Et spøkelse ved navn Morro besetter Lloyd og bruker ham til å gå inn i en tebutikk og angripe de andre ninjaene, som på mystisk vis mister elementkreftene sine.

Ninjaene får rede på at Wus stav inneholder et spor som kan lede dem til den aller første spinjitzu-mesterens grav, og de drar til Stiix for å ta tilbake den stjålne airjitzu-rullen.

Wu trener Nya til å beherske sine nyoppdagede vann-elementkrefter. Ninjaene pønsker ut en plan for å stjele airjitzu-rullene fra Ronin, men de oppdager at de først må kjempe mot Morro.

Ninjaene må bruke sine nye airjitzu-krefter for å bestige Ninjagos høyeste fjell og komme til skyriket, for å finne Helligdommens sverd før Morro.

Etter at ninjaene er blitt sveket i skyriket, slåss ninjaene mot Morro for å sikre seg Helligdommens sverd. De får kjennskap til at Morros endelige mål er Rikets krystall.

Ninjaheltene våre nærmer seg det siste sporet som kan lede dem til den første spinjitzu-mesterens grav. Ronin stjeler Helligdommens sverd for å gi det til Morro.

Ninjaene må komme forbi en rekke feller når de drar til den første spinjitzu-mesters grav for å finne Rikets krystall. De må dessuten nok en gang møte Morro.

Ninjaene skynder seg for å forhindre at Morro slipper løs Den overlegne. Morro bruker Rikets krystall for å tilkalle en hær med spøkelser fra Det forbannede rike.

Ninjaene prøver å beskytte Stiix. Lloyd møter faren sin i Det forbannede rike. Nya bruker sitt fulle potensial for å bekjempe Den overlegne.