מאסטר צ'ונג רוצה לעצור את שליט הדרקונים, יורשו של שרדר הרשע, ואומר לבתו שהיא חייבת להצטרף לצבי הנינג'ה כדי להציל את המין האנושי.

ונוס ממילו מגיעה לניו יורק ועורכת היכרות עם הצבים. בהמשך, היא מגלה להם שגם היא הוטבלה ברפש הרעיל בינקותה.

ונוס מנחה את הצבים לתוך מדיטציה, כדי לעזור לספלינטר להימלט ממצב החלום ששקע בו. בהמשך, הם מתאמנים באמנויות לחימה כדי להיכנס לממלכת החלומות.

בפעם האחרונה שהצבים התייצבו מול הלורד הדרקון, הם בקושי הצליחו להימלט. עכשיו האויב גנב את השיקוי הנכסף שמונע תבוסה!

ונוס ודונטלו חלוקים בדעותיהם ומתקשים להחליט כיצד לנטרל את השיקוי שמונע תבוסה.

הלורד הדרקון נכנס חזרה לזמן וגונב את מטה בו-קאי, מטה קסם עתיק שיכול להפנות לחשים של בעלי קסם נגדם.

שורת מקרי שוד בנק פוקדת את העיר ניו יורק, והצבים בוחרים לא להתערב מיד.

ד"ר קוויז, אחד מהאלילים הגדולים ביותר של דונטלו מעולם המדע, נחטף על ידי הדרקונים.

הצבים יוצאים לריצה בביוב השכם בבוקר, ומגלים גורת צבים נדירה במחסן ביתו של הצייד המשוגע, סיימון גנב-העצם.

הלורד הדרקון וד"ר קוויז נקלעים לוויכוח, וד"ר קוויז מציע לדונטלו לבוא לעבוד אתו.

מיכאלאנג'לו מוצא כרטיס לוטו זוכה, וחושב שימיו בביוב חלפו. אבל האחרים כבר חלמו על דרכים לבזבז את הכסף!

לאחר היתקלות בגנב-העצם, מיקי הוגה רעיון: רייב למען זכויות בעלי החיים שיימשך עד הזריחה, וכל אחד יבוא מחופש לחיה האהובה עליו.

גיבורינו מתקשים לזהות מי נגד מי, כשהשיבוטים המרושעים שלהם מתחילים לצוץ בכל פינה – וכולם נראים כמו הצבים.

דונטלו מחפש מידע באינטרנט, ומישהו פורץ לו למחשב ושולח מסר מוצפן שמתכנת לו מחדש את המוח.

רפאל מציק לסיימון גנב-העצם – אחד התחביבים האהובים עליו. לפתע מצטרפת יחידת לוחמי צבא למשחק.

הצבים נתקלים באדם שמותקף על ידי דרקונים בסנטרל פארק, ונדהמים לגלות שהצילו מישהו מעברם!

בעקבות תאונת אלכימיה, ויק מקבל כוחות טלקינטיים. אבל הוא לא משתמש בהם רק נגד הלורד הדרקון, אלא בוחן אותם גם על צבי הנינג'ה!

אחד מלוחמי הצבא של הלורד הדרקון מציל את חייה של ונוס, והצבים נאלצים לבחון מחדש את דעותיהם על הדרקונים.

דירתו של יריב השחמט של ספלינטר נשרפת, והוא עובר לגור עם הצבים לכמה ימים.

העימותים המתמשכים בין רפאל לדונטלו מגיעים לנקודת משבר... שוב. אבל הפעם, גם מייק וליאונרדו נגררים לתוכם.

הצבים עסוקים בניסיון להתחמק מגנב-העצם. בינתיים, אויב ותיק של צ'ונג אי מגיע לניו יורק כדי לחסל תלמידה לשעבר של צ'ונג אי: ונוס.

רפאל והצבים מחזירים את לבה של ואם-מי, בניגוד לדעתם של ונוס וספלינטר. אבל הערפדים עדיין נחושים לחסל את ונוס.

לגנב-העצם נמאס ממוצצי הדם בני האלמוות שמפריעים לו ללכוד את הצבים.

גנב-העצם מחזיק בצבים כבני ערובה. עכשיו, ונוס וספלינטר חייבים לנצח את הערפדים אחת ולתמיד.

ונוס לוכדת מישהו בשדה כוח בטעות, והצבים מתחילים לפקפק בתרומתה לצוות. הם מתחילים להיזכר באינספור הטעויות שעשתה בעבר.