Joku esiintyy ninjan valeasussa ja alkaa tehdä rikoksia ympäri Ninjago Cityä. Ninjat huomaavatkin pian muuttuneensa kuuluisista sankareista takaa-ajetuiksi roistoiksi.

Nadakhan suunnittelee varastavansa maailmankristallin. Poliisi on palkannut Roninin jahtaamaan pakomatkalla olevia ninjoja.

Syyttöminä tuomitut ninjat kuulevat vankilassa harvinaisesta myrkystä, joka voi pysäyttää Nadakhanin kaltaisen djinnin, mutta sitä löytyy vain yhdeltä ainoalta saarelta.

Nadakhan suostuttelee Jayn esittämään toiveen valloittaakseen Nyan. Perämies Flintlocke tuhoaa vahingossa maailmankristallin, ja Cole varastaa Soton kartan.

Suuria alueita Ninjago Citystä alkaa kadota, ja ninjat suuntaavat Tiger Widowin saarelle, jossa Jay kerää talteen kallisarvoista myrkkyä Nadakhan kintereillään.

Jäätyään loukkuun Tiger Widowin saarelle Lloyd, Cole ja Nya yrittävät paeta lautalla. Vangittu Jay taistelee Nadakhanin miehistöä vastaan näiden suureksi huviksi.

Opeteltuaan puhumaan kuten merirosvot ninjat soluttautuvat Nadakhanin laivaan. Suunnitelmana on myrkyttää Nadakhan ja pelastaa vankina viruva Jay.

Flintlocke johtaa kapinaa ja uskoo Nadakhanin hylkäävän miehistönsä saadessaan loputtomasti toiveita, mutta ilkeä djinn pitää pintansa ja ottaa Nyan vangikseen.

Nya pakotetaan harjoittelemaan häitään Nadakhanin kanssa Djinn-palatsissa. Jay kokoaa uuden iskuryhmän pelastaakseen ystävänsä.

Nadakhan menee naimisiin Nyan kanssa ja saa loputtomat toiveet itselleen, mutta Flintlocke ja Dogshank tulevat ninjojen avuksi eeppiseen lopputaisteluun djinniä vastaan.