Partie : 1 ( Le temple du soleil ) Lorsque l'archéologue Jack Wilder découvre une ancienne prophétie Inca permettant de localiser la légendaire cité d'or El Dorado, il n'hésite pas à s'embarquer dans un voyage semé d'embûches. A peine arrivé au Pérou, il est pris en chasse par Sam Grissom, un mercenaire qui, pour une raison qu'il ignore, tente de l'empêcher d'atteindre son but. Il ne parvient à échapper à son poursuivant que pour mieux tomber dans un piège tendu par des soldats péruviens corrompus. Wilder réussit à tromper la vigilance de ses kidnappeurs et s'évade. Dans sa fuite, il retrouve Maria Martinez, son ex-compagne... Partie : 2 ( La cité d'or ) Jack et Maria, poursuivis par Sam Grissom et un groupe de soldats, s'enfoncent dans la jungle péruvienne en quête d'El Dorado. Les deux aventuriers doivent se frayer un chemin dans une nature hostile et déjouer les nombreux pièges et les malédictions sacrées qui protègent la cité de l'or des pillards...