In einem Raum ohne Fenster wurde auf unerklärliche Weise ein Häftling von einem Scharfschützen erschossen. Ein Angestellter des Verteidigungsministeriums wendet sich an Psychiater Dr. Leigh Rosen. Rosen ist der Kopf eines Teams von Alphas, einer Gruppe von Menschen mit übernatürlichen mentalen und physischen Fähigkeiten. Schnell wird klar, dass es sich beim Schützen nur um ein Mitglied einer feindlichen Gruppe von Alphas handeln kann. Doch dem verdächtigten Cameron Hicks fehlt jegliche Erinnerung. Es scheint, als wurde er durch Gehirnwäsche manipuliert.

Bei einem schweren Autounfall sterben sieben Menschen. Unfern des Tatorts wird Marcus Ayers gefunden. Marcus war Rosens erster Alpha Patient und ist vor kurzem aus der Forschungsanstalt geflohen, in die er aufgrund seiner gefährlichen Manipulationsversuche verlegt wurde. Zurück in der Freiheit hat Marcus nur eines im Sinn: Er will mit seinem ehemaligen Psychiater abrechnen. Rosen versucht, ihn mit einer schrecklichen Erinnerung aus der Vergangenheit in die Enge zu treiben. Doch das Vorhaben scheitert und Marcus Vergeltungsschlag fordert das nächste Opfer.

Das Team der Alphas muss nach der Attacke auf Dr. Rosen in ein neues Quartier umziehen. Kaum in den neuen Räumlichkeiten angelangt, erhält Rosen von Agent Wilson schon den nächsten Auftrag. An der Ostküste trugen sich in einigen Zügen rätselhafte Morde zu. Wilson vermutet, dass es sich um das Werk eines jungen Alphas handelt, der bei Bedrohung Pheromone versprüht und damit großes Chaos anrichtet. Das Überwachungsvideo bringt die Alphas auf die Spur einer 17-Jährigen. Als das Mädchen jedoch bemerkt, dass sie verfolgt wird, taucht es im Untergrund ab.

Autist Gary (Ryan Cartwright) hört eines Tages ein sonderbares Geräusch. Es erinnert ihn an die erste Begegnung mit einem Alpha, der nur als ‚der Geist‘ bekannt ist. Die Rückverfolgung des Signals bringt das Team um Dr. Rosen zum Haus von Kosar, der den verfeindeten Red Flag angehört. Beim Übergriff der Alphas gelingt Kosar und seinen Leuten die Flucht. Zurück bleibt jedoch eine autistische Frau mit dem Namen Anna, die mittels einer eigenen Sprache kommuniziert. Kann es Gary gelingen, Annas Vertrauen zu gewinnen und ihre Sprache zu verstehen?

Eine Ermittlung führt die Alphas nach Pennsylvania, wo der Vertrauenslehrer einer High-School völlig überraschend dem Zerfall seiner Organe erlag. Doch der Lehrer ist nur eine von vier Personen in der Gegend, die auf rätselhafte Weise zu Tode kamen. Es scheint als hätten alle unter schweren Entzugs- oder Abhängigkeitssyndromen gelitten – aber wovon? Um eines der Opfer, Chris, in einer Autopsie untersuchen zu dürfen, braucht es das Einverständnis seiner Mutter Jessica. Rachel versucht das Vertrauen der Frau zu gewinnen und begibt sich damit selbst in Gefahr.

Das FBI will die Zusammenarbeit mit Bill beenden. Da erfährt er zufällig durch Gary von einer Entführung und sieht darin seine Chance, sich dem FBI noch einmal zu beweisen. Währenddessen versuchen Hicks und Nina einen hartnäckigen Detektiv loszuwerden und kommen sich dabei näher. Gary und Bill müssen feststellen, dass sie dem Fall alleine nicht gewachsen sind. Sie weihen Rosen ein und beschließen, die Entführer noch vor der Lösegeldübergabe zu schnappen. Doch das FBI hegt derweil anderweitige Pläne.

Skylar Adams ist auf der Flucht vor der Nationalen Sicherheitsbehörde. Dr. Rosen weiß, dass die junge Frau ein Alpha ist und möchte sie beschützen. Doch scheinbar ist ihre Fähigkeit Alltagsgegenstände zu Maschinen und Waffen umzuformen nicht der einzige Grund, warum sie verfolgt wird. Bill kann den Kinderwunsch seiner Frau nicht teilen. Zu groß ist die Angst, dass seine Kinder auch Alphas werden. Unterdessen gerät Garry in eine Auseinandersetzung mit seiner Mutter, da diese seine Arbeit bei den Alphas für zu gefährlich hält.

Als 1980 die Kirche seines Vaters in Flammen aufgeht, überlebt nur der kleine Jonas. In der Gegenwart lernt Hicks bei den Anonymen Alkoholikern den erwachsenen Jonas, einen Alpha, kennen. Der hat nun selber eine Anhängerschaft und versetzt Menschen in den Zustand höchster Glückseligkeit. Auch Hicks zieht er in seinen Bann. Als Dr. Rosen einem Anhänger hilft, bringt er Jonas gegen sich auf und seine dunkle Seite offenbart sich. Indessen geht Rachel mit Gary zur Verlobungsfeier ihrer Schwester. Dort sorgt sie mit einer furchtbaren Diagnose für Unruhe.

Ungewöhnliche Dinge geschehen, als Nina und Hicks das vermutliche Red-Flag-Mitglied Dr. Kern im Büro des Rosen-Teams befragen wollen. Dank sonarer Fähigkeiten kann dieser ohne Augenlicht sehen und zudem Vibrationen erzeugen, die Gebäude einstürzen lassen können. Er berichtet von seinen medizinischen Versuchen auf dem Gebiet der Alpha-Fähigkeiten und versucht, Dr. Rosen für die Red Flag zu gewinnen. Doch nicht mit allen Vorkommnissen scheint Kern etwas zu tun zu haben: Ein unsichtbarer Gast entführt Rachel und bringt das Team in Gefahr.

Die Alphas verfolgen Isaac, ein Mitglied der Red Flag, der mehrere Initiatoren des Alpha-Programms ermordet hat. Isaak ist allerdings selbst auf der Jagd. Sein Ziel: Danielle, Dr. Rosens Tochter. In letzter Sekunde gelingt es Hicks Isaac zu töten, bevor das Mädchen ihm zum Opfer fällt. Zurück im Hauptquartier der Alphas gesteht Dani, dass sie die Kette eines Red Flags gestohlen hat. War das Schmuckstück der einzige Grund, warum Isaac es auf sie abgesehen hatte?