Meester Wu hervat in zijn eentje de strijd die hij tientallen jaren geleden al begon tegen Acronix, één van de handen der tijd. Maar de komst van het eerste tijdblade – een wapen met de kracht om de tijd te versnellen – stuurt de ninja’s naar het klooster, precies op tijd om hun meester te redden van de ondergang.

Door Kai’s onderzoek naar de helm van één van de slangenstrijders, ontdekt hij dat Krux nog leeft en dat hij in vermomd rondloopt in NINJAGO. Ondertussen, terwijl het slangenleger een golf aan ontvoeringen uitvoert, heeft Lloyd is lastig met zijn rol als meester-in-training en doet Nya haar best om Zane te herstarten, nadat hij offline ging bij zijn eerste gevecht met de slangen.

De stad wordt getroffen door een heleboel mysterieuze metaal diefstallen, die de oranje strijders veroorzaken. En Lloyd merkt dat het nog niet zo gemakkelijk is om de zieke meester Wu over te nemen.

Terwijl de ninja’s vechten om het MegaMonster amusementspark te redden, probeert Jay het huis van zijn familie te beschermen van het slangenleger. Maar de komst van het smaragdgroene tijdblade, die de tijd kan vertragen, leidt tot een woestijn achtervolging waar de helden het wapen eerder proberen te bemachtigen dan de slangen.

De ninja’s vieren hun ontsnapping van het vermiljoen leger en het bemachtigen van het smaragdgroene tijdblade. Maar Acronix en Krux zijn vastbesloten hun blade terug te krijgen, en de Airjitzu tempel wordt een slagveld.

Geheimen worden onthuld. Nya confronteert de Samurai X indringer, Kai achtervolgt de waarheid over zijn ouders en de andere ninja’s proberen meester Wu met man en macht te vinden en te bevrijden.

Kai confronteert zijn vader met zijn hulp aan de handen der tijd en ontdekt dat zijn ouders gevangen worden door Acronix en Krux. Ondertussen, terwijl de ninja’s Wu, Cyrus Borg en de rest van de gevangenen proberen te bevrijden, arriveert het derde tijdblade – één met de kracht om de tijd tijdelijk te stoppen!

De handen der tijd chanteren Kai en Nya. Zij moeten hun gecombineerde elementenkrachten gebruiken om het vierde en laatste tijdblade uit de kokende zee halen, en dan kunnen zij met de omkerende kracht Meester Wu redden. De ninja’s en Cyrus Borg krijgen hulp uit onverwachte hoek. Samurai X helpt hun de tijdreizende slangenmech van de handen der tijd uit te schakelen voordat hij werkt.

Kai en Nya verdwijnen aan boord van de tijdreizende slangenmech om Meester Wu te redden. Maar wanneer zij in het verleden komen, moeten zij samen met de elementenmeesters voorkomen dat de handen der tijd de geschiedenis van NINJAGO veranderen. De ninja’s die in het heden zijn gebleven helpen Kai en Nya’s vader, die geraakt is door een tijdstoot.