Tandis que Emma, Mary Margaret, David, Regina, M. Gold et Crochet entrent au Pays Imaginaire à la recherche d'Henry, ils sont accueillis par une école de sirènes peu amicales qui menacent de mettre un terme à leur recherche avant qu'elle ne commence. Henry se retrouve à fuir les Enfants Perdus avec un autre échappé du camp de Peter Pan. Neal, se remettant de ses blessures, voyage à travers la Forêt Enchantée avec Mulan pour tenter d'apprendre les destins d'Emma et Henry.

Alors qu'Emma, Mary Margaret, David, Regina et Crochet continuent leur recherche d'Henry au Pays Imaginaire, Peter Pan apparaît devant une Emma surprise et lui offre une carte qui va révéler les allées et venues de son fils. Mais la seule façon de faire apparaître la carte pour Emma est de cesser de nier qui elle est vraiment et venir à bout de ses vrais sentiments au sujet de son identité - et M. Gold reçoit certains conseils inattendus d'un ami qui pourrait l'amener à comprendre le voyage de sa vie tout en étant au Pays Imaginaire. Pendant ce temps, sur les terres du conte de fée, quand la Reine du Mal présente à Blanche Neige une offre pour vivre sa vie en paix avec Charmant - avec la mise en garde qu'elle renonce à sa prétention au trône - Charmant décide de veiller à ce que Blanche n'accepte pas l'offre.

Dans leur quête continue pour trouver la cachette de Peter Pan et sauver Henry, Crochet suggère de traquer la Fée Clochette dans l'espoir qu'elle les mènera directement à son camp. Pan révèle à Henry pourquoi il l'a amené au Pays Imaginaire. Dans la forêt enchantée, Neal a un plan qui pourrait le transporter à Emma, mais ça impliquerait d'utiliser un des biens les plus précieux de Robin des Bois. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fée, la Fée Clochette propose à Regina de l'aider à améliorer sa vie.

Mr. Gold prend la décision d'affronter Pan, mais il est-ce qu'il va aller là bas pour sauver Henry ou céder à la prophétie que le garçon le mènera à sa perte? Neal se retrouve au Pays Imaginaire et sous la garde de l'un des plus fidèles des Enfants Perdus de Pan. David se bat pour sa vie tandis que le poison continue à faire sentir ses effets sur lui. Pendant ce temps, dans le conte de fées, Rumplestiltskin va à la recherche d'un Bae disparu, qui a suivi un personnage mystérieux qui vole des enfants avec sa musique.

Avec le poison mortel qui se répand à travers le corps de David qui se rapproche de la mort, Crochet le conduit dans un dernier voyage pour trouver un sextant qui pourrait les aider à déchiffrer une carte qui pourrait les faire sortir du Pays Imaginaire. Pendant ce temps, dans les Contes de Fées, Killian Jones - aka Crochet - et son frère, le Capitaine Liam, naviguent au large sous les ordres du Roi pour trouver une plante indigène puissante sur ​​un terrain inexploré qui pourrait aider à guérir n'importe quelle blessure.

Dans les Contes de Fées, quand Ariel sauve Blanche Neige d'une noyade dans les profondeurs de l'océan, Blanche rend la pareille en aidant sa nouvelle amie à se familiariser avec le prince Eric, avec qui elle est tombée follement amoureuse. Pendant ce temps, Emma, Mary Margaret, David et Crochet tentent de sauver Neal, qui est emprisonné dans un des campements de Pan, et Regina et M. Gold font équipe à contrecœur pour trouver un moyen de faire chuter Pan.

Ariel est renvoyé à Storybrooke avec un objet qui aidera Belle à trouver un artefact caché. Crochet, Neal et Emma se sont mis à capturer l'ombre de Peter Pan. Mary Margaret est contrariée que David ait caché son empoisonnement.

Pan tente de convaincre Henry qu'il peut sauver la magie et le Pays Imaginaire. Dans le passé, un jeune Rumplestiltskin reçoit un objet magique qui pourrait lui donner un nouveau départ avec son père.

Alors que la vie d'Henry est dans la balance, la course est lancée pour empêcher Pan d'acquérir les pouvoirs magiques du cœur du vrai croyant. Pendant ce temps, à Storybrooke du passé, Regina décide de combler un vide dans sa vie et, avec l'aide de Mr Gold, vise à adopter un bébé.

Les habitants de Storybrooke sont fous de joie du retour de Henry et nos héros du Pays Imaginaire. Mais à leur insu, un plan est secrètement mis en place par un Pan bien caché qui va secouer jusqu'à la vie même des habitants de la ville.

Pendant ce temps, dans les terres des Contes de Fées, le voyage de noces de Blanche-Neige et du Prince Charmant s'avère être tout sauf romantique quand ils vont à la recherche d'un être mystique qui pourrait arrêter la froideur de Regina.

Les habitants de Storybrook pour tout pour arrêter Pan avant qu'il ne lance un nouveau sort afin de faire disparaître la ville.

A New York, Crochet tente de se faire rappeler à Emma qui elle est vraiment. Dans le passé, les résidents de Storybrooke retournent à la Forêt Enchantée et sont menacés par une menace à nulle autre pareille.

A New York, Crochet tente de faire resurgir en Emma quelque chose de très puissant : le véritable amour. Dans la Forêt Enchantée, Regina, Blanche, et toute l'équipe de Charmant se confrontent à une sorcière très puissante. Dans le passé d'un autre monde, une jeune fille apprend à utiliser la magie plutôt que d'être chassée par une foule.

Emma, David, Mary-Margaret, Regina et Crochet organisent la traque de la sorcière. David se fait attaquer par un être cagoulé qui semble invincible et qui a le même visage que lui. Dans la Forêt Enchantée, neuf mois avant la deuxième malédiction, Blanche-Neige annonce à James qu'elle est enceinte.

Alors qu'Emma, David, Mary-Margaret, Belle, Crochet et Regina se décident à retrouver Rumplestiltskin qui s'est échappé de la maison de la sorcière de l'ouest, c'est Neal qui réapparaît à la porte du magasin de Gold, hagard et avec une étrange cicatrice dans la paume de la main. En cherchant des preuves de l'identité de la sorcière, Regina croise la route de Robin, dont elle se rapproche et finit par découvrir qu'elle était le nouvel amour que Clochette avait tenté de lui donner.

Zelena démasquée, les Charmants et Regina cherchent à comprendre ses intentions après avoir enterré Neal. La Sorcière de l'Ouest surgit, révèle sa parenté à Regina et lui lance un défi : un duel de sorcières dans la rue principale à la tombée de la nuit. Sceptique, Regina fouille dans ses affaires et retrouve une lettre de sa mère dont elle comprend enfin le sens et confirme que Zelena est sa sœur aînée. Elle part alors s'isoler dans les bois, où Robin la retrouve et tente de la réconforter.

Préparant la prochaine offensive de Zelena, Emma prend la décision de s'entraîner à contrôler la magie avec Regina. David et Mary-Margaret approuvent sa décision et promettent de prendre soin d'Henry, mais Emma pensait le confier plutôt à Crochet sous-entendant que ses parents souhaiteraient se reposer, ce à quoi ils répondent qu'ils peuvent être aussi fun que Crochet avec leur petit-fils qui ne se rappelle pas d'eux. David décide notamment pour le prouver d'apprendre à Henry à conduire. Pendant ce temps Ariel réapparaît sur la plage de Storybrooke, à la recherche du prince Eric qui ne semble pas avoir réapparu. Ariel est amenée à Crochet qui accepte de l'aider à retrouver son prince : ils vont dans la boutique de Gold où Crochet retrouve une cape appartenant à Eric. Grâce à un sort, la cape part retrouver son propriétaire. Pendant ce temps, Regina pense apprendre la magie à Emma par les bases mais choisit la méthode forte en l'amenant à un pont suspendu qu'elle détruit, forçant Emma à puiser de nouveau dans ses pouvoirs ; elle parvient à se sauver d'une chute mortelle, montrant une grande puissance que Regina considère gâchée par si peu de maîtrise.

Un matin, Zelena apparaît dans la demeure de Regina, apparemment pour discuter du passé et du lien qui les unit. Regina n'est pas dupe et comprend qu'il se trame quelque chose : en effet, Zelena est venue retenir Regina pendant que Rumplestiltskin est parti vers le groupe de Robin des Bois et dérober le cœur de la Méchante Reine, n'hésitant pas à menacer le fils de Robin pour l'obtenir. Zelena a ainsi tous les éléments dont elle a besoin sauf un : l'enfant à naître de Blanche-Neige. Regina force Belle à fouiller dans les grimoires pour comprendre le sort que veut lancer Zelena pendant qu'elle réunit Emma, de plus en plus puissante, Blanche-Neige, Charmant et Crochet pour une séance de spiritisme afin d'invoquer l'esprit de la seule personne à avoir toutes les réponses : Cora. L'invocation semble échouer mais l'esprit réapparaît finalement dans la demeure de Regina et tente de s'en prendre à Mary-Margaret. Malgré les efforts de Regina, Cora prend possession du corps de la future mère, ce qui permet à cette dernière de découvrir le passé de Cora et de comprendre les raisons qui l'ont motivé à se venger de la famille du roi Leopold et à abandonner Zelena. Elle découvre ainsi, comme Belle l'a vu dans les livres, que Zelena prévoit de lancer un sort lui permettant de remonter dans le passé et de changer l'histoire en tuant la princesse Eva avant qu'elle n'épouse Leopold, empêchant ainsi la venue au monde d'Emma et de Henry. Regina et Blanche-Neige réalisent alors à quel point leur relation est compliquée mais alors que Regina se montre fataliste, Blanche-Neige l'encourage à avoir espoir et croire au bonheur. Elle accepte son sort et se donne une chance avec son nouvel amour, Robin des Bois.

Emma, Mary-Margaret, David et Regina, qui essaie de garder secrète sa romance nouvelle avec Robin des Bois, essaient de trouver le moyen de briser la malédiction en tentant de reprendre point par point comment ils y sont parvenus la première fois. Seul une chose a changé et elle peut s'avérer déterminante : Henry ne croit plus en la magie et la réalité des contes. Ils commencent à rechercher le livre de contes de fées, mais Mary-Margaret ignore comment le trouver, car elle avait mis la main sur l'ouvrage par magie, alors que Henry se posait des questions sur sa vie. Pendant ce temps, Crochet a été enlevé par Rumplestiltskin et Zelena, qui le menacent de tuer Henry s'il n'utilise pas son baiser maudit sur Emma avant la naissance du bébé de Mary-Margaret.

Tous se précipitent à l'hôpital : Mary-Margaret est en train d'accoucher. Emma et Regina prennent toutes les mesures nécessaires pour empêcher Zelena de prendre l'enfant, mais par prudence, David demande à Emma et Crochet d'aller retenir la sorcière chez elle. Ils sont arrêtés par Rumplestiltskin, qui précipite Crochet dans un puits avant de le relâcher, forçant ainsi Emma à lui faire du bouche-à-bouche et donc à lui faire perdre sa magie par le baiser du pirate. Zelena marche alors vers la chambre de Mary-Margaret et vainc tous ses opposants avant de prendre le bébé, un garçon, à peine né.

À Storybrooke, tous se réjouissent de la fin du règne de terreur de Zelena sauf Emma qui a du mal à cacher son souhait de retourner à New-York. Alors que tous se réunissent pour une cérémonie informelle pour annoncer le nom de l'enfant de Mary-Margaret et David, Emma s'éloigne. Crochet la rejoint et tente de comprendre ; elle lui explique alors qu'elle ne s'est jamais sentie à sa place dans la ville et qu'elle préfère retourner dans un endroit qu'elle connait mieux et sans danger. C'est là que tous remarquent une colonne de lumière : le portail de Zelena s'est ouvert. Regina découvre que sa sœur a disparu et Gold parvient à changer par magie les enregistrements pour qu'il montre la sorcière se suicider. Mais le résultat est le même : la mort de la Sorcière de l'Ouest a libéré la magie de son pendentif et permis l'ouverture du portail. Emma et Crochet se rendent sur place et se font aspirer par le portail.

Emma est mise au cachot de la Reine, où elle retrouve une femme qu'elle avait vue captive de la reine et menacée de mort pour terroriser les habitants. Dans la forêt, Blanche-Neige est capturée par Charmant, mais elle n'a pas la bague qu'il cherche et c'est Crochet qui les informe qu'Emma l'a en sa possession. Ils se rendent donc vers le palais de la Reine, que Blanche-Neige sait comment infiltrer. Sur la route, Blanche-Neige et Charmant apprennent à se connaître, permettant ainsi de renouer avec la continuité originelle. À l'approche du palais, Blanche-Neige s'éclipse et part chercher Rouge, qui va profiter de la pleine lune pour se changer en loup et aider Charmant et Crochet contre les gardes. En fait, Emma est parvenue à se libérer en crochetant la serrure grâce à une astuce de Neal, et elle libère l'autre prisonnière. Blanche-Neige est partie de son côté utiliser sa poussière de fée noire sur Regina, mais elle finit capturée et condamnée à mort sur le champ. En cherchant la princesse déchue, ses compagnons assistent ainsi à son exécution sur le bûcher.