Los salvadores han pasado al lado oscuro, Emma se ha convertido en el cisne negro, los personajes de cuento deben aliarse para lidiar con el nuevo papel de Emma y comienzan la búsqueda de Merlin. Este es un viaje que los llevará desde el Bosque Encantado hasta Camelot y en el camino traerá muchas sorpresas, incluyendo a Mérida de 'Brave'.

En un esfuerzo por proteger a Emma, Regina toma un sorprendente camino que pondrá a prueba su fortaleza como una fuerza del bien. El Rey Arthur y la Reina Guinevere preparan un baile real para darles la bienvenida a los héroes a Camelot, pero cuando la celebración toma un giro mortal, David y Robin deberán pasar a la acción o perderán una ventaja crucial para salvar a Emma. De vuelta en Storybrooke, Hook despliega una técnica infalible con la esperanza de traer de vuelta a Emma a la luz, mientras tanto, los héroes descubren que un inesperado equipaje les ha seguido a casa desde Camelot.

En Camelot, los héroes trabajan sin descanso para liberar a Merlín. Decidido a ayudar a Emma, David se embarca en la búsqueda de una poderosa reliquia mágica que Regina podrá usar para comunicarse con el prisionero hechicero, pero, cuando David parte, Arthur insiste en acompañarle porque los peligros que le esperan son mayores de lo que puede imaginar. Mientras tanto, Mary Margaret descubre el destino de su antiguo amigo Lancelot. De vuelta en Storybrooke, Arthur busca la ayuda de david para capturar a un ladrón que amenaza la seguridad de los ciudadanos de Camelot. Mientras, Emma contacta con un indesciso Hook para comenzar su plan de sacar Excalibur de la piedra.

Tras recibir la enigmática advertencia de Lancelot sobre las intenciones de Arthur, Mary Margaret se da cuenta de que el rey puede ser la mayor amenaza de los héroes. Cuando es incapaz de convencer a David del peligro, decide tomar el asunto en sus propias manos. Mientras tanto, el inquebrantable amor de Hook hacia Emma aporta un rayo de esperanza en su lucha contra la incesante voz de Rumplestiltskin. En un flashback de Camelot, Guinevere detecta que Arthur está olvidando sus principios, consumido por la obsesión de completar Excalibur. Por ello, pone en marcha su propia búsqueda junto a Lancelot en el corazón de la oscuridad. En Storybrooke, Dark Emma pone en marcha un arma secreta en la siguiente fase de su plan para encontrar el alma más valiente que pueda sacar Excalibur de la piedra.

En Camelot, mientras Mary Margaret y David intentan recuperar la daga del Dark One, Emma usa un Atrapasueños para observar cómo Merlín es convertido en árbol en el pasado. Juntas, Emma y Regina intenta descubrir el ingrediente esencial que necesitan para liberar a Merlín, pero es una carrera contra Arthur, quien no quiere que Merlín sea libertado. Mientras tanto, con el apoyo de sus madres, Henry reúne la valentía para pedirle una cita a Violet. De vuelta en Storybrooke, los héroes irrumpen en la casa de Emma esperando localizar a Gold, pero lo que encuentran les dará una pista de la jugada final de Emma. Lejos de los ojos curiosos, Mérida comienza la misión que Emma le ha encomendado que consiste en convertir a Gold en el héroe que necesitan para empuñar Excalibur.

En un flashback de Camelot, un encuentro fortuito con Merlín, David, Hook y Belle da a Mérida una nueva esperanza en su búsqueda para salvar a sus hermanos de los clanes usurpadores de DunBroch. Reticente a dejar nada a la suerte, Mérida va con Belle a un peligroso viaje que culmina con una lección de valentía que no tiene precio. En Storybrooke, Regina, Mary Margaret y David descubren el hechizo que permitiría a un elegido de Merlín comunicarse con él, pero cuando Arthur falla en esta misión los héroes empiezan a desconfiar. Mientras tanto, Emma le ordena a Mérida matar a Belle con la esperanza de forzar la transformación heroica de Mr. Gold. Con Mérida incapaz de desobedecer las órdenes de Emma, Gold debe encontrar el coraje para luchar por la vida de Belle o correr el riesgo de perderla para siempre.

En Camelot, Merlín encabeza una misión para unir la daga con Excalibur y así poder usarla como un arma para salvar a Emma de la oscuridad que está amenazando su alma. Con Zelena a rastras, Hook, Mary Margaret, David, Regina y Robin entran sigilosamente en el castillo de Arthur para quitarle al maníaco rey la espada. Mientras tanto, Merlín se lleva a Emma a una aventura para confrontar a su antiguo némesis y recuperar el fuego sagrado que necesitará para reforjar Excalibur. Ambos son puestos a prueba pero uno de ellos sufre un golpe que podría arruinar toda la operación. En un flashback anterior a la Era Artúrica, un juven Merlín bendecido con magia e inmortalidad encuentra un propósito pero cuando se enamora de una refugiada llamada Nimue, todo cambia para Merlín dado que su romance hace que comiencen una serie de eventos que afectan a cada uno de los héroes del presente.

Las tensiones en Camelot afloran cuando Merlín, ahora bajo el control de Arthur, le da un ultimátum a Emma: entregar la daga del Dark One y el fuego de Prometeo o matará a su familia entera. Rehusando rendirse, Emma y nuestros héroes plantan cara a Arthur, Merlín y Zelena en una épica batalla de magia y voluntad. Justo cuando el final está a la vista, Emma se ve forzada a hacer de tripas corazón en una decisión que nadie ve venir. De vuelta en Storybrooke, el embarazo de Zelena es misteriosamente acelerado y Hook llega a nuevas cuotas de desesperación para conseguir respuestas de Dark Swan.

Zelena y Arthur viajan a DunBroch en una misión para encontrar una reliquida encantada que les dará la ventaja que necesitan para vencer a Emma y a nuestros héroes. Sus caminos se cruzan con Mérida, que está en un viaje para hacer pagar la deuda que su padre, el Rey Fergus, le debía a la Bruja cuando murió. Mérida le pide ayuda a sus dos amigas, Mulán y Ruby, pero, para satisfacer a la Bruja y salvar DunBroch, primero debe descubrir la identidad del caballero que mató a su padre. En flashbacks, Mérida aprender sobre la valentía y el honor mientras es entrenada en combate para cabalgar junto a Fergus en la infame batalla que le costó la vida.

Emma se transforma en Dark One para salvar el destino de su único y verdadero amor. Ahora es el momento de unirse a la saga épica del bien contra el mal.

El asedio de Storybrooke está en marcha.Todos los resucitados necesitan el sacrificio de un alma viva para alcanzar el mundo de los vivos.

Emma, Regina, Mary Margaret, David, Robin, Henry y Gold llegan al Inframundo con la misión de rescatar a Garfio pero descubren que su búsqueda será más complicada de lo que esperaban. Los habitantes del Inframundo, todas las almas con asuntos pendientes y muchas de ellas con venganzas personales, persiguen a nuestros héroes en cada paso que dan. Mientras tanto, en un flashback del Bosque Encantado, una cara familiar del pasado de la Reina Malvada regresa al presente de Regina con el regalo de cumpleaños perfecto.

En el Inframundo, un fugitivo de la prisión de Hades informa a los héroes que Garfio ha sido capturado. Pero antes de que lo puedan rescatar, tienen que enfrentarse a una bestia aterradora que custodia la prisión. Mary margaret busca a un amigo de la infancia el cual sabe como derrotar al monstruo. Sin embargo, cuando se reencuentan, descubre que su amigo ya no es el héroe que una vez fue. Mientras tanto, en un flashback del Bosque Encantado, una joven Blancanieves se esfuerza por mantener la paz en su reino y debe aprender a ser una verdadera heroína si algún día quiere convertirse en reina.

El secuestro de Garfio da un oscuro giro cuando Hades amenaza con condenarlo en el Río de las Almas Perdidas después de que éste se niegue a elegir que tres amigos se quedarán en el Inframundo. Mientras tanto, Gold decide ayudar repentinamente a Emma, Blanca, David, Regina, Robin y Henry a encontrar a Garfio y así poder volver a casa junto a Bella; pero para poder hacerlo, debe encontrar a su exmujer Milah en el Inframundo para pedirle ayuda. En el pasado del Mundo de Cuentos de Hadas, Rumple y Milah se enfrentan a una situación de vida o muerte que concierne a su hijo, Baelfire, que forzará a Rumple a hacer un trato que lo atormentará.

Emma, Snow, David, Regina, Robin, Henry y Hook continúan la búsqueda de una manera de liberar a todos, desde el inframundo. A merced de Hades, Gold crea un portal para Storybrooke, que transporta a Belle, Zelena y Baby Hood al inframundo. Mientras Zelena y Regina se meten en una pelea entre hermanas, Belle se reúne con Rumple sólo para enterarse de una noticia tremendamente impactante que cambiará su vida para siempre. Por otro lado, Snow y David desesperadamente intentan enviar un mensaje desde el inframundo a su hijo, Neal. En flashbacks, Hades se entera de un hechizo muy especial de Zelena y le hace una visita en Oz con la intención de realizar una alianza, pero se encuentra con algo más que un socio en el crimen.

Belle acude a Rumplestiltskin con la esperanza de encontrar una forma de proteger a su hijo de Hades. Sin embargo, no están de acuerdo sobre usar magia oscura para ello, así que Belle le prohíbe a Rumplestiltskin usar sus poderes para hacer el mal. Mientras tanto, Hades se reúne secretamente con Gastón en el inframundo y le incita para que busque venganza contra Rumplestiltskin. Cuando los héroes intentan encontrar una forma de derrotar a Hades, Emma tiene una terrible pesadilla que cree que está empezando a cumplirse. Y en flashbacks, Belle y Gastón se conocen, pero su romance comienza a florecer en vísperas de un alto en la Guerra de los Ogros.

En flashbacks, Ruby y Mulán se encuentran a sí mismas en Oz, donde conocen a Dorothy. Después de presenciar cómo Zelena vuelve a Oz por tercera vez, buscan una forma de vencerla de una vez por todas. Sin embargo, Dorothy desaparece misteriosamente, y la búsqueda de Ruby por su nueva amiga la lleva al inframundo. Reunida con los héroes, Ruby forma equipo con Emma, Regina y Snow para continuar buscando a Dorothy. Mientras tanto, Snow y David lidian con la incapacidad de estar con su hijo, Neal, y idean un plan para que al menos uno de ellos pueda escapar del inframundo.

Ahora que Hades y Zelena están reunidos, Hades le dice a Zelena que quiere un futuro con ella fuera del inframundo. Todo lo que tiene que hacer es sanar su corazón con un beso de amor verdadero para así ambos puedan abandonar el inframundo y atrapar a los héroes por toda la eternidad. Cuando Regina se entera de su plan, recurre a la ayuda de Cora para encontrar una forma de separar a Zelena de Hades. Sin embargo, Cora revela un secreto familiar que podría cambiar las vidas de Regina y Zelena para siempre. Mientras tanto, David finalmente conoce a James, sólo para averiguar que su hermano está decidido a vengarse de él por haberle robado toda la vida que podría haber tenido.

Hades recurre a los héroes para rescatar a Zelena de Rumplestiltskin y Peter Pan. A cambio, él ofrece borrar todos sus nombres de las tumbas. Sin embargo, como Hook sigue sin poder irse, él y Emma deben viajar a las profundidades del inframundo. Mientras tanto, Cruella De Vil está decidida a atrapar a los héroes en el inframundo. En flashbacks, Emma busca respuestas sobre su familia y forja una inesperada amistad.

Emma, David, Regina, Robin y Henry han vuelto por fin a Storybrooke y se han reunido con Snow, pero, desafortunadamente, todavía deben enfrentarse a Hades, que continua engañando a Zelena mientras lleva a cabo su plan de usar el todo poderoso cristal olímpico para apoderarse de la ciudad. Los héroes buscan desesperadamente la forma de vencer a Hades mientras Hook hace lo mismo en el inframundo buscando las páginas perdidas del libro de cuentos. Regina y Robin toman una estrategia más directa que culmina con un momento decisivo que cambiará a nunestros héroes para siempre.

En la primera hora del especial de dos horas del final de temporada, Regina sobrelleva la muerte de Robin, y todos intentan darle espacio para el duelo, pero cuando los héroes descubren que Gold ha robado el cristal Olímpico de Hades y quiere acumular toda la magia de Storybrooke en él, estarán determinados a detenerle. Henry decide que no puede convivir más tiempo con el dolor que la magia ha causado a su familia, así que se va intencionadamente, con Violet a su lado, a destruir la magia de una vez por todas. Mientras tanto, Zelena, Snow, David y Hook intentan abrir un portal para devolver a Mérida y a los demás visitantes de Storybrooke a sus hogares, pero las cosas no van bien, y el grupo es arrastrado y desterrado a un nuevo mundo.

La segunda hora, ante la posibilidad de que la magia sea destruida y el destino de storybrooke quede en el aire, supondrá una  carrera para Emma y Regina que tendrán que seguir a Henry antes de que Gold lo encuentre primero. Regina continúa lidiando con sus frustaciones sobre su ex yo-malvado; en otro lugar, Snow, David, Hook y Zelena están prisioneros y deben luchar contra dos individuos muy perturbados que pueden hacerle la competencia a Gold.