Mester Wu prøver å egenhendig avslutte en kamp som først begynte for flere tiår siden, mot Acronix, en av tvillingbrødrene som kaller seg "Tidens hender". Det viser seg å være et dumdristig valg. Et våpen som kalles Tidssverdet dukker opp når ninjaene rydder på museet, og det sender ninjaene til klosteret der Wu og Acronix kjemper. Ninjaene kommer akkurat i tide til å redde sin mester fra en sikker undergang.

Ninjaene lærer mer om Krux og Acronix, de to falne elementmestrene som kalles Tidens hender, og føler seg sikre på at trusselen er over. Med Wu ute av spill med ettervirkninger fra tidsslaget, oppdager ninjaene dog en ny fiende: Vermillion-krigerne. Ninjaene har ingen anelse om hvem som kontrollerer dem.

Kais undersøkelse av en Vermillion-hjelm leder ham til å oppdage at Krux lever i beste velgående i Ninjago, under en annen identitet. Når Vermillion-krigerne kidnapper en rekke personer, strever Lloyd med sin rolle som mester under opplæring. Nya gjør så godt hun kan med å reboote Zane, som ble slått offline i sin første kamp med Vermillion-krigerne.

Midt oppi en epidemi av mystiske metalltyverier gjort av Vermillion-krigerne, innser Lloyd at det ikke er noen enkel oppgave å være stedfortreder for syke mester Wu.

Mens ninjaene slåss for å redde MegaMonster fornøyelsespark, strever Jay med å beskytte sin families hjem mot Vermillion-krigerne. Det blir et kappløp gjennom ørkenen, mellom slangene og ninjaheltene, for å få tak i Smaragd-tidssverdet først. Smaragd-tidssverdet kan sakke ned tiden.

Ninjaene feirer at de kom seg unna Vermillion-hæren og at de klarte å sikre seg Smaragd-tidssverdet. Acronix og Krux er imidlertid fast bestemt på å få sverdet sitt tilbake, og Airjitzu-tempelet blir en slagmark.

Hemmeligheter avsløres når Nya konfronterer bedrageren som utgir seg for å være Samurai X, Kai leter etter sannheten om sine foreldre og de andre ninjaene prøver desperat å finne Master Wu. Som vanlig leder enkelte svar bare til enda flere spørsmål...

Kai konfronterer sin far med at han har hjulpet Tidens hender, bare for å oppdage at foreldrene hans er fanger av Acronix og Krux. Mens ninjaene jobber for å befri Wu, Cyrus Borg og de andre som har blitt fanget av Tidens hender, dukker det opp et tredje tidssverd - ett med kraften til å STOPPE tiden!

Tidens hender utpresser Kai og Nya til å bruke elementkreftene sine for å skaffe det fjerde og siste tidssverdet fra Det kokende hav. Kai og Nya får et løfte om at de til gjengjeld kan bruke sverdets reverseringskrefter til å redde mester Wu, som ser ut til å bare bli svakere. Resten av ninjaene og Cyrus Borg får uventet hjelp fra Samurai X når de prøver å ødelegge den tidsreisende slangeroboten til Tidens hender.