In einem Raum ohne Fenster wurde auf unerklärliche Weise ein Häftling von einem Scharfschützen erschossen. Ein Angestellter des Verteidigungsministeriums wendet sich an Psychiater Dr. Leigh Rosen. Rosen ist der Kopf eines Teams von Alphas, einer Gruppe von Menschen mit übernatürlichen mentalen und physischen Fähigkeiten. Schnell wird klar, dass es sich beim Schützen nur um ein Mitglied einer feindlichen Gruppe von Alphas handeln kann. Doch dem verdächtigten Cameron Hicks fehlt jegliche Erinnerung. Es scheint, als wurde er durch Gehirnwäsche manipuliert.

Das FBI will die Zusammenarbeit mit Bill beenden. Da erfährt er zufällig durch Gary von einer Entführung und sieht darin seine Chance, sich dem FBI noch einmal zu beweisen. Währenddessen versuchen Hicks und Nina einen hartnäckigen Detektiv loszuwerden und kommen sich dabei näher. Gary und Bill müssen feststellen, dass sie dem Fall alleine nicht gewachsen sind. Sie weihen Rosen ein und beschließen, die Entführer noch vor der Lösegeldübergabe zu schnappen. Doch das FBI hegt derweil anderweitige Pläne.

Skylar Adams ist auf der Flucht vor der Nationalen Sicherheitsbehörde. Dr. Rosen weiß, dass die junge Frau ein Alpha ist und möchte sie beschützen. Doch scheinbar ist ihre Fähigkeit Alltagsgegenstände zu Maschinen und Waffen umzuformen nicht der einzige Grund, warum sie verfolgt wird. Bill kann den Kinderwunsch seiner Frau nicht teilen. Zu groß ist die Angst, dass seine Kinder auch Alphas werden. Unterdessen gerät Garry in eine Auseinandersetzung mit seiner Mutter, da diese seine Arbeit bei den Alphas für zu gefährlich hält.

Das Team von Dr. Rosen erhält Zuwachs durch John Bennett, der Rachel durch seinen signifikanten Körpergeruch auffällt. Unterdes wird Bill als Kämpfer in einen Fight Club eingeschleust, in dem vor kurzem ein anderer Alpha durch eine Säureattacke getötet wurde. Als Kat Bill zeigt, wie er seine Fähigkeiten zum Positiven nutzen kann, findet er zunehmend Gefallen am Fight Club.

Der schockierende Mord an Dani lässt Rosen und sein Team verzweifelt zurück. Konfrontiert mit seiner härtesten emotionalen Herausforderung, verarbeitet er seine Trauer, indem er sich hinter seiner gewohnten Zurückhaltung versteckt.

Als Rosen einen Alpha entführt um ihn zu verhören, fragt sich das Team, wie weit er gehen wird, um den Tod seiner Tochter zu rächen. Unterdessen finden Harken und Gary heraus, dass Skylar von Parish gefangen gehalten wird.