Torna di nuovo al lavoro la Divisione Crimini Maggiori diretta dal capitano Raydor. La squadra questa volta e' alle prese con l'omicidio di una giovane donna trovata morta nella piscina della villa di proprietà del marito, il famoso regista di film polizieschi Martin Elliot. Nel frattempo il nuovo vice procuratore Emma Rios deve interrogare Rusty per il caso del serial killer di cui e' l'unico testimone oculare. Ma i suoi metodi bruschi, che non tengono conto delle delicate condizioni psicologiche di Rusty, lo mettono contro tutto il team della Crimini Maggiori.

Il dottor Edwards, un ricco odontoiatra, e la sorella Janet, vengono trovati morti nella casa di lui. All'inizio, si pensa ad un omicidio-suicidio ma le indagini porteranno alla scoperta di oscure verità riguardanti l'ex marito della donna.

La Divisione Crimini Maggiore questa volta riceve un incarico particolare: aiutare un autore televisivo, Jason, a realizzare un programma sulle reali modalità operative e comportamentali della polizia. Jason si trova subito coinvolto in un inseguimento mozzafiato e assiste all'arresto del fuggitivo, un giovane senza identità, completamente ricoperto di sangue e ostinatamente silenzioso. Rusty intanto deve affrontare i normali problemi della scuola: deve scrivere un tema su chi e' stata la persona più influente nella sua vita.

Lloyd Gibbs, un giovane pregiudicato, e' il testimone dell'accusa nel processo per omicidio contro Scott Perry, suo ex compare nella piccola banda di cui faceva parte. Arrivato a Los Angeles, Flynn e Provenza lo accompagnano in albergo e gli raccomandano di non uscire, di non telefonare e di non vedere nessuno fino alla mattina dopo, giorno del processo. Quando vanno a prenderlo per portarlo in tribunale, lo trovano circondato da una squadra della SWAT. Lloyd viene accusato di aver rapinato e ucciso il proprietario di un minimarket. Emma Rios, il vice procuratore, vede sfumare la possibilità di far condannare Scott Perry, la sua unica speranza e' che la Crimini Maggiori riesca a scagionare Lloyd.

Michelle, tredicenne transessuale, viene trovata morta. I sospetti ricadono su Lewis Gates, un giovane bullo che l'aveva molestata pochi giorni prima per la sua diversità. Con il proseguire delle indagini emergerà un'agghiacciante verità.

Ad un distributore di benzina due appartenenti ad una banda di quartiere e altri ignari passanti, vengono uccisi a colpi di pistola. Tutto lascia pensare ad un regolamento di conti tra bande rivali, ma gli uomini del capitano Raydor non tardano a scoprire la verità. Nel frattempo Rusty e' stato invitato a cena dai genitori della sua ragazza, ma non si sente all'altezza di una famiglia tanto benestante e di successo.

Charles Frey, uno dei più famosi e rispettati allenatori di nuoto degli Stati Uniti, dice alla polizia di aver ucciso per legittima difesa un ragazzo che si era introdotto in casa sua, assieme ad un complice, per rubare. Frey afferma di non aver mai visto prima la vittima, Mateo Torres. Quando Sharon parla con i genitori del ragazzo, però, emerge un'altra verità: Frey, dieci anni prima, era stato l'allenatore di Mateo, una grande promessa del nuoto.

Mentre Provenza è preoccupato di non riuscire più a superare il test attitudinale di tiro, che lo relegherebbe al solo lavoro d'ufficio, la Crimini Maggiori è chiamata ad indagare su un caso di omicidio, mascherato maldestramente da suicidio. La vittima è Ed, un impiegato delle dogane, proprietario di un edificio fatiscente che divide con cinque arzilli e strambi vecchietti.

*Curiosità

La Guest Star Marion Ross interpretava Marion Cunningham nella serie Happy Days

Jason Goss confessa di aver ucciso Brianna Mathis, una prostituta di diciannove anni, per ordine del capo di un'organizzazione criminale. Goss si rifiuta di fare il nome del mandante a meno che il procuratore non gli offra un accordo per omicidio colposo. Il giudice Grove, però, non è d'accordo e la squadra del Capitano Raydor, nel corso delle indagini, scopre che Brianna era un'informatrice dell'F.B.I.

Mentre qualcuno invia a Rusty lettere minatorie, i detective della Crimini Maggiori sono chiamati ad indagare su due omicidi dai risvolti piuttosto inquietanti. L'assassino non si limita infatti ad uccidere le sue vittime, ma dopo aver brutalmente infierito sui loro corpi, continua tranquillamente a vivere per alcuni giorni nelle case dove ha compiuto i misfatti, insieme ai cadaveri, senza curarsi minimamente di occultare le tracce del suo passaggio. Nel frattempo la procura distrettuale, preoccupata per le minacce arrivate a Rusty, pensa di inserirlo nel programma "protezione testimoni" e Sharon teme di dover rinunciare a quello che ormai considera un figlio.

Due fratelli, studenti di liceo, vengono trovati morti in casa della vecchia nonna. A prima vista sembra una morte per overdose, ma gli esperti della Crimini Maggiori non tardano a capire che si tratta in realtà di omicidio quando scoprono che del veleno è stato mischiato alla droga. Intanto Rusty è posto di fronte a un dilemma: andare a studiare in un collegio lontano entrando nel programma protezione testimoni o continuare a vivere con Sharon ed accettare la stretta sorveglianza della polizia.

Dopo aver scontato otto anni di prigione per aver commesso cinque stupri, Eric Riley viene rilasciato in libertà condizionata, ma dopo un paio di settimane scappa dalla casa dei genitori, dove era agli arresti domiciliari. Interviene la Crimini Maggiori che trova il ragazzo morto sotto un ponte. Omicidio o suicidio? Secondo il medico legale Eric era già morto quando è stato buttato giù dal ponte. La Squadra dovrà quindi scovare l'assassino.

In un laghetto all'interno di un campo da golf viene rinvenuto il corpo di un uomo di cui non si avevano notizie da qualche giorno. La Crimini Maggiori scopre che l'ucciso, quando è scomparso, aveva con sé 500 mila dollari. Nel frattempo Flynn, che sembra depresso e assente, è alle prese con un problema personale.

La Crimini Maggiori rischia di dover rinunciare alle vacanze di Natale quando Vince Massey, un talent scout del baseball, viene trovato ucciso nel suo camper. Le indagini portano ad un rapimento avvenuto nove anni prima in Missouri.

Un giovane studente di buona famiglia viene trovato assassinato in una zona periferica della città dove si era trasferito per aiutare i ragazzi del quartiere a uscire dal loro stato di emarginazione sociale. Le indagini non sono semplici: la Crimini Maggiori deve muoversi tra l'omertà degli abitanti del luogo e le pressioni del padre dell'ucciso, un potente deputato del Congresso.

La Crimini Maggiori è impegnata in un'indagine che, fin dall'inizio, si annuncia complicata. Ted King, il proprietario di un autosalone, muore nell'esplosione della sua macchina. Gli artificieri scoprono che nell'auto era stata piazzata una bomba rudimentale fatta detonare con un comando a distanza.

Dopo il sofferto consenso da parte di Sharon, Rusty partecipa all'azione di polizia che ha lo scopo di catturare il criminale che da tempo gli spedisce lettere minatorie. Il compito del ragazzo è quello di mostrarsi in giro e sostanzialmente di servire da esca invogliando questo misterioso personaggio a uscire allo scoperto. Intanto l'attenzione degli uomini della Crimini Maggiori è rivolta verso alcuni efferati delitti, che fanno pensare all'opera di un serial killer.

In questo finale della seconda stagione: la Crimini Maggiori cerca il serial killer che invia a Rusty lettere di minaccia per conto di Phillip Roth. Grazie anche all'aiuto di Fritz Howard, un agente dell'F.B.I., le indagini portano ad un rifugio per giovani disadattati e senza tetto dove inizierà una serrata caccia all'uomo.