Kai lover at tage sig af Lloyd, da Lloyd frygter at tabet af hans far vil gøre ham usikker på fremtiden. Men da Wu sender dem ud på et ærinde for sin nye teplantage, tager Lloyd ud på en solomission... blot for at opdage at det er en fælde sat af et SPØGELSE, der er undsluppet Det Forbandede Rige.

Da Moro sætter efter Skæbnebåden og stjæler Wus stav, fortæller Wu historien om Moro: drengen der ville være den grønne ninja. Ninjaerne får også at vide, at Wus stav havde tre symboler, som kan føre til den første Spinjitzu-mesters grav, hvor der er et mystisk relikvie, som kan ændre Ninjagos fremtid for altid.

Ninjaerne tager til landsbyen Stiix for at finde tyven, der stjal Airjitzu-skriftrullen, men den selvoptagne Ronin vil ikke sælge det billigt. Ninjaerne er derfor nødt til at prøve at tjene nogle penge på havnen. Da de ikke kan tjene penge nok, beslutter de sig til at stjæle skriftrullen, men de må slås mod Moro og Soul Archer.

Ninjaerne hører om en anden måde at lære Airjitzu på: af sensei Yangs spøgelse i hans hjemsøgte tempel. Men de skal passe på, for hvis man er inde i templet ved solopgang, bliver man selv til et spøgelse. Imens tvivler Nya på, at hun er en vandninja, så hun opgiver træningen og tager Ronin med til sin Samurai X-hule... men må kæmpe mod Moro.

Nu hvor ninjaerne kan Airjitzu, får de at vide, at det næste skridt for at finde graven er at få fat i "Sandhedens sværd" fra Skyernes Rige, som kun kan når fra toppen af De Jamrende Alper. Ninjaerne tager ud på den farlige mission op til den højeste top midt i en snestorm ved hjælp af deres robbotter, men Cole har svært ved at vænne sig til at være et spøgelse.

I Skyernes Rige, hvor skæbner skrives, skal ninjaerne have fat i Sandhedens svær - et mægtigt relivie, som kan afsløre de fælder, der omgiver den første Spinjitzu-mesters grav. Men spændingerne går højt, for Moros flugt fra Det Forbandede Rige har skabt kaos i fremtiden, og ninjaerne må ikke få sværdet, medmindre de møder Mesterskriveren personligt.

Ninjaerne har nu alle de ting de skal bruge for at nå frem til den første Spinjitzu-mesters grav. Før de kan løse den sidste gåde, som fører til gravens placering, stjæler Ronin dog sværdet for at give det til Moro i bytte for sin sjæl, og ninjaerne er ude af stand til at stoppe ham.

Da Moro bruger portalkrystallen til at åbne en portal til Det Forbandede Rige, overtager spøgelserne byen. Ninjaerne forklæder sig, og det lykkedes dem at få bragt Lloyd ind til midten af byen, hvor han stjæler krystallen... blot for at opdage, at det er for sent af forhindre Den Mægtiges ankomst.

Mens spøgelserne samles omkring Den Mægtige og opbygger ham til et gigantisk monstrum, bruger ninjaerne Airjitzu til at bekæmpe det mobile uhyre i et forsøg på at sinke det. Samtidig kæmper Lloyd med Moro om portalkrystallen - em kamp, der bringer dem ind og ud af forskellige verdener.