Mistr Wu se omylem pokusí sám dokončit bitvu, kterou před desítkami let začal proti Acronixovi, jednomu z dvojčat Rukou času. Ale příchod první Čepel času, zbraně se schopností urychlovat čas, pošle nindžu do Kláštera právě včas, aby zachránil svého mistra před jistou zkázou.

Nindžové se dozvídají více o Kruxovi a Acronixovi, dvou padlých elementárních mistrech známých jako Ruce času, a jsou si jisti, že tato hrozba byla konečně eliminována. Když je však Wu vyřazen z boje a trpí následky Časového úderu, objeví nindžové ve svém středu nového nepřítele - Vermillionské bojovníky. A Ninjové netuší, kdo je ovládá.

Kai při vyšetřování helmy Vermillion Warrior Helmet zjistí, že Krux je v NinjaGo naživu a žije pod falešnou identitou. Mezitím, co se Vermillionští bojovníci vydávají na cestu únosů, Lloyd bojuje se svou rolí mistra ve výcviku a Nya dělá, co může, aby znovu nastartovala Zanea, který byl vyřazen z řady při své první bitvě s Vermillionem.

Uprostřed epidemie záhadných krádeží kovů ze strany Vermillionských válečníků si Lloyd uvědomuje, že zastoupit nemocného mistra Wu není snadné.

Zatímco nindžové bojují za záchranu zábavního parku MegaMonster, Jay se snaží ubránit domov své rodiny před Vermillion Warriors. Příchod Smaragdové časové čepele, která má schopnost zpomalovat čas, však vede k honičce v poušti, kde se hrdinové snaží dostat k čepeli dříve, než ji získají hadi!

Ninjové oslavují útěk před Vermillionovou armádou a získání Smaragdové čepele času, ale Acronix a Krux jsou odhodláni získat svou čepel zpět a chrám Airjitzu se stává bojištěm.

Tajemství jsou odhalena, když Nya čelí podvodníkovi Samuraje X, Kai pátrá po pravdě o svých rodičích a ostatní nindžové se zoufale snaží najít a zachránit mistra Wu. Ale jako obvykle některé odpovědi vedou jen k dalším otázkám.

Ruce času vydírají Kaie a Nyu, aby využili své společné elementární síly a získali čtvrtou a poslední čepel času z Vroucího moře s příslibem, že sourozenci mohou využít její zvratnou sílu k záchraně rychle slábnoucího mistra Wu. Mezitím nindžové a Cyrus Borg dostanou nečekanou pomoc od Samuraje X, když se pokusí zničit hadího mecha Ruky času, který cestuje časem, dříve než bude funkční.

Kai a Nya se ukryjí na palubě Kruxova a Acronixova hadího mecha, který cestuje časem, a zoufale se snaží zachránit mistra Wu. Když však dorazí do minulosti, musí pomoci elementárním mistrům zabránit tomu, aby Ruce času doslova přepsaly historii NinjaGo. Nindžové mezitím zůstávají v rychle se měnící přítomnosti a snaží se pomoci Kaiovi a Nii otci, který byl zasažen Časovým úderem.