Neun Monate nachdem er die Alphas öffentlich gemacht hat und Dr. Rosen in eine psychiatrische Klinik eingeliefert wurde, kommt es zu einem Zwischenfall in Binghanton, bei dem Cameron und Bill zu Geiseln der außer Kontrolle geratenen Alpha-Gefangenen werden. Nur mit den vereinten Kräften des gesamten Teams kann die Situation gelöst werden.

Das Team bekommt es mit einem extrem schnellen Alpha zu tun, der Jagd auf die Verantwortlichen für seine abnormale Fähigkeiten macht, die ihn zudem rasant altern lassen. Bei seinem Rachefeldzug nimmt er Geiseln und begeht Morde. Kann Dr. Rosen rechtzeitig deeskalieren?

Das Team von Dr. Rosen erhält Zuwachs durch John Bennett, der Rachel durch seinen signifikanten Körpergeruch auffällt. Unterdes wird Bill als Kämpfer in einen Fight Club eingeschleust, in dem vor kurzem ein anderer Alpha durch eine Säureattacke getötet wurde. Als Kat Bill zeigt, wie er seine Fähigkeiten zum Positiven nutzen kann, findet er zunehmend Gefallen am Fight Club.

Nina, die mit der Alpha-Fähigkeit ausgestattet ist, die Gedanken ihrer Mitmenschen zu kontrollieren, ist vor einiger Zeit aus dem Team ausgeschieden. Als sie jedoch mehr und mehr Schaden mit ihrer Fähigkeit anrichtet, beschließt Rosen, die junge Frau einzufangen und zu therapieren. Doch wie soll er Nina erwischen, wenn sie jeder Zeit seine Gedanken lesen kann?

Ein mächtiger Alpha scheint den Verstand verloren zu haben: In einem Krankenhaus attackiert er Menschen. Das Team macht sich sofort auf die Suche nach dem Abtrünnigen, doch als sie ihn ausfindig machen, verliert das Team nach und nach selber den Bezug zur Realität.

Rosen und sein Team reisen in ein abgelegenes Dorf der Alphas, um Technik-Genie Skylar Adams um Hilfe zu bitten. Sie soll die Funktion eines Photostimulators testen, mit dem man die Fähigkeiten der Alphas steigern kann. Doch Parishs Männer befinden sich ebenfalls in diesem Dorf und haben es auf Skylar und ihre Tochter Zoe abgesehen.

Dank der Fähigkeiten eines jungen Alphas, das Bewusstsein anderer zu kontrollieren, erhält das Team neue Beweise über Parishs üble Pläne. Daraufhin kommt es zu einer Machtprobe zwischen Rosen und Parish.

Nachdem Rosen den Maulwurfs enttarnt hat, steht er nun vor der quälenden Entscheidung, was als nächstes zu tun ist. Unterdessen kümmert sich das Team um Familienangelegenheiten: Hicks Sohn Tayler kommt überraschend zu Besuch und John trifft endlich Rachels Eltern. Schließlich bekommt Kat ihren ersten Fall: Sie sucht nach einer mysteriösen Droge, die ihre Konsumenten vorübergehend unverwundbar macht.

Als Hicks zu Parishs Gruppe überläuft, sind Rosen und das Team verwundert: Hat er wirklich die Seiten gewechselt, oder hat seine Entscheidung etwas mit Dani zu tun? Die Wahrheit kommt ans Licht, als es den Alphas gelingt Parishs Plan aufzudecken. Um ein tödliches Chaos auszulösen, möchte er einen mächtigen Stromausfall verursachen. Um ihn zu stoppen, müssen die Alphas mehr riskieren, als ihnen lieb ist.

Hicks und Kat transportieren den gesprächigen und verrückten Alpha Namens Mitchell, dessen Gehirn so aufnahmefähig ist, wie ein Schwamm. Sie hoffen, dass er ihnen die entscheidenden Informationen über Parishs tödlichen Plan liefern kann. Unterdessen droht die plötzliche Anwesenheit von Senatorin Burton im Büro der Alphas Rosens und Ninas Schwachpunkte zu entlarven.

Als Rosen einen Alpha entführt um ihn zu verhören, fragt sich das Team, wie weit er gehen wird, um den Tod seiner Tochter zu rächen. Unterdessen finden Harken und Gary heraus, dass Skylar von Parish gefangen gehalten wird.

Dr. Rosen ist von seinem Team getrennt und wird von lebhaften Halluzinationen seiner Tochter Dani verfolgt. Sichtbar gezeichnet und zunehmend verzweifelt, sucht er die finale Konfrontation mit Parish. Unterdessen kämpft das Team nicht nur gegen die Zeit, sondern auch gegen das gegenseitige Misstrauen, ihr Ziel aber bleibt Parishs tödlichen Plan zu durchkreuzen.