중국 국경지대 모래사막, 초인(소지섭)은 자신이 총에 맞아 위급한 상황을 되뇌인다.

이어 시간은 과거로 거슬러가고, 어린 초인은 어린 선우, 그리고 휠체어에 탄 서연과 함께 즐거운 시간을 보낸다. 다시 시간은 현재로 돌아오고, 비행기에서 위급환자를 마주한 선우(신현준)는 신속한 조치로 환자를 보살핀다.

그 시각, 보성병원에서 나혜주(김해숙)는 비행기에서 시작된 선우의 수술소식을 접하고는 이를 언론에 잘 포장하도록 지시하고는 호흡기를 낀 채 잠들어 있는 종민을 싸늘하게 바라본다.

잠시 후 선우는 환자와 함께 헬기를 타고서 병원으로 내려서 다급하게 응급실로 향한다. 그 시각 오토바이를 몰던 초인은 다친 아이와 함께 병원으로 들어갔다가…

초인은 수술 참관을 마치고 갑자기 일정을 바꿔 복건성으로 향하고 영지는 최복근에게 초인의 일정을 보고한다. 한참을 따라가던 영지는 한 공동부락에 매년 3년째 무료봉사를 해주러 왔다는 이야기를 듣는다. 변비라며 계속 배가 아파하던 영지를 심상치 않게 본 초인은 맹장이라고 판단하고 병원으로 옮기려 하지만 탈북자인 영지는 병원에 가면 안된다며 초인에게 수술을 해달라고 한다.

한편 응급의학센터 건립을 끝까지 추진해 달라며 초인과 김현주과장을 중심으로 인명 구급의 꽃을 피워달라는 종민의 유언장을 보게 된 선우는 분노하는데..

초인은 열악한 환경에서 영지의 맹장수술을 무사히 마친다. 영지는 초인을 사기꾼으로 봤던 오해를 풀게되고, 복근일행으로부터 초인을 구해낸다. 탈북해서 지금까지 외로이 지냈던 영지는 초인의 따뜻한 배려에 감동하고, 초인에게 한국가면 다시 만나주겠냐며 묻는다.

한편, 초인의 만류를 뿌리치고, 홀로 종민(장용)의 수술을 들어간 선우. 아버지가 남긴 편지글을 떠올리며 분노에 차 수술을 진행한다. 뇌의학센터와 응급의학센터의 표결을 마친 보성병원 이사들은 선우가 집도한 종민(장용)의 수술결과만 기다리는데...

초인의 실종 소식을 들은 서연은 선우와 함께 중국으로 향하고, 외교부직원이 건넨 여권과 초인의 가방을 보자 그대로 주저앉는다. 초인의 물건이 아니길 바라는 마음으로 조심스레 초인의 카메라의 전원을 켠 서연은 주가각에서 찍은 영지의 사진을 보고 그대로 뚝 굳는다.

한편, 중국노동자숙소앞에서 장사를 하던 영지는 옆 포장마차 아주머니가 기름에 데이자, 찬물로 응급처치를 해준다. 고마워하는 아줌마를 보고 초인을 떠올리며 행복해하던 것도 잠시, 오빠 강철을 잡으러 온 보위부대원을 피해 영지는 필사적으로 도망치는데...

보위부대원인 염소좌일행에게 포위당한 강철,초인,기백. 보위부대원들을 피해 필사적으로 도망치던 초인은 주가각 골목에 붙어있는 전단지를 보고 멈춰선다! 뒤에 보위대원들이 쫓아오는 줄도 모르고 초인은 넋이 나간 듯 우두커니 사진만 바라본다. 강철은 초인을 구하기 위해 달려들고, 초인 정신을 차리면 자기대신 총을 맞은 강철이 피를 흘리고 있다.

선우는 자신의 병이 재발했다는 소식을 듣고, 서연을 찾아 주가각으로 향하는데, 중국공안에게 끌려가는 초인과 스쳐지나간다. 한편, 홀로 한국행을 결심한 영지 밀항선에 오르는데....

초인을 만난 선우. 자신을 알아보지 못하는 초인에게 선우는 동생이 아니라며 돌아선다!! 한국에 돌아온 선우는 오이사로부터 초인의 유골함과 반지를 받게 되고, 초인이 살아있다는 걸 알지만, 선우는 초인의 장례식을 진행시킨다. 초인과 강철은 북송되던 중 탈출을 시도하고, 어렵게 주가각거리로 돌아와 자신의 전단지를 찾지만 이미 전단지는 모두 사라진 후이다. 한편, 초인을 찾으러 산서성으로 향하던 서연은 초인이 돌아왔다는 연락을 받고, 급히 한국으로 돌아온다. 하지만 초인의 장례식이 진행중이고, 때마침 초인을 찾아온 영지와 마주치는데....

한국에 도착한 초인은 영지와 자신의 기억을 찾겠다 다짐하고, 조사를 받기 위해 국정원으로 향한다. 오강호란 이름으로 한국에 돌아온 초인은 국정원요원들로부터 의심을 받고, 급기야 강철을 죽인 살인범으로 추궁을 받는다.

한편, 초인의 장례절차를 마친 선우는 전혀 다른 모습으로 변해 뇌의학센터 개설 준비를 빠르게 진행하고, 초인의 죽음에 대해 죄책감을 느끼던 영지는 선우를 찾아가는데...

영지는 납골당에서 나오는 서연을 보자 초인의 손을 잡고 도망친다. 영지집으로 함께 온 초인은 낡은 집기들로 채워진 영지의 살림살이에 마음이 아프고, 함께 한국에서 첫 밤을 보내게 된 영지와 초인은 쉽게 잠을 못 이룬다.

조현택으로부터 선우의 병을 알게 된 혜주는 종민을 찾아가 원망하고, 뒤늦게 사실을 알고 달려온 선우는 어머니를 위로하며 꼭 나을 거라 말하는데...

영지 집에 찾아온 치수를 본 초인은 죽일 듯이 달려들고, 때마침 도착한 영지는 치수에게 달려드는 초인을 본다. 초인은 치수가 강철 오빠(영지 친오빠)를 죽게 한 사람이라며 그냥 둘 수 없다고 하지만 영지는 초인마저 잃을 수 없다며 초인에게 싸움을 그만하라 한다. 치수를 그냥 보낸 초인은 영지에게 이사를 가자하고, 둘은 청주행을 택한다.

한편, 선우는 복근에게 초인 찾으라고 하고, 자신을 찾아오지 않은 영지에게 전화를 거는데...

초인이 기억을 찾기 위해 노력하는 사실을 알게 된 영지는 초인과 다툰다. 초인은 해리성 둔주라는 병처럼 초인이 예전기억을 찾으면 자기와의 기억을 모두 잃어버릴까 두렵다는 영지의 말에 마음이 아프다. 자신이 기억을 찾는 걸 불안해하는 영지를 위해 초인은 기억 찾는 일을 미뤄두기로 결심하고, 영지는 그런 초인의 마음이 고마우면서도 안쓰럽다.

한편, 서연은 선우를 찾아와 그렇게 떠났으면서 자기몸 하나 돌보지 못한 선우를 원망하고, 선우 역시 그렇게 살 수밖에 없었던 힘들었던 지난 시간을 이야기한다. 선우는 치료받자며 설득하는 서연에게 자기가 어떤 일을 해도 믿고 자기편이 되어달라하는데...

뒤늦게 병원에 도착한 영지는 이초인을 부르는 현주를 보게 되고, 영지를 위해 이초인이 아니라고 말하는 초인에게 영지는 오강호가 아닌 이초인이 맞다 말해준다. 초인이 떠난줄 알았던 영지 앞에 망친 소풍다시가자며 초인이 찾아오고, 영지와 초인은 청남대로 마지막일지도 모르는 소풍을 떠난다. 선우는 현주와 초인이 만났다는 사실에 급히 청주보성병원으로 찾아오고, 급기야 초인의 기억이 돌아왔는지, 자신을 알아보는지 확인하기 위해 초인 앞에 서는데...

영지는 초인을 구하기 위해 차로 뛰어들고, 영지와 초인은 인근 청주시립병원으로 이송된다. 선우는 초인이 다신 돌아오지 못하도록 하기 위해 청주시립병원으로 향하지만, 초인은 이미 사라진 후다. 선우는 혜주로부터 초인이 살아 돌아 왔다는 말에 급히 서울로 향하고, 홀로 깨어난 영지는 초인이 사라졌단 사실에 뒤늦게 보성대학병원으로 향한다.

한편, 아이들을 가르치던 서연은 선우의 방문에 웃으며 바라보는데, 그 뒤로 초인이 모습을 보이자 그대로 얼어버리는데...

선우와 서연의 키스를 본 초인은 충격으로 돌아서 나온다. 서연은 초인을 부르며 쫓아가려하지만, 선우가 서연을 막아선다. 6개월 동안 많은 것이 변해 있음을 알게 된 초인은 자신의 장례를 치룬 납골당으로 향하고 그 곳에서 서연이 두고 간 반지를 보며 마음 아파한다. 초인은 자신을 이렇게 만든 놈을 찾겠다 다짐하며 자신의 영정사진과 유골함을 안고 보성대학병원으로 들어온다.

한편, 보성대학병원은 초인이 돌아오자 술렁이기 시작하고, 선우는 초인이 정말 해리성 둔주인지 의심하는데...

초인은 선우가 지켜보는 가운데 치수의 수술을 집도하고, 성공적으로 마친다. 치수가 의식을 회복했단 말에 중환자실로 향하는 초인. 그러나 치수는 자신을 살려준 은혜를 영지에게 갚겠단 편지만 남긴 채 이미 사라진 뒤다. 초인은 불안한 마음에 급히 영지를 찾고, 사라진 치수는 선우로부터 새로운 제안을 받는다.

김현주과장은 초인의 도움으로 윤리위원회를 통해 복권되고, 보성대학병원 응급의학센터로 다시 입성하게되면서 뇌의학센터를 지지하는 사람들을 서서히 조여가는데...

초인은 하나뿐인 형 선우가 자신을 죽이려 했다는 사실을 듣고 충격에 빠지고, 병원에서 초조해 하며 자신을 찾는 형의 모습에 분노와 실망으로 돌아선다. 영지는 초인과 연락이 되질 않자 걱정하고, 현주로부터 초인이 아버지 별장에 있을 거란 말에 양구로 향한다.

한편, 사라진 초인 때문에 불안해하던 선우는 서연을 찾아가 프로포즈를 하는데...

서연의 연락을 받고나간 초인은 저녁식사자리를 선우가 마련했음을 알고 불편해 지는데, 영지가 함께 들어서자 당황한다. 식사를 하면서 선우와 초인 사이에 팽팽한 긴장감이 흐르고, 서연과 영지는 두 사람의 모습이 걱정스러운데, 선우는 그 자리에서 서연과의 결혼을 발표한다.

이후, 병원에선 케이스컨퍼런스와 임시이사회가 열리면서 초인의 복수가 본격적으로 시작되고, 선우는 점점 궁지로 몰리는데....

선우는 서연이 초인의 방에서 모든 사실을 알게 되었음을 확인하고 분노한다. 선우는 서연을 찾아가 자신이 초인을 버렸다며 사실대로 말하고, 서연은 믿을 수 없는 사실에 당황스럽다. 한편, 혜주는 선우가 궁지에 몰리자 종민을 찾아가는데, 종민이 초인에게 남긴 글들을 보고 또다시 분노한다.

자신을 이렇게까지 몰고 가는 종민을 원망하는 혜주. 이 모습을 지켜보던 초인은 친부모의 죽음과 아버지 종민이 쓰러진 이유에 대해 알게 되고, 충격에 빠지는데....

뇌의학센터건립과 응급의학센터건립을 놓고 이사회가 시작되고, 선우는 초인에게 지금이라도 포기하라고 하지만 초인은 거절한다. 이사회 진행 중에 초인은 최치수가 영지와 같이 있음을 알게 되고, 엎친 데 덮친 격으로 형사까지 찾아와 초인은 최복근 살인혐의로 체포된다. 그 모습을 지켜보는 선우. 초인의 분노는 더해진다.

현주와 진근의 도움으로 형사들을 따돌려 병원을 빠져나온 초인은 영지를 구하기 위해 최치수를 쫓고, 영지를 구한 초인은 선우와 맞서는데...

선우의 병을 알게 된 초인. 하지만 선우를 끝까지 용서할 수 없다며 종민을 찾아가 말한다. 보성대학병원에서는 정기이사회에서 결정된 뇌의학센터개설 중지와 함께 응급의학센터개설 추진 공고가 붙으면서 술렁이기 시작한다. 게다가 신경외과 의국에서는 선우에게 책임을 추궁하면서 선우는 더욱 궁지에 몰리게 된다. 윤리위원회의 출석을 거부하고 며칠 사라졌다 나타난 선우는 자신의 수술 집도의로 이초인을 지목하는데....

종양으로 인한 뇌출혈로 선우는 응급실로 오게 되지만, 초인은 외면하고 사라진다. 선우의 상태가 위급해지자 현주는 일단 선우를 수술방으로 옮기고, 혜주는 초인을 찾아 선우를 살려달라며 무릎꿇고 빌지만 초인은 이를 악물고 외면한다. 결국 강석훈이 급히 선우의 수술실로 들어가기로 한다.

한편, 영지로부터 종민의 편지를 전해 받은 초인은 선우의 수술방에 집도의로 나타나는데....