Los ninjas pasan de ser héroes famosos a villanos perseguidos cuando alguien se hace pasar por ellos y comete crímenes en toda la ciudad.

Mientras Nadakhan planea robar el Cristal del Dominio, la policía contrata a Ronin para perseguir a los ninjas fugitivos.

Los ninjas terminan injustamente en la cárcel, donde se encuentran con un preso que conoce un raro veneno capaz de detener a Nadakhan y solo existe en una isla.

Nadakhan convence a Jay de pedir un deseo para ganarse a Nya, Flintlocke destruye por accidente el Cristal del Dominio, y Cole roba el mapa de Soto.

Mientras la ciudad desaparece a un ritmo alarmante, los ninjas viajan a la isla en busca del preciado veneno con Nadakhan pisándole los talones.

Abandonados en la isla, Lloyd, Cole y Nya intentan escapar en una balsa, mientras los tripulantes de Nadakhan, solo para divertirse, obligan a Jay a luchar contra ellos.

Después de aprender a hablar como piratas, los ninjas se infiltran en el barco de Nadakhan. El objetivo: usar el veneno y rescatar a Jay.

Flintlocke lidera un motín con la idea de que Nadakhan abandonará a su tripulación una vez que tenga el poder de los deseos infinitos, pero este lo vence y captura a Nya.

Mientras Nya ensaya a la fuerza para su casamiento con Nadakhan, Jay recluta un nuevo equipo para rescatar a sus amigos.

Nadakhan se casa con Nya y consigue el poder de los deseos infinitos, pero Flintlocke y Dogshank se unen a los ninjas para enfrentarse con él en una batalla definitiva.