Après une mission de sauvetage, Sousuke Sagara, un mercenaire de l'inorganisation Mithril (organisation qui lutte contre le terrorisme) est investit d'une nouvelle mission consistant à protéger une jeune citoyenne japonaise du nom de Chidori Kaname. Pour assurer cette mission, il est assisté par deux autres mercenaires du nom de Mélissa Mao et Kurz Weber. Sousuke est transféré en tant que lycéen dans la même classe que Chidori afin de la protégée . Cependant, il n'est pas facile de protéger quelqu'un sans se faire remarquer et Sousuke à quelques difficultés à s'adapter a ce milieu paisible. Très vite, il se fait remarquer par tous le monde en passant pour un fana de guerre bizarre en provoquant plusieurs accidents......

Plus les jours passent et plus Sosuke a des difficultés pour assurer sa mission de protection en se faisant remarquer par Chidori et se faisant confisquer à chaque fois son arme. l'ennemi ne s'est toujours pas montré mais Sousuke à déjà fait pas mal de dégâts et pourtant cet ennemi complote avec un général de l'armé russe en secret afin de capturer Chidori. Après avoir sauvé Chidori, impliquée dans un accident de la route, Sousuke arrive à établir un premier « contact social » entre eux ....

Pendant que Mithril traque toujours les individus étant à la poursuite de Chidori notamment en détruisant une de leur base, Sousuke poursuit sa mission en apprenant à recycler les détritus en vu du voyage d'école qu'ils vont faire. Afin qu'il se repose un peu, Mélissa et Kurz prennent la relève mais au moment où ils pensent que tous danger est écarté, un individu escalade la façade de l'immeuble ou Chidori réside. Cet individu n'est autre que Shinji Kazama, camarade de classe de Chidori, qui est venu dérober ses sous-vêtements afin de récupérer ses négatifs que ses amis lui on pris. Surpris lorsqu'il découvre la vérité, Sosuke ne trouve rien de mieux que de discuter avec Shinji sur le balcon de Chidori. Lorsqu'elle découvre les deux compères son sur son balcon, petite culotte dans la main, Chidori ne peux que s'énerver et jeter comme il se doit ces deux vicieux. Alors que le voyage scolaire commence, une tension se fait ressentir entre les deux personnages à cause de cet événement.

L'avion viens de décoller de l'aéroport emmenant la classe vers son lieu de destination mais celui-ci est détourné par des terroristes dont le chef se nomme Gauron. C'est en atterrissant sur une base militaire d'un autre pays qu'ils découvrent qu'ils sont pris en otage. A ce moment, Sosuke, isolé face à l'ennemi, ne peux qu'attendre le meilleur moment pour agir et ainsi sauver tous les occupants de l'avion. En même temps, Chidori est emmenée afin de subir des expériences qui déterminerons si elle est oui ou non une « Whispered ». Sosuke parvient à s'échapper de l'avion afin de secourir Chidori tandis que Mithril échafaude un plan de sauvetage....

Sosuke vient à la rescousse de Kaname, et le reste de l'équipe de secours arrive également sur les lieux, mais peuvent-ils retenir l'armée et sauver les étudiants ? Est-ce que Sosuke peut mettre Kaname en sécurité ?

Alors que l'équipe de secours est partie, Sousuke, Kaname et Kurz essaient de trouver un moyen de se remettre en sécurité.

Sosuke décide soudainement de devenir le petit ami de Mizuki ! Les fans de Mizuki sont en colère contre Sagara - mais c'est la réaction de Kaname dont il devrait s'inquiéter.

Lorsque Tessa se précipite vers une base des FDS après avoir appris qu'un membre de l'A21 a été capturé, elle est choquée de trouver Takuma Kugayama. Seina, aux commandes d'un RK-92, a une surprise encore plus grande qui l'attend.

Kaname, Sousuke et le gang profitent des vacances d'été pour visiter le festival militaire de Narushino, et lors de la compétition AS annuelle, Sousuke aide à donner un avantage à l'opprimé.