Neun Monate sind vergangenen, seitdem die Existenz der Alphas kein Geheimnis mehr ist. Mittlerweile weiß die ganze Welt, dass es Menschen mit übernatürlichen Fähigkeiten gibt. Dr. Rosen (David Strathairn) musste den Preis dafür zahlen und sitzt nun in einer psychiatrischen Klinik fest. Als Cameron (Warren Christie) und Bill (Malik Yoba) allerdings zu Geiseln werden, sorgt der Zwischenfall dafür, dass sich das ursprüngliche Alpha-Team wieder vereint. Nicht zuletzt werden die Alphas mit einem anderen Alpha konfrontiert, der nahezu unbesiegbar scheint. Er drängt die einzelnen Mitglieder von Dr. Rosens Teams in die Enge.