Cyrus Beene ist in das Amt des Vizepräsidenten aufgestiegen, während Olivia in ihrer neuen Rolle als Mellie Grants Stabschefin im Weißen Haus aufgeht. Für Olivias ehemalige Kollegen gehen die Geschäfte dagegen eher schlecht als recht. Arbeit kommt allerdings in der Form von Madeline, einer Frau, die ihren Vermissen Vater, den Theologieprofessor Joshua Stewart, aufspüren will. Schon bald stellt sich heraus, dass Joshua auch als Agent für die CIA unterwegs war. Seine letzte Reise führte ihn in den Nahen Osten in ein Land, das kurz davor steht, eine Nuklearmacht zu werden.

Ein Gala-Dinner mit Präsident Rashad soll die brüchigen Beziehungen zwischen den USA und dem Nahen Osten verbessern. Doch Mellie Grants Vorhaben, Rashad zu einem Abrüstungs-Abkommen zu überreden, geht nur sehr langsam voran. So beauftragt Olivia Jake damit, nützliche Informationen über Rashad zusammen zu tragen. Unterdessen gelingt es Abby mit der Hilfe von David Rosen, eine Einladung für das Staatsbankett zu erhalten. Die Agentur hat nach Olivias Weggang noch immer mit einer Auftragsflaute zu kämpfen. Als dann schließlich hochbrisantes Material zu Rashad auftaucht, muss Olivia entscheiden, ob sie tatsächlich mit einer Enthüllung die ohnehin angespannte, politische Lage in der Region noch zusätzlich destabilisieren will.

Fitz beruft Marcus Walker aus Kuba zurück, doch der findet bei seiner Ankunft ein verstörendes Bild vor. Fitz kümmert sich nicht um sein politisches Erbe und fühlt sich in dem riesigen Anwesen, das er eigentlich für sich und Olivia gekauft hatte, vollkommen verloren. Zeitgleich versucht ein Student mit einem verzweifelten Streik mitten im Winter zu erreichen, dass eine Konföderierten-Statue aus der Zeit des Bürgerkriegs entfernt wird. Tatsächlich zieht die Aktion zumindest die Aufmerksamkeit von Fitz auf sich und er beschließt, nach Washington zurück zu kehren – doch dort könnte schon bald ein Kampf um Olivias Seele auf ihn warten, die sich immer mehr ihren düsteren Instinkten zuwendet.

Eli Pope versucht Fitz weiterhin davon zu überzeugen, dass er Olivia nicht aufgeben darf. In einem Fall vermisster, afro-amerikanischer Mädchen sehen Marcus, Eli und Fitz das ideale Beispiel eines Auftrags, für den sich Olivia normalerweise begeistern würde. Doch die ist vollkommen mit einem Aufstand in Bashran beschäftigt, der Präsident Rashad ins Exil getrieben hat. Unterdessen entwickelt Cyrus Beene eine zunehmende Faszination mit Fenton Glackland, einem Technik-Genie, das ihm ein sündhaft teures Gemälde geschenkt hat.

Die Krise um Präsident Rashad halt Olivia weiter in Atem und die USA stehen auf Veranlassung von Präsidentin Grant kurz vor einem Militäreinsatz im Nahen Osten. Doch Olivia entwickelt einen Alternativplan, bei dem ein Anführer einer Gruppe von Aufständischen eliminiert werden würde, während die andere Gruppe als schuldige dasteht. Doch Fitz macht Olivia mit seinem überraschenden Geständnis bei Mellie gehörig einen Strich durch die Rechnung. Mellie würde nur zu gerne wissen, was Olivia mit den Vorgängen bei B613 zu tun hat.

Quinn kommt Olivias Verantwortung für den Absturz von Rashads Flugzeug auf die Spur und stellt sie zur Rede. Olivia versucht sie zu beschwichtigen, schließlich stehe ihre Hochzeit mit Charlie unmittelbar bevor. Doch genau bei jener Zeremonie taucht Quinn dann nicht auf. Schon bald wird allerdings klar, dass Quinns Verschwinden mit Olivia nichts zu tun hat. Charlie ergreift die Initiative und entführt Fenton Gackland, den er für mitverantwortlich an Quinns Schicksal hält.

Eli steckt hinter Quinns Entführung und versucht nun, Olivia zu erpressen. Olivia leidet währenddessen unter Panikattacken und scheint mit ihrer Doppelbelastung als Command von B613 und als Mellies Stabschefin nicht fertig zu werden. Außerdem greift sie inzwischen etwas zu oft zum Weinglas. Olivia bittet Maya im Fall von Quinn um Rat, doch Maya riecht den Braten und verweigert Olivia die Zustimmung zu dem, was sie insgeheim bereits durchdacht hat: Was, wenn sie Quinn beseitigen lässt?

Olivia erfährt, dass Quinn tot ist. Ihre DNA und Reste ihres Hochzeitskleids wurden in einem ausgebrannten Auto gefunden. Fitz versucht Olivia sein Beileid auszudrücken, doch die komplimentiert ihn hochkant wieder hinaus. Glackland trennt sich von Cyrus, da er davon überzeugt ist, dass Charlie von Cyrus als Attentäter beauftragt worden ist. Olivia ertränkt ihre Gefühle im Alkohol und landet schließlich in der Wohnung von Fitz. Zeitgleich entdecken David und Abby eine versteckte Festplatte.

Aus Quinns Blickwinkel werden ihre Entführung und die Geburt ihres Kindes noch einmal aufgerollt. Rowan entführt sie aus einem Aufzug und versteckt sie in seinem Keller. Als er Olivia anbietet, Quinn gegen die entwendeten Dinosaurier-Knochen zu tauschen, lehnt sie dankend ab. In ihrem Gefängnis wird Quinn Ohrenzeugin, wie Olivia sie im Stich lässt und es vorzieht, ihre eigene Macht zu festigen.

Nach einer gemeinsamen Nacht entschließt sich eine verstörte Olivia dazu, mit Fitz nach Vermont zu gehen. Dort warten allerdings auch bereits ihre engsten Freunde auf sie, die eine Art Intervention planen. Olivia wird nun direkt mit ihrem Mitwirken am Tod von Quinn und Präsident Rashad konfrontiert. Alle Anwesenden, versuchen Olivia dazu zu bewegen, ihre Position als Command von B613 ein für alle Mal aufzugeben – leichter gesagt, als getan.

QPA übernimmt den Fall eines Regierungsbeamten, dem vorgeworfen wird, sein Heimatland an Russland verraten zu haben. Schon bald stellt sich heraus, dass er ein Verhältnis mit Jakes Ehefrau hat. Zeitgleich stellt Olivia Mellie zur Rede und will wissen, warum diese ausgerechnet Jake zu ihrem neuen Stabschef gemacht hat. Quinn verhandelt mit Rowan über ihre Freiheit, was Olivia unvermittelt in Lebengefahr bringt.

In dem Crossover mit „How To Get Away With Murder“ lernt Olivia die Strafverteidigerin Annalise Keating kennen. Annalise benötigt ihre Hilfe in einer Sammelklage vor dem Obersten Gerichtshof. Zunächst hoffen beide auf die Unterstützung des Weißen Hauses, müssen aber bald feststellen, dass sie alleine dastehen. Der Schlüssel zum Erfolg könnte in Geheimnis liegen, das einer der Richter unter der Decke halten will

Ein Hacker bringt das Flugzeug von David und Cyrus in seine Gewalt und ändert den Kurs. Die Spur führt zum gestohlenen Laptop einer Mitarbeiterin im Weißen Haus. Mellie steht schon bald vor der schwierigen Entscheidung, ob sie entsprechend der Vorschriften den Abschuss des Flugzeugs anordnen und damit ihren Vizepräsidenten zum Tode verurteilen soll.

Jake versucht Mellie näher zu kommen, doch sie weist ihn zurück. Ein Mann bittet Olivia Pope um Hilfe bei der Suche nach seiner vermissten Tochter Alisha. Zeitgleich macht der Mann Olivia für Alishas Schicksal verantwortlich, da seine Tochter eine große Bewunderin von ihr ist. Olivia stellt fest, dass sich Alishas Name auf einer ominösen Liste von Frauen befindet, die sich geweigert haben für eine Stelle als Praktikantin mit einem Kongressabgeordneten zu schlafen.

Charlie wird vom FBI als derjenige festgenommen, der Air Force Two als Hacker vom Kurs abgebracht hat. Lonnie versucht ihn daraufhin zu überreden, in einem Geständnis Mellie zu beschuldigen. QPA und Fitz versuchen zeitgleich Charlies Unschuld zu beweisen, doch letztendlich gelingt es Jake doch, Charlie zur Unterschrift zu bewegen. Im Gegenzug für die belastende Aussage, die Mellies Präsidentschaft ins Wanken bringen könnte, erhält Charlie seine Freiheit. Doch Mellie hat bereits Gegenmaßnahmen eingeleitet, die für Cyrus tödlich enden könnten.

Mellie hat Olivia erneut als Command von B613 eingesetzt, doch Olivia versucht händeringend eine Alternative zu Mellies Plänen zu finden, die Cyrus das Leben kosten könnten. Abby und Quinn versuchen den Hacker zu finden, an den Cyrus seine Informationen geschickt hat, doch sie können nur noch seine Leiche vorfinden. Mellie versucht sich angesichts abnehmender Umfragewerte gegen die Anschuldigung zu wehren, dass sie hinter der Flugzeugentführung steckt. Cyrus und Jake beschließen, zusammen zu arbeiten.

Jake und Cyrus tun sich zusammen, um das Weiße Haus in ihre Gewalt zu bekommen. QPA tut alles, um die beiden zu stoppen, doch das Team stellt schon bald fest, dass dies dazu führen könnte, dass sich die einzelnen Mitglieder selbst belasten. Zeitgleich muss Mellie vor einem Untersuchungsausschuss Stellung zu den Vorwürfen in Zusammenhang mit der Flugzeugentführung beziehen. Olivia trifft eine schwerwiegende Entscheidung im Bezug auf B613, welche die Nation erschüttern könnte.

Vor dem Untersuchungsausschuss gibt Olivia zu, dass sie für den Tod von Präsident Rashad verantwortlich ist. Auch Mellie und Fitz gestehen, dass sie von der Existenz von B613 wussten und selbst Tom und Hollis werden zur Verantwortung gezogen. Alle Beteiligten blicken nun langen Gefängisstrafen entdecken. Dennoch versuchen sie Quinn und Charlie zusammen zu bringen, damit beide endlich heiraten können. Zeitgleich eskaliert die Situation zwischen Jake und Cyrus und es kommt zu einem Machtkampf, der für einen der beiden tödlich enden wird.