Trois étudiants de 15 ans du lycée catholique Saint-Joseph ont disparu durant une visite scolaire dans un musée. Les disparus sont Lucas Garza, Ryan Rojas et Miguel Diaz. Les caméras de surveillances montrent les trois garçons sortir discrètement du musée mais ils n'ont plus donné aucun signe de vie après ça. L'équipe doit les retrouver rapidement car Lucas est un diabétique de type 1, si il reste longtemps sans prendre de l'insuline, il risque de tomber dans le coma ou mourir.

Lucas Garza, un des adolescents disparus de Saint-Joseph est retrouvé mort derrière le lycée catholique. Ryan Rojas et Miguel Diaz, les deux amis disparus de Lucas ne sont toujours pas réapparus. D'après le légiste, Lucas est mort à cause de ses complications liées à son diabète car il n'a pas pris son insuline.

L'enquête sur la mort de Lucas Garza et les disparitions de Ryan Rojas et Miguel Diaz continue. La police s'interroge si les disparitions n'ont pas un lien avec la mort d'Hector Padilla, le beau-père violent, membre de gang, de Ryan. Ils se sont également mis à soupçonner le père Jonas Alcartaz, quand la brigade s'est rendue à l'église pour l'interroger, ils découvrent que celui-ci s'est enfui pour le Mexique.

Les deux lycéens disparus de Saint-Joseph, Ryan Rojas et Miguel Diaz, ont été retrouvés Mexique par le FBI. Ils sont rapidement rapatriés à Los Angeles pour être interrogés. Parallèlement, à cause de tout le stress de cette affaire, Sharon fait une crise cardiaque et est emmenée d'urgence à l'hôpital.

Ryan Rojas et Miguel Diaz ont été retrouvés. Ils affirment que avec Lucas, ils ont sortis du musée en cachette pour rejoindre une limousine sur le parking, qu'ils ont été aspergés d'un produit chimique qui leur a fait perdre connaissance. Puis ils se seraient réveillés tous les deux au milieu du désert mexicain avec de la drogue sur eux. Ils ont été arrêtés par la police mexicaine et rapatriés à Los Angeles par le FBI. Mais la brigade a un doute sur la crédibilité de leur histoire.

La brigade enquête sur le meurtre de Bonnie Pearl, une célèbre avocate, abattue d'une balle dans la tête dans sa voiture. La victime se serait arrêtée, aurait ouvert la fenêtre du siège passager et aurait reçu la balle. Mais deux douilles ont été retrouvées ce qui veut dire qu'il y aurait eu deux tueurs.

La brigade découvre que Bonnie Pearl, l'avocate qui a été tuée dans sa voiture, enquêtait sur une série de viols d'anciennes serveuses qui travaillaient chez Tackless à travers le pays, et que Vanessa Blaine, la cliente de Bonnie, assassinée chez elle, était une ancienne victime d'un de ces viols. La brigade va tout faire pour retrouver le responsable de ces crimes horribles.

Bill Landon, le riche docteur, suspecté d'être le violeur en série, est retrouvé mort dans sa voiture, tué de la même façon que Bonnie Pearl, deux balles dans la tête, tirées à travers le siège passager. Mais on découvre que l'arme qui a servi à tuer Bill, est la même qui aurait servi à tuer Bonnie. De plus, Bill n'a pas tué Vanessa, puisqu'elle avait assez confiance en son tueur pour le laisser entrer chez elle, et elle n'aurait jamais fait entrer son violeur. Donc la brigade est toujours à la recherche de l'assassin.

Alors qu’un des personnage principal de la série vient de mourir d'une crise cardiaque et que l'équipe est sous le choc, ils n'ont pas le temps de faire leur deuil puisque Emma Rios, l'une des substituts du procureur, qui a déjà collaboré avec l'équipe, est retrouvée morte chez elle. Quelqu'un l'aurait noyée dans sa piscine. La brigade est sûre qu'il s'agit de Philip Stroh, le tueur en série qui s'est enfui, il y a quelques années, et de retour à Los Angeles.

Jim Bechtel, l'une des personnes recherchées par Philip Stroh, est retrouvé mort poignardé chez lui. La victime est un ancien promoteur immobilier à la retraite, donc pourquoi Stroh aurait-il voulu le tuer ? L'équipe découvre que Gwendolyn Bechtel, l'ex-femme de Jim, est la mère biologique de Stroh. La brigade doit vite la retrouver car il se pourrait qu'elle soit la prochaine victime de Stroh.

Les membres de la brigade découvrent qu'ils ont été piratés et que quelqu'un les espionne à distance. Ils pensent qu'il s'agit de Karl, le voisin d'Emma, mais il découvrent qu'aucun Karl n'a jamais habité à côté d'Emma; donc il s'agirait du hacker qui travaille pour Philip Stroh. Il correspond également au jeune homme qui a rendu visite à Gwendolyn Bechtel, il y a quelques jours.

Hunt Sanford, riche homme d'affaires et beau-fils de Gwendolyn Bechtel, est retrouvé mort dans le bureau de son psy. Stroh l'a forcé de lui virer son argent sur un compte avant de le poignarder. Sur les murs du bureau, il est écrit "Rusty est le prochain", il est donc clair que Stroh veut s'en prendre à Rusty. La brigade doit tout faire pour retrouver Stroh avant qu'il s'attaque à Rusty. Le lieutenant Provenza est bien décidé à en finir avec le tueur en série.