Dopo un anno Daniel smette di assumere i farmaci prescritti per curare la sua schizofrenia e nasconde la cosa a Caroline, di cui è innamorato, e a Kate. Nel frattempo, l'agente di polizia indaga sul caso di un uomo la cui personalità è stata radicalmente cambiata da un incredibile incidente alla testa.

Pierce e Moretti indagano sul caso di una donna convinta che il proprio marito sia stato rapito dagli alieni. Intanto, Pierce continua a dibattersi tra la sua vera fidanzata Caroline e quella immaginaria, Natalie.

Durante l'indagine sull'assassinio di un giudice Daniel suggerisce una teoria complicata ed estrema, che fa storcere il naso soprattutto a Donnie, che si sta occupando del caso.

Daniel accetta di collaborare in un caso che coinvolge un famoso attivista ambientalista: Kate non può fare a meno di domandarsi perché Pierce abbia accettato di lavorare senza di lei.

ate e Daniel lavorano sull'omicidio di un uomo che viveva giocando on-line. Per l'indagine, Daniel crea un suo avatar virtuale, il che non fa che peggiorare la sua già distorta percezione della realtà.

Daniel collabora con Donnie nell'indagine sul malfunzionamento di un modernissimo dispositivo medico per i malati di Parkinson: l'indagine sfocia però in un caso di omicidio.

Daniel accetta di aiutare una donna accusata di aver ucciso un'infermiera di un ospedale psichiatrico: ben presto si convince che la struttura nasconda molti e oscuri segreti.

Mentre Daniel deve 'affrontare' una vecchia fiamma che è tornata in città e vuole rivederlo, Donnie cerca di aiutare un eroe di guerra che potrebbe avere un grosso problema neurologico.

Moretti si trova sotto accusa per alcune azioni compiute durante un caso particolarmente delicato: Daniel e Donnie cercano di dimostrare la sua innocenza, ma è proprio Kate a finire per dubitare di se stessa.

Moretti indaga sul caso di un diciottenne autistico accusato di omicidio. Pierce collabora con lei, aiutato dalla sua allucinazione del celebre campione di baseball Mordecai 'Tre-dita' Brown.

Una serie imprevista e convulsa di eventi porta il fratello di Lewicki Kenni ad essere il primo sospettato in un caso di omicidio. Pierce e Lewicki stesso si vengono a trovare in una brutta posizione.

Dopo l'omicidio di una persona conosciuta, Daniel ha una 'soffiata': mandante di alcuni delitti potrebbe essere addirittura la CIA. Moretti decide di indagare personalmente.

In questo finale di stagione: Pierce viene accusato di stalking nei confronti della sua ex fidanzata, e ne è sconvolto. Kate inizia ad indagare per scoprire il vero stalker e scagionare Daniel.