După distrugerea Tărâmului Blestemat și salvarea Ninjago, Nija se bucură de o nou-găsită faimă. Trebuie însă să fie foarte atenți ce-și doresc, pentru că o nouă amenințare îi pândește. Odată cu eliberarea maleficului duh, Nadakhan, începe o nouă eră a piraților.

În încercarea de a-și salva echipa, Ninja trebuie să afle cât mai multe informații despre Nadakhan, înainte ca acesta să găsească Cristalul Tărâmului, însă eroii noștri sunt etichetați drept dușmani de lumea pe care obișnuiau să o protejeze în trecut și, astfel, se trezesc că sunt vânați de vechiul lor prieten, Ronan.

Închiși pe nedrept, Ninja sunt în pragul disperării, dar sunt surprinși să găsească un prieten într-un vechi dușman. Între timp, Nadakhan își salvează echipajul izolat și dobândește o nouă perspectivă, odată cu un nou plan misterios.

Ninja sunt într-o luptă contracronometru; trebuie să găsească harta, dar, mai întâi, să-l găsească pe el. Între timp, Jay își pune o dorință, și anume să își schimbe viitorul, lucru care îi poate afecta iremediabil trecutul.

Ninja pornesc la drum către o insulă periculoasă, pentru a găsi singurul lucru care îl poate opri pe Nadakhan. În acest timp, Pirații Cerului află de planul său măreț, și astfel este adus la lumină secretul Ninja.

Ținut captiv în Fortăreața Nenorocirii, Jay este pus la încercare, iar Azad face tot ce îi stă în putință pentru a încălca voința lui Ninja de a-și spune dorința finală. Între timp, Ninja capturat încearcă să scape de pe insulă.

Ultimul Ninja rămas îndrăznește să se infiltreze printre Pirații Cerului, în încercarea de a-l salva pe Jay și de a-l învinge pe Nadakhan odată pentru totdeauna.

Atunci când ultimii doi Ninja rămași sunt în siguranță, undeva unde nu ar îndrăzni nimeni să îi caute, Pirații Cerului descoperă unde se află aceștia și îi atacă, în speranța că cel care deține puterea pentru a debloca potențialul complet al lui Azad.

Cel din urmă Ninja rămas cere ajutor de la vechii săi aliați pentru a opri ceremonia de cununie a lui Nadakhan.

Nadakhan primește puterea dorințelor infinite, iar Jay are dreptul la una singură.