイブを決行してしまう。まさか、トーマが…!?

「チームを組め」…隊長に指示されたものの、マサルとトーマの仲は最悪だった。そしてドリモゲモンのデジタルワールド逃亡を許してしまった事で、決定的な決裂が生じてしまう。そんな中、任務失敗に罪の意識を感じたトーマは、禁止されていたデジタルダイブを独断で決行。帰還できる保証もないのに、ドリモゲモンを追ってデジタルワールドへとダイブしてしまった。さらに、ヨシノを丸め込んだマサルまでデジタルワールドに…!! デジタルワールドに降り立ったマサルとアグモンの前に、さっそくドリモゲモンが現れた!!　だがそれを追った二人は、ドリモゲモンが掘ったトンネルに落下してしまう。そこにいたのは、何とトーマとガオモン!!　お前ら、こんなトコにいたのか!!　怪我をしたらしいトーマに肩を貸したマサルは、とりあえず地上に出るため協力しあうことにした。その中でマサルは、道に迷わないようにコインを落としていたトーマの頭の良さに、初めて気付く。 再び現われたドリモゲモンを前に、「ここは地盤が緩く、戦いに適さない」と撤退を告げるトーマ。だがマサルは、「逃げも隠れもしない」と、無謀にもトーマたちを連れてドリモゲモンの上に飛び乗った!!　それが功を奏し、ドリモゲモンに捕まって地上に飛び出すトーマたち。さらに地面の上ではまた逃げられるからと、マサルが緑色の岩に囲まれたドームの中へと誘導。そこでアグモンとガオモンを進化させ、一気にカタをつけようとする!! ドリモゲモンがディグモンに進化した!!　だがマサルの本能に任せた行動、そしてトーマの冷静な判断と分析力…それらが噛み合った時、ディグモンは一瞬にして撃破された!!　これぞまさに、チームでの初勝利!!　これまで反発していたマサルとトーマが、お互いの能力を認めた瞬間である。そんな彼らも、無事にデジタルワールドから帰還すると、隊長が本気で自分たちを心配してくれていた事に感謝するのだった。

マサルとアグモンが大喧嘩!?　発端は夕食の玉子焼き。最後のひとキレをめぐって口論を始めた二人は、次第に険悪な雰囲気になっていった。「アニキがピンチになっても、もう助けてやらないからな」「オマエこそ、オレのデジソウルがなきゃ、進化できないクセに!!」…売り言葉に買い言葉、それはエスカレートし、ついに…「子分なんかやめてやる!!」「オマエとはもう絶交だ!!」…決定的な破局を迎えてしまった。 マサルは自分ひとりでデジモンに戦いを挑もうと決意し、アグモンはデジバイスに引きこもったまま外に出てこようとしなかった。アグモンを頑なにさせていたのは、マサルの「オレのデジソウルがなきゃ、進化できないクセに」という一言。それは彼のプライドを傷つけ、謝るまでは決して外に出ないと態度を硬化させてしまう。一方のマサルも、プライドが許さないのか、決して謝ろうとせず、ただイライラを募らせるだけだった。 そんなマサルに、またあの爺さんが声をかけた。易者の爺さんは言う、「オマエさんの探し物は絶対に見つからない。本当に必要なものは、探さなくても見つかる」と。そして『目的のもの』の本当の大切さが解っていれば、必ず見つかると付け加えた。そんな中、市街地に成長期のエレキモンが出現!!　DATSに出動要請が下る。だが依然としてマサルはひとりで戦おうとするし、アグモンも出てこようとしない。果たして、二人は…!? 進化したエレキモン=ガルルモン(黒)を前に、素手で立ち向かったマサル。だが彼はその中で知ることになる。デジモンを倒すには、デジモンが必要だという事。自分のパートナーはアグモンだけだという事…。「オレはアグモンと一緒に戦いたいんだ!!」…それに気付いたマサルは、易者姿の爺さんに連れて来てもらったと言うアグモンに謝り、共に戦うことを約束。見事なコンビネーションでガルルモンを倒した!!

マサルがトーマに頭を下げた!!　これにはきっと裏がある…誰もが解る、魂胆ミエミエの不気味な態度。その理由は、マサルの妹「知香」にあった。実は明日は知香の誕生日なのだが、追試で一緒にいることが出来なくなってしまい、父親代わりの出来る相手として、トーマに「一日だけ家族になって欲しい」と頼んだのである。最初は乗り気ではなかったものの、家族に特別な想い入れがあるトーマは快く引き受けることにしたが…。 「華麗なる誕生日計画」…そう命名し、入念に誕生日プランを構築したトーマ。「これなら絶対に知香ちゃんに喜んでもらえる」…自信を持って大門家を訪ねたものの、実際は最初から狂いっぱなしだった。ホテルのラウンジへ行くつもりが、「ゲームセンターに行きたい」と言われ、フレンチレストランへ行くつもりがお好み焼き屋に変更になり…。計画も予約もすっかり水の泡、トーマは知香のペースに巻き込まれていた。 だがそんな体験も、トーマには新鮮なものばかりだった。普段は接することがない「庶民」の生活。それは軽いカルチャーショックと共に、彼に新たな感動をもたらす。そんな中、一同は知香の「花火が見たい」というリクエストに応え、遊園地に向かうことになった。そこでトーマが思い出すのは、母と過ごした幼い頃の記憶。そう言えば、「家族」と共に過ごした楽しい時間は、あの時以来だったな…。思わず感傷に浸ってしまう。 そんな楽しい雰囲気も、ボンバーナニモンの出現で一転!!　大パニックになってしまった!!　だが知香たちを逃がしたトーマが、ガオモンと共に対抗したお陰で撃破。事態の収集に成功する。しかも、ボンバーナニモンが抱えていた爆弾で盛大な花火を上げて…。こうして知香の誕生日を無事に終えたトーマは、マサルを加えた大門家の食卓に招待され、充実した休日を過ごすことが出来たのだった。

新曲のダウンロード数が700万件に達したという、人気歌手「華村祢音(はなむらねおん)」。そんな彼に熱愛が発覚した!?　しかも相手は、男に縁のなさそうなヨシノ!!　だがそれは、祢音のマンションにデジモン反応があったための潜入捜査だった。反応を示したのは、ネットワークに強いケラモン。そこで祢音の幼なじみというヨシノに白羽の矢が立ったのである。ヨシノは祢音を信じる一方で、忠実に任務を遂行しようとするが…。 ヨシノの潜入捜査が続けられる中、ついに祢音が大胆な行動に出た!!　彼女でも入れてもらえない『スタジオ』の内部から、ケラモンに指示して大掛かりなネットジャックを仕掛けたのである!!　街中の街頭ビジョンをはじめ、家庭、そしてDATS本部のモニターにまで映し出されるプロモーション映像。もう踏み込むしかないのか…。翌日、DATSはトーマの提案を受けて突入作戦を決断。彼を司令塔に、強制捜査の準備にとりかかる。 「でも、まだ確証はありません!!」…そんな中、ひとり祢音を信じて調査を続行しようとするヨシノ。彼女は「捜査に支障をきたすから」というトーマの提案で、捜査からはずされた身。だが彼女が単独行動に出ることを想定していたトーマは、あえて隠しマイクをつけさせて泳がせることにする。「敵を欺くには、まず味方から」…というわけだ。その作戦は見事に的中!!　ヨシノ&ララモンの前に、祢音とケラモンのコンビが現われた!! 祢音はダウンロード数やランキングを操作できるケラモンをパートナーだと言い、ヨシノたちに襲い掛からせた!!　だが彼が作り上げたのは、偽りの人気であり名声でしかない。トーマと共に駆けつけたマサルは、そんな彼を「歌で天下取りたかったら、自分の実力で取ってみせろよ!!」と一刀両断。クリサリモンに進化したケラモンを撃破して事態を収束させる。そして祢音の記憶を消したヨシノは、ひとり寂しさを噛みしめるのだった…。

現在七連勝中のプロボクサー「早瀬」。怪我からの復帰にも関わらず、華々しい連勝で次はいよいよ世界戦へ…!!　だがその裏にはデジモンの影が見え隠れしていた。対戦相手がことごとく体調不良に見舞われていたのである。しかも謎の針まで証拠品として出て来る状態…。これはもう疑う余地はない。だがトーマだけはそれに異を唱えた。「そんなはずはない!!」…と。早瀬とは直接面識もなさそうだし、あの冷静なトーマが何故…!? DATSの潜入調査が始まると、トーマは早瀬選手に、マサルはジムのトレーナーと、ヨシノは早瀬夫人やその娘「マナミ」に接触した。その中で解ったのは、関係者の誰の心にも四年前の怪我が影を落としているという事…。早瀬自身は怪我で世界タイトルを得られず、右手の破壊力も失った。トレーナーはそんな彼のために全力を尽くすつもりらしいし、妻子も早瀬の無事を祈り続けている。この中に怪しい人物がいるとは思うのだが…。 もともとデビュー戦から早瀬を見ていたトーマは、彼のクリーンファイト、その強さに憧れを抱いていた。だからこそ慎重に調査し、早瀬とのスパーリングを通じてある結論に到達する。そんな中だった。次の対戦相手で、四年前に早瀬選手をブチのめした上原が狙われたのは…!!　先回りして闇討ちを未然で防ぐトーマたち。そこで明かされたのは、闇討ちしたのがサボテンタイプのトゲモンだった事。真犯人が…娘「マナミ」だった事…!! マナミは父を心配するあまり相手を体調不良にしていた…。トゲモンを倒したトーマから真相を聞いた早瀬選手は、残念に思う一方、娘のために最後のリングに立とうとする。「娘に…正々堂々と戦う、私の姿を見せてやりたいんだ」…そこにあったのは、ひとりの父親の姿…。そして、その娘のために引退を決めた勇気ある男の姿だった。そんな早瀬を見届けたトーマは、彼の引退に寂しさを噛みしめながら会場を後にする…。

知香・マサル・アグモンがトーマの邸宅に招待された。だがマサルたちは、無神経にも壺の値段を聞いたり、テーブルマナーを無視したりと、やりたい放題。そのあまりの品のなさ、恥ずかしさでパニックに陥った知香は、涙をポロポロ流しながら、つい勢い余って言い放ってしまう。「マサル兄ちゃんなんか…道で滑って転んでぶつかって、看板に当たって橋から落ちて、車に追っかけられて…タンカーにひかれちゃえばいいのよ!!」 トーマ邸を飛び出した知香。そんな彼女を追いかけたマサルが、バナナの皮で滑って転んでしまった!!　アグモンによると、それはどうやら見えないデジモンのせいらしい…。しかし彼がどんなに「デジモンの気配がする、デジモンせいだ」と主張しても、マサルは信じようとしなかった。その一方で、トーマはマサルが遭遇する不運の数々が知香の言葉通りであることに着目し、「彼女と何か関係があるのでは」と睨む…。 マサルがDATS司令室に入るなり、警報がけたたましく鳴り響いた!!　デジモンが司令室に入り込んだのだ!!　そこで初めてアグモンの発言が現実味を帯び、一同に緊張が走る…。やはり知香の言葉が元凶だったのだろうか…!?　だがそれをマサル本人が否定する。「知香がデジモンを操っているとでも言うのか!!　そんな事があるわけない!!　ならばオレが知香を探し出し、無実を証明する!!」…と。タンカーがマサルのいるDATS本部へ引き寄せられたのは、まさにその時だった!! マサルはDATSに被害を及ばさないようにと、タンカーが接近しつつある波止場へと駆け出した!!　相手はソウルモン。タンカーに乗り込んだマサルとアグモンは、姿を消して船を操っていたソウルモンと対決すると、トーマから渡された特殊なスプレーで透明化を阻止。見事に打ち倒す!!　そして、アグモンに事情を聞いて駆けつけた知香の心を傷つけないよう、「知香のお陰で勝てた、ありがとう」と、優しく声をかけるのだった。

アグモンがつまみ食いをしたせいで、新たな「おやつ」を調達することになったマサル。どうしようかと思案した結果、彼は日本一ウマいと評判の『しらとり庵』へと出かけることにした。いくらテレビで取り上げられた人気の和菓子店とは言え、ここは友だちの家。ひとつくらいは大丈夫だろうと思っていたのである。だがその期待は、意外な形で裏切られてしまった。何と現在、店は休業状態らしいのだ…!! テレビで取り上げられていた頃は行列ができる程だったのに、母の急病で半月店を閉めただけで、あっという間に客足が遠のいた…。しかも、追い討ちをかけるように父が借金まみれになり、今では営業再開も絶望的。哀しそうにそう語ったのは、マサルの友人『耕一郎』である。自分もいつか、父のような饅頭職人になりたいと夢を描いていたのに…。そんな中、ギャンブルにのめり込んでいた父が、一夜にして大金を掴むという不可解な出来事が発生する。 耕一郎の気持ちも考えず、ギャンブルで大勝ちを続ける父親。お陰ですっかり饅頭作りを忘れ、遊び呆けるようになっていた。そんな父の姿に、饅頭作りの技術を父に教わり、また『しらとり饅頭』を作りたいと考えていた耕一郎は絶望していく…。だがそこで驚くべき事実が発覚した。影で父親を大勝ちさせていたのが、イビルモンと三匹のピコデビモンだった事が判明したのだ!!　 しかも彼らは、父親の願いを叶えただけだと言い放ち、「人間は勝手だ」とつけ加える。 デジモンを倒し、再び父と子の絆を取り戻させたマサルは、この現象から「人間の心がデジモンに影響している」という事を発見した。ヨシノの幼なじみの事件も、知香の時も同じ、人間の強い願いがデジモンを動かしていたのである。だがすでにその事実に気が付いていたトーマは、事態はそれ以上に深刻だという事を言い放ち、DATS全支部に非常通達を発令させた。果たしてトーマが掴んだ事実とは!?　この世界で何が起こっているのか!?

これまで発生したデジモン犯罪は、すべて人間の欲望に触発されたものだった。しかも人間界とデジタルワールドの次元の壁は、何者かの手で崩されつつあるという…。トーマの報告に、色めき立つDATS本部。マサルの家で新たなデジモン反応が検知されたのは、まさにその時だった!!　急行し、プワモン(幼年期)の誕生を目の当たりにするマサルたち。しかもそれは、プワモンを追って来たらしいファルコモンの襲撃で『ピヨモン(成長期)』に進化する…!! 敵意を剥き出しにするファルコモンから、知香を守ろうとするピヨモン。知香もまた、そんなピヨモンになつく。だがそれが問題だった。デジモンはデジタルワールドに送り返されなければならない。もしピヨモンと共にいたいなら、知香はDATSに入隊し、危険な任務もこなさなければならないだろう…。そして母も知香の事を心配する。「怖いんです、私の周りの人々が、みんなデジモンに取られてしまいそうで…」…隊長に見せた表情が、どこか痛々しい。 「ちょっとカオ、貸してくれねえか」…知香を巻き込むわけにはいかないと考えたマサルは、知香の傍にいると決めたピヨモンに決闘を挑んだ。その意図するところはひとつ。「デジタルワールドに帰って欲しい」という事。だがピヨモンもそれに激しく抵抗する。どんなに殴られようが、決して知香の事を諦めなかったのだ。そこへ再びファルコモンが登場!!　ピヨモンを連れ帰るために、彼が人間界に留まる唯一の理由、知香を始末しようとした!! トーマやヨシノも加勢し、ファルコモンを倒そうとするマサルたち。しかしファルコモンは動きが素早く、少しもダメージを与えられない!!　そこでピヨモンが決意。マサルを背中に乗せ、ファルコモンに一撃加えさせた!!　それでデジソウルを貯めたマサルは、一気に決着を…と思ったら、そこへ新たなデジモン『メルクリモン(究極体)』が登場!!　デジタルワールドを飛び出したファルコモンを連れ戻すために、マサルたちの前に立ちふさがった!!

人間界に落ちてきた卵からかえり、知香の友だちになったピヨモン。だがそのピヨモンを取り戻そうと、デジタルワールドからファルコモンとメルクリモン(究極体)がやって来た!!　そのせいでピヨモンは卵の状態で奪い返され、マサルたちは決定的な敗北を突きつけられる。「知香はボクが守る」…そうまで言ってくれたピヨモンとの別れに、知香は絶叫した。しかも今回の失敗が上層部に伝わり、DTASはチーム解散を言い渡されてしまう…。 一度は卵に戻されたピヨモンが、デジタルワールドで復活を遂げた。だが知香の事を強く想っていたピヨモンは、半分心が壊れた状態で、ひたすら彼女の姿を追い求める…。その哀れな姿を見かねたメルクリモンは、自身のパワーを放出して『アクィラモン(成熟期)』に進化させ、再び人間界に解き放った。その事をニュースで知ったマサルは、「今度は負けない！」と決意。だが謎の老人は、彼の未熟さと力不足を指摘し、それに気付かない限りは勝てないと言い放つ。 根性でアクィラモンに一撃加え、どうにかデジソウルを貯めるマサル。だが相手は『ガルダモン(完全体)』に進化し、アグモンがジオグレイモン程度に進化しただけでは手も足も出ない。しかもニュースを見て駆けつけた知香までをも巻き込みそうになり、マサルは自分の不甲斐なさに、ただただ悔しさを噛みしめるだけだった…。「もっと…もっと強くなりてぇ…。もう誰も哀しませないような…!!　強い男になりてェェェ!!」 瞬間、奇跡が起きた!!　マサルが新たな力を発揮し、ジオグレイモンを『ライズグレイモン(完全体)』に進化させたのである!!　これで一気に反撃に転じたマサルとライズグレイモンはガルダモンを撃破。再び卵に戻した。しかしこのままでは、また哀しい出来事は繰り返されるだろう。ならば…デジタルワールドに突撃し、すべての元凶であるメルクリモンを倒さなければ!!　だがそこで、長官がひた隠しにしていた『事実』を打ち明けると言い出す…。

最近のデジモン犯罪にメルクリモンが関与しているなら、デジタルワールドに乗り込み、そのメルクリモンを討伐しよう!!　意気込むマサルたち。そこで長官は、今こそ10年前の出来事を話す時だと、DATS日本支部メンバーに、そしてマサルに当時の事を打ち明けた。そう、あれはデジタルワールドが初めて発見された頃…。デジタルワールドに派遣した政府の調査チームが、思わぬアクシデントに見舞われて危機に陥ってしまった時の事である。 デジモンに襲撃されてキャンプは壊滅。人間界に戻る手段を失い、絶望する研究員たち。それを救ったのが、誰であろうマサルの父、デジモン研究の第一人者「大門スグル」だった。しかしスグルのお陰で調査チームは人間界に戻れたものの、彼自身は依然デジタルワールドで行方不明だという…。「デジタルワールドに乗り込んでメルクリモンをブッ倒し、父さんを探し出して見せる!!」…母からも事情を聞き、マサルは強く決意した。 デジタルワールドに踏み込んだマサル・トーマ・ヨシノ。そんな一同の前に、謎の少年「イクト」が襲い掛かった!!　どうして人間がここに!?　しかもパートナーは、ピヨモン事件のファルコモン!?　おまけにデジヴァイスまで持っている!?　人間を嫌い、メルクリモンに味方する、この少年の正体とは…!?　そんな一同の前に、さらにジュレイモン(完全体)が現われた。しかし彼はメルクリモンに従っているようではなく、森から出て行って欲しいだけのよう…。 ジュレイモンの願いはたたひとつ。この森での争いをやめさせ、早急に出て行ってもらうこと。誕生したばかりのニョキモンたちを守りたかったのである。そこでマサルたちは、突然現われて、無差別攻撃を仕掛けてきたゴツモンに対抗。ヤツが降らせた岩をひとつひとつ破壊し、ゴツモンやイクトたちを撤退させた。最初は人間を嫌っていたジュレイモンも、そんなマサルたちの勇敢な行為を認めて、メルクリモンの居場所を教えてくれるのだった。

メルクリモンを倒すため、デジタルワールドに飛び込んだマサルたち。目指すはデジタルゲートとメルクリモンが存在する、遥か向こうに見える無限氷壁の山!!　その途中で人間界のビル群を思わせる谷に差し掛かった一行は、無数のドクグモン(成熟期)に襲撃され、一網打尽にされてしまった。しかもドクグモンの親玉は、相手の魂を吸い取るという厄介な相手…『メタルファントモン(完全体)』。逃げるに逃げられず、一同を悪夢が襲う!! メタルファントモンは、獲物を眠らせ、悪夢を見せる事で魂を吸収する。そのせいでマサルは、愛する妹・知香がデジモンに連れ去られる夢を見せられ、ヨシノは幼き日の孤独な記憶を甦らされて、精神的に追い詰められていった…。それはトーマも同様で、彼が一番思い出したくない、あの記憶を追体験させられてしまう。そう、あれはトーマがまだ幼かった頃、愛しい母を失った…あの日の辛い思い出。生まれ育った懐かしい街での出来事。 あれは夏祭りの日だった。母と一緒に出かけたトーマは、母と一緒に祭りが楽しめるという喜びから一転、悲劇のドン底に突き落とされる事になる。だがそれを知る現在のトーマが、過去の記憶に干渉することはできない。どんなに母に訴えても、どんなに過去を変えたいと願っても、悲劇は彼の目の前に起こってしまった。トラックのブレーキ音と共に脳裏に響く、「ドンッ」という鈍い音。立ち尽くし、絶叫するトーマ…。 だが今の彼は、あの時の彼ではない。悲劇を乗り越える強さを持っている…。「人の心を弄ぶ者は、その報いを受けるがいい!!」…自力で覚醒した彼は、精神にダメージを負うばかりか、更なる力を得て対抗した!!　「行け、ガオモン!!　マッハガオガモン(完全体)に進化しろ!!」　そしてトーマとガオガモンはメタルファントモンを撃破し、この試練を乗り越えるのだった。だが安心したのも束の間、今度はヨシノが高熱を出して倒れてしまう…!!

ヨシノが高熱を出して倒れてしまった!!　しかもマサルたちを倒そうと鼻息荒くやってきたイクトにまで症状が伝染し、パートナーのファルコモンは慌てて撤退するはめになる。謎の発熱の原因はウイルス。しかしワクチンがなくては手の打ちようがない。このままではヨシノの命が…。ファルコモンが再び現われたのは、まさにその時だった。イクトを助けるため、心底嫌う人間たちと手を組もうというのである…。 サルたちはヨシノを救うため、ファルコモンはイクトを助けるため、共に『流れ者の岬』を目指すことにした。ファルコモンによると、その場所は『汚れた場所』としてデジモンたちから忌み嫌われている所らしい。何でもその昔、人間が住んでいたとか…。その人間が残したワクチンならヨシノたちを救えるようなのだ。だが、彼らの動きを察知したゴツモンは、ファルコモンが人間に寝返ったものと断定して、『ブロッサモン(完全体)』を送り込もうとする。 ファルコモンは禁忌の地に足を踏み入れる事を恐れていた。だが怖がってはいられない…すべてイクトのため!!　そう勇気を振り絞り、基地らしき建物へと入っていく。そこでコンピューター端末を発見したトーマは、ここがどんな施設なのかを調べようとするが…。一方、ワクチンを探して奥に入っていったマサルやファルコモンは、ブロッサモンの襲撃を受けていた!!　その中でマサルは、ファルコモンを『仲間』として守ろうとする。 「男は絶対仲間を裏切らねぇ!!　オマエはちっぽけな勇気を振り絞って、ここへ案内してくれた男の中の男。だからオレはオマエを信じる!!」…手放しでファルコモンを信じ、先に逃げるよう言うマサル。その心意気に、ファルコモンの心が揺さぶられた!!　あれだけ嫌っていた人間…。だが今は、マサルたちに対して別の感情が芽生え始めている。そしてすべてが解決した後、彼はわずかな葛藤を自身の中に感じ取り、複雑な心境に陥るのだった…。

目的地の無限氷壁を目の前にして、イクト&ファルコモンが襲ってきた!!　しかも、前回の戦いでイクトたちを「人間に味方した裏切り者」だと判断したゴツモンが、マンモン(完全体)を仕掛け、一同を雪崩の餌食にしようとする。マサル・アグモン・ガオモンは難を逃れるものの、ヨシノ・ララモン・トーマは崖下に転落してしまい、頼みのトーマが負傷…。その頃、崖上では、イクト&ファルコモンが再び攻撃を仕掛けていて…!? ヨシノには、思い出したくない記憶があった。あれはまだ幼かった頃、ピアノの発表会に挑んだ時。「姉さんたちは何でも上手にこなせるのに、私は大切な場面で失敗する」…そう思い込み、舞台に上がる事を拒否した苦い思い出…。そして今、マサルたちに合流しなければならない状況で、彼女はあの時と同じように自信喪失していたのである。再び現われたマンモンを前にすっかり戦意を削がれ、ただ「もう戦いたくない」と聞き分けのない事を言うヨシノ…。 「ヨシノならできる、必ず私を完全体にしてくれる…!!」…そう励まし、ララモンはマンモンに挑んだ!!　そこでマンモンに対抗するために奏でたメロディ、それにヨシノが敏感に反応する。あれはピアノの演奏会で、自分を励ましてくれたメロディ…。そう、今まで忘れていたが、あれはララモンと出逢った時の思い出のメロディだったのである。それを思い出したヨシノは、ようやく決意した。 「どんなに苦しい場面でも、いつも私のそばにはララモンがいた。そして今は、トーマやマサル…仲間たちがいる!!」…これで完全に立ち直ったヨシノは、ついにララモンを『ライラモン(完全体)』に進化させた!!　その活躍には、トーマたちでも目を見張るばかり。まさかあのララモンに、ここまで強力な力が隠されていたとは…!!　そして今、勝利を手にした一同は、いよいよメルクリモンが待ち受ける居城へと進路を取る!!

メルクリモンがいる無限氷壁を眼前に、マサルたちの前に現れたのは、あの謎の老人だった!!　マサルにデジバイスを与え、これまで何度も忠告してくれた通称『おっちゃん』。デジタルワールドにまで現われ、今またマサルたちを助けるために道案内を買って出たおっちゃんは、どうやらイクトの秘密を知っている様子…。ファルコモンと共に襲撃に現われたイクトに敏感に反応し、思わず呟いた…「やはりあの子は野口の…!?」 イクトは、人間でありながらデジタルワールドでユキダルモンに育てられ、自分がデジモンであると思い込んでいる少年だった。だからマサルたちを「ユキダルモンを殺した人間と同じ存在、だから倒す!!」と攻撃にやって来たのである。だがメルクリモンの部下として同じ立場にいるはずのゴツモンは、「所詮は人間の小僧」と彼を目の仇にするだけで、むしろマサルたち共々、イクトも抹殺しようと企む…。 イクトたちと戦っていたマサルとアグモンは、ゴツモンの襲撃で仲間たちと切り離されていた。その間、囚われたおっちゃん・トーマ・ガオモン・ヨシノ・ララモンは、まとめてメルクリモンの前に引き出される。そこで明かされたのは、おっちゃんが10年前の探検隊のメンバーであったこと。当時、人間の側の何者かがデジタルワールドを侵略しようとしたこと。そのせいで多くのデジモンが殺され、メルクリモンは人間を憎むようになったことだった。 死なないはずのデジモンが殺された…。その事実にも衝撃を受ける一同。彼らはメルクリモンの誤解を解こうとするが、すでに彼は聞く耳を持っていない。そこで一同は、駆けつけたマサルたちを加え、三体の完全体デジモンで実力行使に出ることにした。だがメルクリモンのパワーは圧倒的…。全滅を恐れたおっちゃんは、自分が足止め役をすることで、マサルたちをデジタルゲートに逃げ込ませようとする。そしてイクトを託し、どうにか人間界への帰還を果たさせたのだっ

デジタルワールドに突入し、総大将『メルクリモン(究極体)』と対決したマサルたち。そこでの旅は、彼ら三人のデジモンを完全体に進化させるという収穫はあったものの、結局はメルクリモンの圧倒的な力を見せ付けられ、逃げ帰るのがやっとという惨状だった。しかも『おっちゃん』が、マサルたちを逃がすために囮になり、そのままデジタルワールドに残されたまま…。そんな状況を、マサルが納得するはずはなかった。 『おっちゃん』が、かつての探検隊の隊長で、しかもDATSの所長『湯島』だったことが判明し、なおさらデジタルワールドへの再突入を強行しようとするマサル。だが彼が計器をメチャクチャに操作したせいで転送装置は故障…。人間界での待機を余儀なくされた。修理完了までは二週間。その間マサルたちは、自分がデジモンだと思っている少年『イクト』や、そのパートナー『ファルコモン』と行動を共にすることになる。 長官が語る、イクト本人も知らない彼の過去…。それは、探検隊メンバーでもある超空間研究の第一人者『野口夫妻』が、イクトの両親であるという事だった。実は当時、謎の失踪事件が頻発しており、夫妻も産まれたばかりの赤ん坊…つまりイクトを失っていたのである。だからこそ、その事件に関係あるだろうデジタルワールドを調査するべく、夫妻は探検隊に加わったのだ。そして今、その両親は日本アルプスにいるという…!! 最初は「人間の両親なんか関係ない」と、日本アルプス行きを頑なまでに拒んでいたイクト。しかし高層ビルやテレビ、ファストフードといった、人間界の文化を初めて目の当たりにして大はしゃぎ!!　すっかり『おのぼりさん』状態になっていた。だがイクトを執拗に狙うゴツモンが現われたことで楽しい気分も一変。自分が人間であること、だから他のデジモンにも忌み嫌われていることを告げられ、自らの居場所をなくしたことを実感させられてしまう…。

イクトの両親が日本アルプスにいる…。長官からその事実を知らされたマサルとヨシノは、イクトとファルコモンを連れてその地に向かおうとしていた。だが父『野口憲治』は、母『美鈴』のいないところで意外な態度に出る。「イクトが生きている事が解れば充分です。どうか、お引取り下さい…」。実は美鈴は、イクトを失ったショックから10年経ってようやく立ち直りかけているところ。だから今はそっとしておいて欲しいと言うのだ…。 再会が受け入れられないのはイクトもまた同じだった。彼にとって母親はユキダルモンだけ。それに、今まで敵対していた人間の、しかも母がいるなどと信じたくはなかったのである。だから母と対面する前に逃げ出し、彼を説得しようとするファルコモンにもイライラをぶつけてしまう。頑なまでに母を認めようとしないイクト。それが寂しいファルコモン。兄弟のように育ったファルコモンは、意固地になるイクトが不敏でならない…。 事件が起こったのは、そんな最中の出来事だった。美鈴の「イクトに逢いたい」という深層意識が、ハグルモン(成長期)を人間界に呼び込んでしまったのである!!　美鈴を取り込みつつ、イクトが幼少時に抱いていたブリキのロボットに寄生するハグルモン。それは巨大化し、まるで母を求めるように日本アルプスの山中を踏み荒らす!!　美鈴がハグルモンの中に取り込まれたことを憲治から知らされたマサルたちは、どうにか助けようとするが…!! 「…ママ!?」…ブリキのロボットを見たイクトが、10年も前の幼少時の記憶を甦らせた!!　それでもまだ母を認めようとしないものの、彼は明らかに動揺している様子…。しかもハグルモンを撃破した後、今回の事件の責任を野口夫妻に問いに来たDATS上層部を前にしたイクトは、すべての責任は自分だと発言。人間を滅ぼしに来た正義のデジモンだと言い放つと、自ら悪役を買い、そのままいずこかへと姿を消してしまう。彼の中で、確実に何が変わろうとしていた…。

実の母を目の前にしても、依然「オレはデジモン、人間の母などいない!!」と反発し、逃げ出してしまったイクト。一度はマサルたちに保護されるものの、デジタルワールドにも人間界にも居場所がないと感じていた彼は、すぐにDATS支部を飛び出してしまう…。同じ頃、デジタルワールドでは、メルクリモンと実力を同じくする究極体『サーベルレオモン』が、人間との全面対決を主張。ゴツモンを味方につけ、人間界への総攻撃に出ようとしていた…。 DATSを飛び出したイクトは、親友のはずのファルコモンに対しても冷たかった。「オレの居場所は、もうデジタルワールドにはない。でもファルコモンは違う、帰れ!!」…そう言って、ファルコモンからも逃げ出してしまったのである。ゴツモン率いるデジモン軍団が東京の空と地上を覆いつくしたのは、まさにその時だった!!　この緊急事態に、イクトを探していたマサルたちも、捜索任務を中断してデジモン軍団に対抗しようとする…。 炎に包まれる市街地…。逃げ惑う人・人・人…。アグモンたちが全力でデジモン軍団に対抗するが、その圧倒的な数に対処が追いつかない!!　いつもはオペレーターを担当する美樹と恵のナイトチェスモン(成熟期)がバックアップを買って出るものの、それでどの程度もつ事か…。そこへ、ゴツモンからある取り引きが持ち込まれた。撤退条件は二つ。ひとつは、人間界にあるすべてのデジタルゲートを破壊すること。そしてもうひとつは…何とイクトの引き渡しだった…!! 非人情な羽柴長官のイクト引き渡し命令が下される中、イクト自身も自らを犠牲にする覚悟でゴツモンに囚われようとした。だがそれをファルコモンが思い留まらせる。あえてゴツモンを攻撃することで、イクトと同じ『裏切り者』の道を歩もうとしたのだ!!　やはり二人は切っても切り離せない仲…。そんな中、驚くべき現象が彼らの目の前で展開する。謎のデジタルゲートが突如発生し、ゴツモンたちデジモン軍団を強制送還したのだ!!　いったい何が起こったのか…!?

デジタルゲートを好きな場所に出現させるという超技術で、デジモン軍団を追い返した謎の人物…。その正体は、かつてのマサルの父の助手で、自称デジモンオタクの『倉田博士』だった!!　だが、いかにも怪しげな彼の登場に気を取られている余裕はなく、マサルたちにある大問題が降りかかる…。それはイクト。すっかり行き場を失い、ふさぎこむ彼を今後どうするのか…それを決めなければならなかったのだ。 「オマエの面倒はオレが見る!!」…自宅にイクトとファルコモンを招くと宣言し、彼らを連れ帰ったマサルとアグモン。ファルコモンに関しては、かつてピヨモンの件で妹の『知香』を悲しませた事があり、再び顔を会わせる事に多少の不安があった。だが知香はその事を一切口にせず、逆に二人を暖かく迎え入れる。それは母『小百合』も同様で、まるで最初から家族であったかのように接してくれたのだった。その夜、イクトとファルコモンに久し振りの笑顔が戻る…。 しかしイクトの心の傷が、それで完全に癒えたわけではない。彼は翌日、朝食の準備をする小百合にユキダルモンの面影を重ねてしまい、ここにいることが急に辛くなってしまったのだ。しかもサーベルレオモン襲来の報告がDATSからもたらされると、再び自分が犠牲になると言い出す…。「自分が犠牲になれば、すべて丸く収まるとでも思っているのか!?」…だがここでもマサルの檄が飛び、イクトの無謀な行為をどうにか押しとどめた。 現場ではすでにトーマやヨシノが激戦を展開していた。マサルたちは戦列に加わると、完全体のスリーアタックでサーベルレオモンに対抗。暴挙を止めようとする。だが敵は強大、あまりにも強大!!　瞬く間にピンチに陥ってしまった!!　それを救う謎のデジモン。『彼』は突然飛来したかと思うと、サーベルレオモンの戦力を削ぎ、マサルたちをアシスト。サーベルレオモン撃破に一役買う。イクトの問題も解決し、これで一件落着するものの、果たしてあのデジモンは…!?

突然消えた、サーベルレオモンのデジ玉。そして、バトルに参加した謎のデジモンの正体…。謎が謎を呼ぶ中、ついに転送機の修理が完了する。だが「再びデジタルワールドに突入できる!!」…と喜ぶ暇もなく、またもや不穏な空気が漂い始めていた。国家機密庁の命令で、メルクリモン説得作戦が展開されようとしていたのである。リーダーは、発案者である倉田博士。これで彼はDATSを指揮下に入れ、マサルたちに自由に命令を下せる立場になる…。 転送機の調整で、作戦開始まで一日の余裕をもらったトーマ。だがそこには倉田博士との目に見えない駆け引きがある様子…。実は彼、博士の思惑に敏感に気付いていたのだが、その真意をいまいち図りかねていたのである。その頃、作戦の事をマサルから知らされたイクトは迷っていた。自分も作戦に参加したい。だが、果たしてどちらの側についたらいいのか…!?　「決心がつかねえなら残れ。お前が辛いだけだ」…マサルの言葉が胸に突き刺さる。 「果たして、全ての人間が悪なのか?」…以前にマサルと拳を交えたメルクリモンもまた迷っていた。あの魂には一点の曇りもなかった。ならば、他にもそんな人間がいてもおかしくはない…。だがその答えが出る前に、マサルたちがデジタルワールドに突入。その事実を教えられたゴツモンが、さっそく人間の排除に乗り出す。ズドモン(完全体)をけしかけ、トーマやヨシノを翻弄するゴツモン。さらに自らも完全体に進化する…!!　「見せてあげましょう、私の本当の姿を!!」 完全体って…色が変わっただけ!?　いやいや、そのパワーは通常のゴツモンとは比べものにならない!!　スピードもパワーも格段にアップし、徐々にマサルたちを追い詰めていく…。一方、イクトはマサルの母と話すことで、自分の進むべき道を見出していた。「あなたは…どうしたいの?」…人間とデジモン、両方の気持ちが解るのはイクトだけ!!　ならば自分が両側の架け橋になる!!　そしてメルクリモンの前にやって来たマサルたちに、ようやく合流する…!!

ついにメルクリモンの元に辿り着いたマサルたち!!　その中で彼らは、人間とデジモンの対立の原因を作った人物が誰であるかを知らされた。 …そう、兵士を連れてデジタルワールドに踏み込み、イクトやファルコモンを育てたユキダルモンを消滅させたのは…倉田博士だったのだ!!　あれはイクトがデジタルワールドに消え、彼を探すために探検隊が組織された当時…。探検隊に加わった倉田は、デジモン恐ろしさに発砲し、両者の対立の原因を作ったのである。 一方、彼とは対照的に、探検隊のリーダー的な役割を担っていたマサルの父『大門英(スグル)』は勇敢だった。襲い来るメルクリモンから仲間たちを救おうと、拳ひとつで挑んだのである!!　英の澄んだ心に触れ、人間を信用しようと思い始めるメルクリモン。彼はデジモンと人間を共存させるため、鍵を握る『イグドラシル』の事を教えたという。英は、そのイグドラシルなる存在を探すためにデジタルワールドで旅を始め、その一方で両世界の干渉を防ごうと、DATS設立を通信で指示したのだ。 デジヴァイスの設計図が英から送られた事、DATS設立が英の指示だった事が明かされる中、倉田の暴挙もメルクリモンによって語られていた。倉田は自身が開発した新型デジモンを兵たちに持たせて進軍すると、ユキダルモンをはじめ、数々のデジモンを攻撃。デジ玉さえ残らないよう消滅させたのである。それは、死なないはずのデジモンの死…。幼いイクトが戦士になったのは、ユキダルモンの死を看取った、その時からだった。 そして今、倉田はパワーアップさせた新デジモン『ギズモン:AＴ』を、メルクリモンに差し向けていた!!　「倉田…テメェがすべての原因だったか!!」…怒りに震えたマサルたち。彼らは、今は倉田が上司である事も忘れて拳を握る。そう、ヤツがいる限り、人間とデジモンの間にできた心の溝は埋まらない。信頼しあうことなどできない…!!　「テメェだけは…絶対に許さねェ!!」…マサルの怒りが爆発した!!

すべての『悪』は、倉田だった…!!　デジモンの完全抹殺を企み、自作のデジモン『ギズモン:AT』をけしかけ、メルクリモンに致命傷を与えた倉田。せっかくメルクリモンと解りあえたかもしれないのに…。やはり倉田をどうにかしないと、デジモンと人間の関係は、永遠に修復されないのか…!?　怒りに燃えたマサルたちは、完全体の3アタックで、ギズモン:ATに挑む!!　その頃、メルクリモンの傍にいたイクトとファルコモンは…!? ギズモン:ATの正体は、捕獲され、自我を奪われたデジモンの、改造された姿だった…!?　どこまでも見下げ果てた男…倉田。だが、マサルたちがどんなに必死になろうと、ギズモン:ATの強さは圧倒的だった…。しかも、ギズモン:XT(成熟期)への擬似進化を果たし、マサルたちは決定的な窮地に立たされてしまう!!　一方、イクトは、死に行くメルクリモンにすがっていた。そして、彼の…次第に弱っていく彼の、振り絞るように発した言葉に耳を傾ける…。 メルクリモンは言った。「人間とデジモンが共に暮らせる世界を作ることこそ、イクトにとって幸せな事だ」と。その気持ちは、ユキダルモンも同じ…。ファルコモンの言葉でユキダルモンの最期の瞬間を思い出したイクトは、自分の進むべき道を必死に考える。一度は、人間を憎み、戦おうと決意するイクト。だが彼は気付いた。マサルのように、信じられる人間がいる。人間は悪いやつらばかりではない。その瞬間、メルクリモンが動いた…!! 残る力でギズモン:XTに殴りかかり、マサルたちを救ったメルクリモン。命尽きるまで勇敢に戦ったメルクリモン。…そんな彼の壮絶な最期を目の当たりにしたイクトが、ついに決意した。「憎むのはマサルたちじゃない…悪い心を持つ人間だけ!!」。そしてファルコモンを『ヤタガラモン(完全体)』に進化させ、ギズモン:XTを撃破する!!　だが問題の倉田を取り逃がしてしまい、さらなる危機に直面する事になってしまうのだった…。

「敵は倉田博士!!」…人間とデジモンの間にできた、大きな亀裂。それを作ったのが倉田であり、奴の暴走を止めない限り、絶対に平和が来ないことを確信したマサルたち。だが、事の真相を掴んでデジタルワールドから帰還した彼らを待ち受けていたのは、事実上のDATS解散だった!!　先に人間界に戻り、国家機密省に自分の都合のいい報告をした倉田。その工作により、薩摩隊長は国家反逆罪に問われて逮捕。マサルたちもすべての権限を剥奪され、記憶を消されてしまう…。 気付くと、マサルは公園のベンチで寝ていた。何か心に引っかかるものはあるが、思いあたる事は何もない。それはトーマやヨシノ、彼らの家族も同様だった。そう、彼らはDATSとデジモンに関する記憶を消去され、元の生活に戻されていたのである。一方、隔離室に閉じ込められていたアグモン・ララモン・ガオモン・ファルコモン・クダモン・チェスモンは、行動を起こそうと考えていた。このままじゃいけない、まずは脱出しなければ…。 クダモンたちは、薩摩隊長や美樹の救出へ。ファルコモンは、イクトを隔離室から救出して倉田を追跡。アグモンたちは、それぞれのパートナーと合流するべく散って行った。マサル・トーマ・ヨシノは記憶を消去されているだろうが、自分たちとの絆は本物。ひと目でも会うことができれば、きっと自分たちの事を思い出してくれる。そう信じて…。だが事実は、アグモンたちが考えている以上に深刻だった。 デジモンという存在自体、初めて見たというようなマサルの態度…。しかも知香や小百合ママも、アグモンを凶悪なバケモノでも見るような反応を示した。だがここで諦めるアグモンではない!!　彼はマサルと初めて会った公園に連れ出すと、そこで彼の記憶を呼び覚ますことに成功。倉田が送り込んだギズモンも、駆けつけたトーマ&ガオモン、ヨシノ&ララモンの助けもあって撃破する。そして倉田を止めるため、今一度DATS本部を目指した。だがその時…!!

倉田の暴挙を止めるため、DATS本部を目指していたマサルたち。しかし本部は、彼らの目の前で爆破されてしまった!!　本部ビルを巻き込んでまでデジタルゲートを粉砕し、マサルたちのデジタルワールド突入を阻止した倉田。このままでは、デジタルワールドはヤツの攻撃で亡ぼされてしまうだろう…。決意したマサルたちは、デジタルダイブをさせることができる、唯一の人物を頼ることにした。そう、イクトの父…野口教授だ!! 国家機密省によってホテルに軟禁されていた野口夫妻を救出させたマサルたちは、夫妻をイクトの元へと連れて行った。ようやく我が子を目の前にし、感激の涙を流すイクトの母…。しかし、一度我が子を失った悲しみが、思わぬ障害となって一同の前に立ちふさがる。「もう二度と、イクトを危険にさらしたくない」…イクトの母が強く主張し、協力を拒んだのだ。両親の心配はわかる。子を想う気持ちもわかる。しかし今は一刻を争う状況…。果たして…!? だが、母の頑なな心を解きほぐしたのは、イクト自身の言葉だった。我が子の意思を理解し、イクトが背負ったものを受け止める父。そんな彼の説得もあり、ようやく母は納得してくれた。お陰でマサルたちに希望の光がともり、すぐにデジタルゲートがある両親の実家へと向かうことになる。だがそこには、一同を狙う怪しい影が…。薩摩隊長とクダモンも、暗躍する影に敏感に反応。マサルたちの行動を妨害させないよう立ち上がる!! マサルたちを追って来た、謎の美少女『ナナミ』。その傍らに立つ、無愛想な大男『イワン』。そして、デジタルゲートに飛び込んだマサルたちを待ち伏せしていた、不敵な少年『コウキ』。デジタルゲート内でその三人に囲まれたマサルたちは、さらに驚くべき光景を目の当たりにする。何と、その三人がデジモンに変身したのだ!!　彼らこそ新たな敵。倉田が改造した、第二世代のデジモンとも言うべき、人間とデジモンの融合体だった!!

倉田のデジタルワールド侵攻を止めるべく、三度デジタルワールドへと突入したマサルたち。しかしそこで待ち受けていたのは、倉田によって改造された次世代のデジモン…デジモンに変身できる、三人の若者たちだった!!　完全体でもかなわないマサルたちを救うため、足止め役を買って出てくれた薩摩隊長…。一同は、そのバトルの行方を知らないまま、手がかりを求めてジュレイモンに会うことにする。森の長老である彼なら、何か知っているかも…そう判断したからだ。 しかしジュレイモンがいた森は、すでにギズモンによって焼き払われた後だった。怒りに震えたイクトが、そしてマサルたちが対抗するが、彼らでは成す術がない…!!　そこに思わぬ助っ人が現れた!!　彼の名は『バンチョーレオモン(究極体)』。拳ひとつで、複数のギズモンを瞬く間に叩き潰した猛者である。DATSのデータベースにも登録されておらず、イクトたちも知らない謎のデジモン…。彼は言う。「オマエ達には力が足りない。拳だけが力ではない」…と。 マサルの挑戦にも応えず、ただ力不足だと言い切ったバンチューレオモン。彼が口にした、『マサルたちに足りない力』とはいったい何なのか…!?　だが今は答えが見つからず、彼らはジュレイモン探しを続行。何かを思いついたと言うイクトとファルコモンの単独行動を認め、とりあえず先に進むことにした。そしてやって来たのは、深い霧に包まれた森。そこで一同は、倉田の追撃から逃れたジュレイモンと、ついに再会を果たす…。 そこに、倉田の手先『コウキ』『イワン』『ナナミ』が現れた!!　彼らはデジモンに変身できるという驚くべき存在。薩摩隊長を倒した強敵だ。今のマサルたちでは、とてもではないが勝つ見込みはない。たちまちピンチに陥る一同。だがその中で、彼らは内なるパワーを発揮し、アグモンたちに驚異的なパワーを与えた!!　これがバンチョーレオモンの言っていた『力』なのか…!?　だが、コウキたちに勝利したのも束の間、『力』に耐えられなかったデジヴァイスが壊れてしまう…。

さらなるデジソウルを得て、究極体の力を手に入れたマサルたち。彼らはバンチョーレオモンが示してくれた、『聖なる都』を目指し、ひたすら歩き続けていた。そんな彼らの前に現れたのは、まるで街ひとつを背負ったような、超大型カメ型デジモン『エルドラディモン(究極体)』!!　それこそ『聖なる都』。長であるバロモンが統治する、デジモンの一大コミュニティーだったのだ!!　だがそこでマサルたちを待ち受けていたのは…!? マサルたちはバロモンに囚われてしまった。彼らは人間を信用しておらず、倉田一派の仲間としか考えていない。そのため、彼らは闘技場での処刑を言い渡されてしまう。しかもそこには、以前のデジタルダイブ以来、消息不明になっていた湯島所長まで…。襲い掛かる、獰猛な『ケルベロモン(完全体)』。もはや諦めるしかないのか!?　だがその時、湯島所長のパートナーであるカメモンが登場。密かにアグモンたちを解放し、マサルたちを助けさせた!! マサルたちが自由になったことで、騒然となる闘技場。しかも彼がデジソウルを燈したことで、さらなる混乱が巻き起こる。「あのデジソウルは、まさか…!?」。バロモンは気付いた。あのデジソウルこそ、かつてこの都と、エルドラディモンを救った救世主と同じものだと…。ならばあの少年は、その救世主の息子なのか!!　そう、救世主…大門スグルの…!!　マサルの炎のように燃え上がるデジソウルが、みずからの立場を一変させた!! 『敵』から一転、客人としてもてなされるマサルたち。だが安心する暇もなく、ギズモン軍団が襲来!!　聖なる都に襲い掛かった!!　だが決定的なピンチも、思わぬ援軍の登場で助けられる。彼らは『イガモン(成熟期)』の一族。イクト&ファルコモンが連れてきた、心強い仲間だ!! これで一大抵抗勢力を形成したマサルたちは、いずれ訪れる戦いを予感し、気を引き締めるのだった。一方倉田は、コウキたちのパワーアップを終え、最終決戦を仕掛けようと画策する…。

『聖なる都』と呼ばれ、多くのデジモンたちが住む巨大亀型デジモン『エルドラディモン』。そこを拠点に、マサルたちは倉田軍団に立ち向かおうとしていた。旗印になるのは、かつてこの都を救った『救世主』…大門スグルの息子・マサル。長であるバロモンだけではなく、すべてのデジモンの信頼と期待を背負う大役だ。だがここに、そんな彼の待遇に嫉妬心を抱く人物がいた。トーマと、そのパートナー・ガオモンである。 偵察に出たイガモンの報告から、倉田軍団の集結場所が判明した。ここで一気に攻め込もうとするマサル。だがトーマがその意見に反対した。これは絶対に罠だ、とどまって倉田の攻撃に備えるべきだ…と。結局、トーマの意見は聞き入れられることなく、マサル・イクト・アグモン・ファルコモンの4人が攻撃作戦を展開する事が決定。トーマやヨシノたちは、非常事態に備えることに。トーマとガオモンは納得していないようだが…。 「マサルがムチャを押し通すのは、トーマを信頼しているからだと思うけどな」…ヨシノにそう言われても、トーマは納得できなかった。そしてそんな気持ちを抱いたまま、エルドラディモンに攻撃を仕掛けにきたナナミと対決する事になる。彼女が狙っているのは、エルドラディモンが浮かぶ湖の、まるで排水口のような役割を果たす滝。ここを破壊されれば、湖の水が流出し、エルドラディモンは無防備になってしまう…!! 「私と手を組みませんか？」…自分と共に世界を支配しようとトーマに誘いをかけたナナミ。だがトーマはそれを拒否。『バイオロトスモン(究極体)』に変身したナナミに立ち向かった!!　彼はその中で知る。自分の計算された攻撃が、ナナミには無意味であること。勝利したのは、マサルのような、本能や勘に頼った攻撃のおかげであった事を…。勝つには勝った。だが、釈然としない思いが残ったのも真実だった…。

デジタルワールドに侵攻し、デジモンを絶滅させようとする倉田軍団。それを阻止するためにやって来たマサルたちは、いよいよ最後の決戦に挑もうとしていた。すでに倉田軍団のひとり『ナナミ』を倒したトーマ。だがその破壊工作で、無防備にされてしまったエルドラディモン。このままでは、マサルたちの拠点であるエルドラディモンが陥落させられてしまう…？　しかも肝心のマサルやイクトは、倉田軍団の中枢を叩こうと、別行動を取っている最中だ…!! マサルとトーマが不在のエルドラディモンを守ろうと、最前線に立つヨシノとララモン。そこに、二人目の刺客『イワン』が現れた!!　ヨシノに好意を寄せるイワンは、彼女をゲットする気満々。なぜかララモンと、緊張感のないヨシノ争奪戦を展開し始める。だが、これはララモンの作戦。ギズモン軍団を指揮するイワンを自分たちに引き付ける事で、軍団の統制を鈍らせようと考えていたのである。 ヨシノたちは、『バイオスピノモン(究極体)』に変身したイワンに挑んでいた。だがその中で彼女は知ってしまう。イワンが、ただ金のために倉田の実験体になった事。ビジネスとしてデジモンを抹殺していた事を…。「ひどすぎる…、それでも人間なの!?」…怒りに燃えたヨシノたちは、心をひとつにして反撃。ついに勝利した!!　だがそこで、彼の本心が明かされる事に…。その事実に直面した時、ヨシノは倉田への怒りを再燃させる…!! イワンが金に執着する理由…それはすべて、家族たちを養うためだった…。その気持ちを利用した倉田…許せない!!　だがヨシノがどんなにあがいても、事態は倉田の思う通りに運ばれてしまう。時空振動爆弾で人間界の扉が開かれ、エルドラディモンが送り込まれようとしていたのだ!!　急ぎ、それを阻止しようとするマサルたち。しかし健闘空しく、エルドラディモンは人間界へと落下。その巨体を晒してしまう…!!

倉田との戦いは新たな展開に移ろうとしていた。何と彼の策略で、エルドラディモンが人間界へと送り込まれてしまったのである!!　大騒ぎになる人間界。報道陣も駆けつけ、「謎のモンスター来襲!!」とデジモンに敵意と不安の目を向ける。人々はデジモンが優しい存在である事も、マサルと倉田のどちらが正しいかも知らない。むしろデジモンを駆逐しようとする倉田に期待していた。そんな中、ついにマサルとコウキの戦いの火蓋が切って落とされる!! 『バイオダークドラモン(究極体)』に変身し、マサル&シャイングレイモンに挑んだコウキ。その役目はひとつ。倉田が作戦を完了させるまでマサルを引きつけておく事。そうとは知らず、バイオダークドラモンの攻撃力に手を焼くマサルたち。本気で攻撃を仕掛けたくても、ビルや人々を巻き込む恐れがあっては決定的な攻撃ができない…!!　そんな中、エルドラディモンに残ってギズモン軍団と戦っていたトーマたちは、倉田の不穏な動きに焦りを感じていた。 軍艦に登載した新型兵器『デジタルハザードシステム』で、エルドラディモンの四肢を絡め取った倉田。身動きできなくなったエルドラディモンに、果たして何をするつもりなのか…!?　さらに彼はギズモン軍団を結合させ、巨大な槍『ギズモジャベリン』の形成を開始。作戦の最終仕上げに向け、着々とミッションを遂行していった。エルドラディモンの危機を知ったマサルは、ピンチの中でも希望を見失わず、最後の最後まであがくのだが…!? 「何度倒されようが、何度でも立ち上がってやる…何度でもな!!」…その心意気が、マサルとシャイングレイモンに新たな力を与えた!!　その名は『ジオグレイソード』!!　これで一気に逆転に転じたマサルたちは、バイオダークドラモンの撃破に成功!!　エルドラディモンの救出に向かった!!　だが時すでに遅く、エルドラディモンはギズモジャベリンの餌食に…。さらに謎の黒服たちと接触したトーマが、マサルたちの元から去ってしまう。

倉田との戦いは、最悪の状態で第一ラウンドを終了していた。人間界へと持ち越された大戦争は、守るべきエルドラディモンが撃破されるという緊急事態に。しかもトーマは、実家であるノルシュタイン家の黒服に連れ去られて、謎の戦線離脱。街も破壊され、人々はデジモンを敵視するようになる。さらに手配されたマサルたちは、地下アジトに隠れざるを得なくなっていた。その一方で実家に戻っていたトーマは、妹『リリーナ』との再会を果たす…。 病気のリリーナが、日本に来られるとは思っていなかったトーマ。驚きを隠せないでいた彼は、さらに邸宅に入って驚いた。何と、そこに倉田がいたのである。どうやら倉田なら、リリーナの病を治すことができるらしい。その発言に心が動かされたトーマは、自分の手先になれと交換条件を出して来た倉田の話に耳を傾けることにした。それが、悪魔との契約に等しい行為であると知りながら…。 倉田と手を組むことにしたトーマ。果たしてそれは本心なのか、それとも…。その頃、マサルたちの元にはバンチョーレオモンが訪れていた。彼は語る。ジオグレイソードを上回る、『バーストモード』なる未知のパワーが存在すること。それは予想もしないような力を生み出す一方で、パワーに飲み込まれる危険性があること。そして最後につけ加えた。「バーストモードは、絶対に使ってはならない…」 聖なる都(エルドラディモン)の生き残りがギズモンに襲われていると聞き、現場に直行したマサルたち。そこで彼は、敵意をむき出しにするトーマと再会した。「僕は、倉田博士と一緒に平和な世界を作る!!」…信じられない言葉を吐き捨て、ガオモンと共に戦いを挑んでくるトーマ。その時、怒りで我を忘れそうになったマサルが、未知なるパワーを発揮した。バンチョーレオモンが警告した、あのバーストモードだ!!

倉田の手下として、マサルたちの前に現れたトーマ＆ガオモン。妹リリーナの病を治すには倉田の手を借りるしかなく、苦渋の選択だっただろう…。だがそんな理由を知らないマサルたちは、ただ戸惑うのみ。そんな中だった。『バーストモード』という、絶対に発動してはならないパワーを、マサルが呼び覚ましてしまったのは!!　まるでマサルの怒りに呼応するかのように凶暴化したシャイングレイモンは、その圧倒的な負のパワーで暴走を始めてしまう…!! 暴走したあげく、市街地を破壊したシャイングレイモン。彼はデジタマに戻るという謎めいた現象に見舞われ、そのまま沈黙してしまった。デジタマからかえす方法も解らず、例えかえったとしても、元の記憶を残しているかどうかは不明…。もしここにトーマがいてくれたら…。一同は深いため息をつく。その頃、トーマは倉田の野望の正体を打ち明けられていた。その目的とは、七大魔王のひとつに数えられる『ベルフェモン(究極体)』を、スリープモードから覚醒させること…!! ベルフェモンは、倉田がデジタルワールドの遺跡の奥深くから発見した最終兵器。これを復活させられれば、デジモンを全滅させるという当初の目的以上のものが手に入る。それは…人間界!!　彼はデジタルワールドと人間界を、同時に支配しようとしていたのである!!　その事実を告げられ、なぜか笑みを浮かべるトーマ。そこへ、こっそり探りに来ていたイクトとファルコモンが突然なだれ込んで来た…!! ベルフェモンのことをマサルたちに告げようと、離脱を図ったイクトたち。そんな彼らの前に、トーマたちが立ちふさがった!!　助けたくても、今のマサルには何も出来ない。ただ気持ちだけが先走るだけ…。そのせいでヤタガラモン(ファルコモン)は、ミラージュガオガモン(ガオモン)の一撃を食らい、消息不明になってしまう。一方、姿を消していた湯島所長は、リリーナの病室に白衣姿で現れていて…!?

妹『リリーナ』の不治の病を治してあげよう…そんな倉田の誘いに乗り、マサルたちを裏切ったトーマ。彼はスパイをしていたイクトとファルコモンを攻撃し、完全に倉田側に寝返っていた。しかしその一方でおかしな点も…。あれだけ本気で攻撃していたはずのトーマとガオモンだったのに、何故か直撃させる事だけは避けていたようなのだ。あの至近距離で攻撃を外すなんて…。そんな中、イクトたちの口から、ベルフェモン復活が倉田の目的である事がマサルたちに告げられる…!! 一方、手術を受ける直前のリリーナを病室から連れ出した湯島は、その手術方法に驚きを感じていた。まさか、かつてコウキたちに行ったデジモンとの融合を、リリーナにまで施そうとしていたなんて…!!　そうしなければ助からないとしても、これは決して許される行為ではない!!　だがその思いもむなしく、彼はトーマたちに発見、拘束されてしまう。そして覚醒寸前のベルフェモンが市街地に解き放たれ、倉田による世界支配宣言が国家機密省へと通達されてしまった!! いよいよ始まる、リリーナとデジモンの融合手術。本気かトーマ!?　だが彼は、ここで突然行動を起こす!!　彼は、ベルフェモンの制御装置に密かに仕掛けていた爆弾を爆発させると同時に、リリーナの首に仕掛けられていた爆弾を奪取。自分が一発逆転を狙っていたことを明かし、倉田に一矢報いたのだ!!　彼が倉田に従っていたのは、妹の首に爆弾リングがはめられていたから…。手術の際にはそれが外されると見抜き、じっとタイミングを伺っていたのである。 トーマの反撃で、ヨシノらと戦っていたベルフェモンは行動不能に陥った!!　しかしこれで諦める倉田ではない。彼は、自分自身がベルフェモンと融合することで、それを『ベルフェモンレイジモード(究極体) 』に進化!!　現場に到着し、本当の敵である倉田に、今度こそとどめを刺そうとするトーマ&ガオモンに再び牙をむく!!　その頃、アグモンのデジタマを抱えていたマサトは、「もうガマンできない!!」と、無謀にも、自らも戦場に赴く事を決意していた…!!

トーマが仲間に戻った事で、阻止されるかに思われたベルフェモンの復活。だが倉田自身がベルフェモンと融合することで、それはついに究極体(ベルフェモンレイジモード)に進化してしまった!!　アグモンのデジタマを抱えたマサルも現場に到着し、いよいよ反撃に移るマサル・トーマ・ヨシノたち。だがベルフェモンレイジモードの強さは圧倒的。とてもではないが、傷ひとつつける事はできない…!!　果たして、マサルたちに勝機はあるのか!? 「デジモン、生きている…人間と同じ、生きている…!!」…デジモンをまるでモノのように扱い、殺してはベルフェモンに取り込ませていた倉田。そんな倉田の考え方、やって来た事に怒りをあらわにしたイクトが究極のパワーを発揮した!!　「暖かさ教えてくれたユキダルモン…厳しさ教えてくれたメルクリモン…競い合い教えてくれたデジモン…仲間の大切さ教えてくれたマサルたち…みんな仲間!!　オマエ(倉田)仲間いない…。オレ勝つ!!　仲間いるから!!」 ファルコモンが進化し、ついに『レイヴモン(究極体)』がその姿を現した!!　仲間を想う気持ちをパワーに変え、圧倒的な戦闘力でジリジリとベルフェモンレイジモードを追い詰めていくイクト&レイヴモン。このまま押し切るか!?　そう思えた瞬間、今度はベルフェモンレイジモードが反撃に転じた!!　今まで抑えていたパワーをフルに発揮し、イクトたちを一蹴したのだ!!　そしてこの瞬間、さらなる異常が倉田を襲う…!! もはや倉田の意識は、ベルフェモンレイジモードの凶暴な本能に取り込まれている状態。目の前にあるものを、ただ破壊するだけの邪神に変わり果てていた。その攻撃の前に、成す術もなく倒されていくトーマたち。だがここで奇跡が起こる。「アグモンと一緒に戦いたい」…そのマサルの強い気持ちが、ついにデジタマから彼を復活させたのだ!!　さあ反撃だ、いくぞ…マサル、アグモン!!

トーマとガオモンがチームに戻り、アグモンもついにデジタマから復活を遂げた!!　倉田を吸収したベルフェモンは、依然、都市部を好き放題に破壊しているが、チームが完全に元に戻った今、恐れるものは何もない!!　マサル＆ガオモンを先頭に、ベルフェモンに一撃ブチかませ!!　 しかしその時、ベルフェモンに異変が…。胸の部分から、倉田の顔が突然出現したのである!!　あれは倉田の怨念か、それとも打ち崩された野望の破片なのか…!? 野望を打ち崩したマサルへの憎しみだけを振りまき、全身から無数の鎖を放出したベルフェモン。ヤツは街中のエネルギーを吸い取ったばかりか、DATSの後方支援車に保管されていた時空振動爆弾を吸収。一回り大きくなってパワーアップし、無差別攻撃を繰り出した!!　今のベルフェモンは、時空を切り裂く能力を備えている。振りかざす爪や、口から放出するエネルギー波が空間を切り裂き、このままでは…!! この街は、ただでさえ過去のデジタルダイブで空間の壁が弱まっていた。そこに追い討ちをかけるように、ベルフェモンが暴れて空間に無数の裂け目を作っている。このままでは、いずれ人間界とデジタルワールドの空間の壁が崩壊し、二つの世界はぶつかり合った末に崩壊してしまうだろう…。そこでマサルたちは、一気にベルフェモンを撃破しようと決意。今こそ持てる力のすべてを発揮し、総力戦を挑んだ!! そんな中、マサルはシャイングレイモンに教えられていた。仲間を守る力を貸して欲しいとシャイングレイモンに願い、それが間違いだと諭されていたのである。力は、与えたり貸したりするものではない。「力は合わせるものだ」…と!!　瞬間、マサルは新たなるパワーを獲得。真のバーストモードで、シャイングレイモンに無双の力を発揮させた!!　これによりマサルたちはベルフェモンの撃破に成功。だが倉田の最後のあがきが、時空振動爆弾を破裂させてしまう…!?

ベルフェモンを倒し、倉田の野望がついえたと誰もが思っていた。だが彼の最後の行動が、新たな脅威をもたらす…。倉田が破裂させた時空振動爆弾の影響で、日本を含む世界各国の時空の壁が一気に崩壊したのである!!　一つの時空に、二つの世界は存在できない…呟くトーマ。このままだと、いずれ人間界もデジタルワールドと共倒れ。二つの世界は衝突したあげく、崩壊してしまうというのだ…!!　その言葉に、マサルも思わず戦慄する。 その頃、デジタルワールドではイグドラシルが表舞台に出ようとしていた。二つの世界をどうするべきか…。彼に仕えるロイヤルナイツのひとり『クレニアムモン(究極体) 』に、今後の行動を伝えていたのである。デジタルワールドを救う方法は、ただひとつ…。つまり、人間界を先に消滅させればいい…と。人間は再び過ちを繰り返した、もう生き残る価値はない…。そして戸惑うクレニアムモンに、一連の事件を回想させた。 最初は、人間がデジタルワールドに侵入した事。その後、倉田は軍を率いてデジタルワールドに侵攻した。ユキダルモンが生命を奪われた、あの事件である。次々と狩られていくデジモンたち。あの時はまだ希望を持ち、人間の監視に徹していたイグドラシル。だがマサルたちと暴走デジモンの戦い、さらには倉田一派との激闘でデジモンたちが次々と犠牲になるにつれ、ついに限界に達したのである。もはやここまで…人間に生きる価値はない!! 一方、人間界では『時空の壁』崩壊に伴う怪現象に見舞われていた。頻発する落雷。ビルはなぎ倒され、旅客機は墜落の危機。人々はパニックを起こして逃げ惑う。もはやマサルたちの手に負える事態ではない…!!　しかしその時、思わぬ助っ人が…。その名はバンチョーレオモン!!　彼がデジソウルのすべてを放出し、落下しつつあるデジタルワールドを支えたのだ!!「マサル、イグドラシルに会え!!　オレの命が尽きるまでに!!」

倉田が爆破させた時限振動爆弾の影響で、次元の壁が崩れてしまった!!　バンチョーレオモンがデジソウルで支えてくれているが、このままではデジタルワールドと人間界、二つの世界が衝突するのは時間の問題。そうなれば、両方が消滅することになるだろう…。バンチョーレオモンは言った。二つの世界を救うため、イグドラシルに会え…と。そこでマサルたちは、再びデジタルワールドに乗り込むことを決意。さっそく行動に移し、意外な再会を果たす…。 マサルたちが再会したのは、かつて敵対したはずのゴツモンだった!!　だが彼は妙に親切で、敵対心らしきものは感じさせない。一度デジタマに戻されているし…。もしかして記憶を失っている?　とにかく、「いい人」になっていたゴツモンの案内でイグドラシルのいる世界樹をめざしたマサルたちは、そこで彼らを阻む新たな『強敵』と遭遇した!!　彼の名は『クレニアムモン(究極体)』。イグドラシルを守護する『ロイヤルナイツ』のひとりだ!! イグドラシルには絶対に会わせないと立ちはだかるクレニアムモン。彼のパワーは強大!!　そして強固!!　どこまでも強固!!　究極体の4体攻撃でも、決して揺るがなかった!!　これがロイヤルナイツの実力…。瞬く間に叩きのめされるシャイングレイモンたち。だがマサルがクレニアムモンの槍を素手で受け、力任せに押し倒した事で逆転。これで倒せるか…!?　誰もがそう思ったその時…!! マサルたちの前に、ロイヤルナイツが大集合した!!　しかも続けざまに、また新たな人物が現れる。それはマサルの父『スグル』…。いや、今の彼はスグルではない。デジタルワールドの神『イグドラシル』だったのだ!!　彼は冷酷に告げる。人間界を消滅させる…と。もはや父と子の関係さえ断ったようなイグドラシルの冷酷さ。マサルたちにも身の危険が迫る…。だが、そこへ謎のデジモンが飛来した。彼はマサルたちを回収すると、そのまま一気に飛び去る。いったい、彼は何者なのか…!?

デジモンの神『イグドラシル』を名乗り、人間界の消滅をロイヤルナイツに命じた大門スグル。彼は猛反発する息子・マサルに対しても、まるで他人のように接した。しかも、息子共々トーマやヨシノらも抹殺しようとする…。そんな彼らを救ったのは、ロイヤルナイツのひとり『スレイプモン(究極体)』だった!!　そこへさらに、行方不明になっていたはずの薩摩隊長も登場。スレイプモンが、隊長のパートナー・クダモンの進化した姿である事を打ち明けた。 薩摩隊長と再会した一同は、これから自分たちが何をすべきなのかを問われていた。人間界では現在、地下シェルターへの避難が着々と進められている。戦うのか、それとも…。一方、マサルとその家族もまた悩んでいた。父は生きていた。だが、今はまるで別人のように変わってしまっている…。父は人間を、いや家族を裏切ったのか!?　あの優しい父が…!?　 どうしても信じられないマサル。だが母は、あくまで夫を信じ抜くと笑顔を見せる。 母と話すうち、マサルは少しずつ心の整理がつくようになっていた。思い出されるのは、父としたキャッチボール。そこで託された、『一人前の男の証』という金属プレートのペンダント。…父に何があったかは知らない。でもあの時の父は、自分を信じてこの大事なペンダントを預けてくれた…。ならば、自分も父を信じなければ!!　決意したマサルは、ロイヤルナイツのひとり『デュークモン』が人間界に現れたと知って現場に急行。苦戦していたトーマたちを救おうと立ち上がる!! だがそんなマサルとシャイングレイモンでも、デュークモンには苦戦を強いられた。やはりロイヤルナイツの力は侮れない!!　 助っ人に参上したスレイプモンが、自分もろともデュークモンを氷漬けにしてくれたお陰で危機は去ったものの、これからの戦いは壮絶を極めるだろう。だがマサルは、それでも父を連れ戻そうとする。そして人間界を仲間たちに任せ、アグモンと共にデジタルワールドへ突入するのだった…。

デジモンの神『イグドラシル』を名乗り、人間の敵になった大門スグル博士。そんな父の真意を知りたいマサルは、たった一人でデジタルワールドへと乗り込んでいた。残されたヨシノやイクトたちは、人間界への攻撃を本格的に開始したロイヤルナイツ配下『ナイトモン』の軍団に対抗。休む間もなく次々と撃破していく…。そんな中、湯島から連絡を受けたトーマ&ガオモンは、急いで空港へと向っていた。妹『リリーナ』に、危機が迫っていたのだ…!! ノルシュタイン家を守る…そんな理由で、トーマの父はリリーナを連れて帰国しようとしていた。だが今は、未曾有の緊急事態。どこへ行っても危険である事に変わりはないし、飛行機で飛び立つなど言語道断。死ぬために離陸するようなものだった。元々父に反発していたトーマではあったものの、「オマエが守ればいい」と身勝手な態度を取る父に、もはや怒りが収まらない様子…。彼は怒りを強引にねじ伏せ、今は任務として、そして発作を起こしたリリーナのために戦おうとする…。 父と子の不和は、トーマ幼少時にまでさかのぼる。原因は、父の不甲斐なさだった。母を亡くしたトーマは、当時暮らしていた日本を離れ、祖母が守るノルシュタイン家で暮らすことになる。だが祖母は、庶民の娘の子であるトーマをノルシュタイン家の長男だとは認めなかったのだ。しかも父は、そんな祖母に言いなりになるだけ…。母の名誉も守らず、自分も守ってくれなかった父…。だからトーマは、「ノルシュタイン家の人間なら…」と、家名だけを押し付ける父に強く反発していたのである。 だがそんな氷のような心も急速に溶けていく事となった。今まさに、ロイヤルナイツのひとり『ロードナイトモン(究極体)』と交戦中。身を挺してリリーナを守ったトーマは、父の「私もノルシュタイン家を守るために必死だったのだ!!」という告白を聞き、幼き日の泣いていた自分と、泣き崩れた父の姿を重ね、ようやく父を受け入れたのである。そしてバーストモードを発動させると、それまでの苦戦も嘘のようにロードナイトモンを撃破。またひとつ成長し、マサルを助けるために自らもデジタルワールドへ旅立つのだった。

次元振動爆弾の影響で、今や次元の壁が崩壊し、ぶつかる危機にある人間界とデジタルワールド。そんな中で、デジモンの神にしてマサルの父『イグドラシル』は、人間界を消滅させるよう親衛隊の『ロイヤルナイツ』に命じていた。避難を完了し、もはや人間界は完全なゴーストタウン。街には、ロイヤルナイツの配下と戦うヨシノ・ララモン・イクト・ファルコモンの姿しかない…。 そんな中、マサルの家の庭に、幼年期のデジモンたちが落下してくるという事件が発生した。どうやら、嵐に巻き込まれてデジタルワールドから飛ばされてきたらしい…。しかもその中には、かつて知香のために戦ったピヨモンの姿もあった。マサルと父の帰りを待つため、避難せずに母と共に家に残っていた知香は、思いがけない再会に目頭を熱くさせる。しかし、一度デジタマに戻ってしまったピヨモンに彼女との記憶はない…。 とりあえずデジモンたちを引き取る事にした知香たちは、ヨシノやイクトにも手伝ってもらい、彼らの世話を始めた。だが幼年期のデジモンたちは、好き勝手にはしゃぐばかり。クッションの取り合いに、風呂場での水遊び。トイレも所かまわずで、少しも目が離せない。大門家は、まるで幼稚園のような大騒ぎに見舞われていた。それでも共同生活は楽しく、知香もママさんも嬉しそう。その中でイクトは決断する。自分が、このデジモンたちにアニキになる…と。 ロイヤルナイツのひとり『獣騎士ドゥフトモン』が現れたのは、就寝間近の出来事だった。彼は目的を達成させるためならば、デジモンの犠牲など省みない非情な戦士。それが許せないイクトやヨシノは、窮地に立たされながらも必死に抵抗する。今こそバーストモードの発動だ!!　そして二人はロゼモンとレイヴモンをバーストモードに進化させると、ドゥフトモンを撃破。トーマと合流し、デジモンを守るためにも再びデジタルワールドをめざすのだった…!!

デジモンの神『イグドラシル』を名乗り、人間界への攻撃をロイヤルナイツに指示した大門スグル博士。マサルはそんな父の真意を確かめるべく、パートナーのアグモン、そしてデジタルワールドで再会したゴツモンを伴い、父がいる世界樹をめざした。そんな中、彼らの前に、ロイヤルナイツのひとり『クレニアムモン』が立ちはだかる!!　イグドラシルから与えられたという最強の槍『クラウ・ソラス』。そして最強の盾『アヴァロン』の前にマサルは…!? 「もし人間に可能性があると言うなら…最強の槍をくぐり抜け、この最強の盾、見事打ち砕いてみせろ!!」…ついに始まった、マサル&シャイングレイモン対クレニアムモンの戦い。だが、シャイングレイモンの究極体のパワーでも、最強の盾の前では無力!!　無双の剣『ジオグレイソード』をもってしてもキズひとつ与えられなかった!!　そればかりか、逆にジオグレイソードを粉々に砕かれてしまう…。だが負けない…絶対に諦めない!! 「心が折れない限り、負けじゃない!!」…どんなにダメージを与えられても、決して諦めることなく立ち向かうマサル＆シャイングレイモン。彼らはバーストモードを発動し、何度も、何度も立ち向かった。「まずは、あの盾を砕く!!」…それは、マサルとシャイングレイモンの意地。涼しい顔で攻撃を受け流すクレニアムモンの、自信に満ちた鼻をヘシ折るまで諦めない意地だ!!　そこへ、思わぬ助っ人が駆けつけた!! 駆けつけたのは、マサルを追って来たトーマやヨシノ、イクトたちだった!!　彼らもまたバーストモードを発動させると、マサル＆シャイングレイモンに加勢。バーストモードの四重奏で、クレニアムモンの最強の盾を砕こうと、一点集中攻撃を展開した。その意地はついに最強の盾を貫き、粉々に砕く!!　瞬間、クレニアムモンは自らの敗北を認め、マサルたちに道を譲るのだった。彼もまたバンチョーレオモンと同様に、マサルたちに『可能性』を見出したのである。

ロイヤルナイツのひとり『クレニアムモン』に勝利し、ついに世界樹に到着したマサルたち。目の前にそびえるのは、デジタルワールドを貫くように立つ巨大な世界樹。これこそデジタルワールドを支えるサーバー(情報管理の中心部)であり、デジモンの神を名乗るマサルの父・大門博士(イグドラシル)が待ち構える目的地だ。ここに父がいる…。頂上にいる父と対面し、人間界への攻撃をやめさせなければ…。 マサルたちの行く手を遮る、セキュリティの数々…。外ではトーマ&ガオモンがとどまり、内部に侵入しようとするマサルたちをサポート。内部では、彼を行かせるため、イクトやヨシノがセキュリティの相手をする事になる。だがバラバラになっても、仲間の気持ちはひとつ。イグドラシルを止められるのはマサルだけ。ならば、マサルを先に行かせるために、この場にとどまって戦うのみだ!!　その頃、人間界でも事態に変化が起こりつつあった。クレニアムモンが現れたのだ!! 知香の元に残ったピヨモンがクレニアムモンと戦おうとする中、デジタルワールドでは、マサルとイグドラシルの決戦が始まろうとしていた。息子として、人間界攻撃の真意を問い正すマサル。だが父は、あくまでイグドラシルとして冷たくあしらうのみ。結局、父の考えがわからないまま戦いを始めたマサルは、絶対的な戦闘力の差に、打ちのめされてしまうのだった。やはり相手はデジモンの神…オレでは勝つことはできないのか…。 父の姿に絶望したのか、マサルは初めて心を折っていた。戦いを諦め、敗北を認めるマサル。だが、そんな彼を仲間たちが励ました。心の中で聞えた父の言葉が、再びの闘志を燃やしてくれた!!　そんな彼の前に現れた助っ人。それは…バンチョーレオモン!!　彼は親友のクレニアムモンに救われ、今こうして、弟子の危機に駆けつけてくれたのである!!　そして彼は開口一番、衝撃的な一言を告げた…。「お前の父、大門スグルは…この私だ!!」

人間界に落下しようとしていたデジタルワールドを、我が身を投げ出して支えていたバンチョーレオモン。人間界にやって来たクレニアムモンは、そんな彼と入れ替わると、すぐにデジタルワールドへ行くよう伝えた。すべては、どんな犠牲にも非情であり続けるイグドラシルへの不信感から…。だからこそバンチョーレオモンに人間界とデジタルワールドの存亡を託し、成り行きを見守ろうとしたのである。 イグドラシルと対決していたマサルの前に、さっそうと現れたバンチョーレオモン。彼は告げた。自分こそ、マサルの父『大門スグル』だと…。思い起こせば、発端はスグルがイグドラシルを求めて旅立った時の事…。彼はバンチョーレオモンと出逢い、拳で語り合うことで意気投合したのだった。そして二人三脚で旅を続け、とうとうイグドラシルと、彼に仕えるクレニアムモンに遭遇する事になる。スグルが求めるのは、人間とデジモンの友好関係…。 しかしスグルは、倉田博士がデジタルワールドに侵攻した事件がきっかけで、『憎き人間』の烙印を押されてしまった。囚われた彼は死刑を受け入れる事で友好を訴えるものの、メルクリモンが倉田に倒されると、もはや弁解できない立場にまで追い込まれてしまう…。自分たち人間を信じてもらいたい。息子であるマサルに、もう一度逢いたい…。絶望の淵に立たされたスグルの姿に心動かされたバンチョーレオモンは、そこで密かにある決意を固める。 スグルを救うには、彼の命を肉体から分離させ、自分の肉体に宿らせるしかない…!!　こうしてバンチョーレオモンの肉体には、彼とスグルの魂が宿る事になるのだった。そして今、マサルたちの前には父の姿をしたイグドラシルが立ちふさがっている!!　マサルは、イグドラシルに飛びついたスグル(バンチョーレオモン)の指示で、決着をつけるための一撃を炸裂!!　父を犠牲にしなければならない哀しさと、二つの世界を救う使命感の間で板ばさみになりながら、ついにイグドラシルを撃破した。だが、その時…!!

デジタルワールドで展開されていた、イグドラシルとの最終決戦!!　マサルの父・大門博士の魂を宿したバンチョーレオモンが捨て身の行動に出てくれたものの、撃破できたのは仮の姿だけだった…。ついに現れる、イグドラシルの巨大な本体!!　 シャイングレイモンたちは一致団結して立ち向かおうとするが、相手はデジタルワールドの神だ。隙のない攻撃の前に手も足も出ない!!　さらに戦いは人間界へと飛び火。最終決戦の行方は…!? 『浄化』と称し、人間界を滅ぼすと宣言したイグドラシル。彼にとっては、人間こそデジモンの敵。抹殺すべき存在なのである。そのために人間界に降り立つと、まずは知香とピヨモンを始末しようとした。「私の裁きは、デジモンたちの意思…」…あくまで、自分の決断がデジモンの総意であるかのように振る舞うイグドラシル。それに、彼を追って来たイクトが強く反発した。「そんな事はない。人間の事、分かってくれるやつらだっている…!!」 「…オレたちと一緒に、戦ってくれるやつらだっているんだ!!」…そんなイクトの意思に、そして二つの世界を救おうと本気で戦うマサルたちの気持ちに応えるように、次々とデジモンたちが集まって来た!!　湯島のパートナーであるカメモン…。メグミたちのパートナー、ポーンチェスモン…。マサルの自宅にかくまわれていた幼年期のデジモンたち…。そしてロイヤルナイツ。今こそ人間とデジモンたちの『想い』がひとつになる時…!! デジモンを動かしていたのは、人間が強く願った『生への執着』だった。彼らは世界中から駆けつけると、マサルたちと共にデジタルワールドの落下を阻止しようと奮闘。さらにロイヤルナイツは、そんな彼らを後押ししようとイグドラシルへの反乱を決意する。その様子に、自らが推進していた『デジモン進化実験』が失敗したと判断するイグドラシル。イグドラシルはすべてを白紙に戻そうと、デジモンたちまで抹殺すると宣言した。マサルとアグモンは、イグドラシルの暴走を止めるため、今こそ最終決戦に挑む…!!

マサルとアグモンは最後の戦いに挑もうとしていた。敵はデジモンの神を名乗る『イグドラシル』。自らが推進する「デジモン進化計画」が失敗に終わったと判断し、人間もろともデジモンを滅ぼそうとしたのである。突撃したマサルたちをサポートしようと、援護攻撃を展開する仲間たち。デジタルワールドが落下しないよう、必死に支えるデジモン。その姿に心動かされ、デジモンを応援する人々。決着の時が、ついに訪れる…!! マサル渾身の一撃を食らい、ようやく敗北を認めたイグドラシル。彼は、人間とデジモンが仲良く暮らせる世界を作ると約束したマサルたちに希望を託し、そのまま永い眠りに就いた。これにより人間界とデジタルワールドを隔てる次元の壁は復活し、ようやく二つの世界に平和が訪れる。そしてイグドラシルに生命を与えられた大門博士も、人間の姿で家族の元に戻って来て、未曾有の危機は奇跡的に乗り越えられたのだった。 次元の壁が復活したとは言え、まだまだ空間は不安定。そこでDATSは、しばらくデジタルゲートを封鎖することにした。ならば…と、デジタルワールドに戻ることを決意するアグモンたち。彼らは、イグドラシルなき後のデジタルワールドを再建しなければならない。だからどんなに別れが辛くても、今はそうしなくてはならないのだ。しかしマサルだけはその事実が受け入れられず、仲間たちが互いのパートナーと最後のひと時を過ごす中、ついアグモンとケンカ別れしてしまう…。 そして別れの瞬間がやって来た。デジタルゲートに乗り込み、別れを惜しむデジモン。それを送り出すトーマたち。だがそこにマサルの姿はなかった。やはり別れが辛いのか…。しかしそれは大きな間違いだった。何とマサルは、大きなリュックを背負って滑り込むように現れたのだ!!　彼は仲間たちに告げる。自分もアグモンについていく。いつ戻れるか解らないが、それまでデジタルワールドを冒険するつもりだ…と!!　こうして仲間たちが新たな道を歩き始める中、マサルとアグモンは相変わらず冒険を続けるのだった…。