Maître Wu se trompe en voulant seul mettre fin à un combat commencé des dizaines d'années plus tôt contre Acronix, l'un des deux frères jumeaux que l'on appelait les Mains du Temps. Heureusement, l'arrivée de la première Lame du Temps permet aux Ninjas de sauver leur maître...

Les Ninjas en apprennent plus sur Krux et Acronix : ce sont deux Maîtres Élémentaires déchus connus sous le nom de Mains du Temps. Et ils sont persuadés que cette menace a enfin été éliminée. Alors que Wu est alité car il souffre des effets du Coup de Poing du Temps, les Ninjas découvrent un nouvel ennemi : les Guerriers Vermillions. Et ils n'ont aucune idée de qui est à leur tête...

Kai mène l'enquête sur un casque appartenant à un Guerrier Vermillion et découvre que Krux est en vie et se trouve à Ninjago, sous une fausse identité. Pendant ce temps, les Guerriers Vermillions kidnappent des citoyens. Lloyd a du mal à assurer ses fonctions d'apprenti-maître, et Nya fait de son mieux pour redémarrer Zane, qui a été déconnecté durant son premier combat contre les Vermillions...

Tandis que les Ninjas se battent pour sauver le parc d'attraction Méga-Monstre, Jay se bat pour défendre la propriété familiale face aux Guerriers Vermillions. L'arrivée d'une nouvelle Lame du Temps, capable de ralentir le temps, lance les Ninjas dans une course à travers le désert : ils doivent tenter d'atteindre la Lame avant que les Serpents ne s'en emparent...

Les Ninjas fêtent leur victoire sur l'armée Vermillion et leur conquête de la Lame de ralentissement du temps, mais Acronix et Krux sont bien décidés à récupérer la Lame, et le temple de l'Airjitzu se transforme en champ de bataille...

Des secrets sont dévoilés lorsque Nya confronte le Samouraï X imposteur. Kai tente de découvrir la vérité au sujet de ses parents et les autres Ninjas essayent désespérément de localiser Maître Wu. Mais comme d'habitude, les réponses ne font qu'amener d'autres questions...

Kai accuse son père d'avoir aidé les Mains du Temps, mais découvre que ses parents sont en fait prisonniers de Krux et Acronix. Pendant ce temps, alors que les Ninjas tentent de libérer Wu, Borg et les autres prisonniers des Mains du Temps, une nouvelle Lame arrive, qui a le pouvoir d'arrêter le temps...

Les Mains du Temps font du chantage à Kai et Nya : s'ils utilisent leurs pouvoirs élémentaires combinés pour tirer la quatrième et dernière Lame du Temps de la Mer Bouillonnante, le frère et la soeur pourront utiliser son pouvoir d'inversion pour sauver Maître Wu, qui s'affaiblit...

Dans un effort désespéré pour sauver Maître Wu, Kai et Nya se glissent à bord de la machine à voyager dans le temps de Krux et Acronix. Mais une fois arrivés dans le passé, ils doivent aider les Maîtres Élémentaires à empêcher les Mains du Temps de réécrire l'histoire du monde Ninjago..