FBI Agent Kate Moretti asks Dr. Daniel Pierce to determine the mental competency of a man being retried for murder. But the trial takes a shocking and unexpected turn when Pierce’s findings question whether the person standing trial is the same person he was six years ago. Meanwhile, Moretti is unpleasantly surprised to discover that the Assistant U.S. Attorney prosecuting the case is her soon-to-be-ex-husband Donnie Ryan.

Pierce and Moretti take on an extraterrestrial case when a woman reports that aliens have abducted her husband. When Pierce and Moretti arrive to investigate, however, they make a startling discovery. Meanwhile, things heat up between Pierce and his real-life girlfriend, Caroline, but his relationship could be jeopardized if he can't get his imaginary girlfriend, Natalie, out of his mind.

W trakcie przesłuchania na sali rozpraw zostaje zamordowany sędzia. Z kolei podczas meczu koszykówki nieznany sprawca śmiertelnie rani nożem jednego ze sportowców. Obie zbrodnie łączy fakt, że choć wydarzyły się w zaludnionych miejscach, w danym momencie nie było żadnych świadków. Daniel sądzi, że ofiary są ze sobą w jakiś sposób powiązane. W jego teorię wierzy jedynie Kate.

Pierce accepts an invitation to work on a case from a renowned environmental activist concerning a chain of abnormal neurological reactions in a group of young girls. However, upon examining the girls, Pierce discovers that a dark secret is at the root of their ailments. Meanwhile, Moretti questions Pierce’s motives in working on a case without her.

Pierce and Morretti plunge into virtual reality to solve the murder of Kurt Simpson, a man who spent most of his time in a massive multiplayer online game called Caleidoscope. After creating an avatar of himself to investigate the crime, Pierce struggles more than ever to distinguish between reality and fantasy.

Wydaje się, że nowe urządzenie mające kontrolować drgawki w chorobie Parkinsona, ma poważny defekt. Pierce jest zmuszony prowadzić śledztwo razem z Donniem. Ich współpraca poddana zostaje próbie, gdy rutynowe dochodzenie zmienia się w sprawę dotyczącą morderstwa. Tymczasem Lewicki otrzymuje cenną lekcję na temat chodzenia na randki.

Moretti przyjmuje zeznania na łożu śmierci, dotyczące morderstwa nastolatki z 1992 roku. Wzywa Pierce'a do ustalenia wiarygodność chorego. Sprawa komplikuje się, gdy lekarz rzekomego zabójcy ujawnia, że guz jego pacjenta w tajemniczy sposób zniknął. Pierce i Moretti odkrywają szokującą prawdę dotyczącą serii pozornie oczywistych zabójstw.

Pierce prowadzi śledztwo w sprawie makabrycznego napadu z użyciem noża, do którego doszło w szpitalu psychiatrycznym. W swoich halucynacjach mężczyzna widzi Zygmunta Freuda. Wkrótce dochodzi do przekonania, że szpital pełen jest mrocznych sekretów.

Policja aresztuje bohaterkę wojenną, która zniszczyła wystawy sklepowe. Daniel jest przekonany, że zachowanie kobiety to wynik infekcji, przez którą puchnie jej mózg. Kate przekonuje Donniego, by odpuścił aresztowanej i nie stawiał jej zarzutów. Wkrótce bohaterka wojenna zostaje wplątana w zabójstwo dwóch żołnierzy. Kate żałuje swojej decyzji.

Moretti musi stawić czoło oskarżeniu po tym, jak wzięła sprawy w swoje ręce, realizując niebezpieczne zadanie. Pierce i Donnie usiłują oczyścić jej imię. Pojawia się jednak coraz więcej sprzecznych dowodów. W ich obliczu nawet Kate zaczyna kwestionować swoją niewinność.

Pierce fights for an autistic teen who is under interrogation for murder; Dean Haley attempts to convince a neuroscience prodigy to attend CLMU.

Lewicki's brother shows up unannounced; Kenny is named the key suspect in a homicide case; Lewicki is approached with an offer that makes him question Pierce's loyalty.

Stabilność psychiczna Pierce'a zostaje poddana w wątpliwość, gdy pada na niego podejrzenie o prześladowanie swojej byłej dziewczyny, Caroline Newsome. Może to zagrozić jego pracy. Moretti postanawia znaleźć prawdziwego prześladowcę. Pomaga jej odwiedzający FBI inspektor z Kanady.