위대한 파괴자와 파이토가 사라진 후 닌자고 시티는 다시 평화를 되찾는다. 하지만 닌자들은 갈 곳을 잃고 새로운 보금자리를 찾는데... 한편 황금무기를 차지한 제왕 가마돈은 해골 군단을 버리고 스네이크 군단을 자신의 부하로 두려고 한다.

"200년 전, 바다를 누비던 한 무리의 해적들이 바다 밑으로 가라 앉는 사건이 일어난다. 한편 현재, 닌자들과 로이드는 훈련을 하면서 좁은 집 때문에 고생하고 결국 무술 도장을 찾게 되는데... 황금 무기를 메가 황금무기로 바꾼 가마돈은 무기를 어떻게 사용할지 몰라서 곤란한 상황에 처한다. 그러다 사용법을 알게 되고 놀라운 일이 생기는데... "

"호시탐탐 닌자들을 없앨 기회만 노리는 가마돈. 메가 황금무기를 사용해 가짜닌자들을 만들어서 진짜 닌자들을 없애려고 한다. 한편, ‘악동학교’가 ‘천사학교’로 바뀌고 학교가 바뀌는데 도움을 준 로이드에게 감사장을 주겠다는 편지가 오는데"

"대럿의 도장이 가마돈의 계략에 의해 천 오백만원이란 돈을 갚지 못하면 헐리게 되는 운명에 처한다. 그래서 닌자들은 도장을 살리기 위해 닌자고에서 가장 위험한 자동차 시합인 닌자볼 경주에 출전하게 되는데..."

"계속 훈련을 받는 것이 불만인 로이드는 만화책도 못 보게 하는 형들한테 화가 난다.거기다 박물관에 제왕 가마돈과 부하들이 침입했단 소식을 듣고도 니야와 본부에 남게 돼 시무룩해지는데. 한편, 박물관에 도착한 닌자들은 시간을 되돌리려는제왕 가마돈의 계획을 막아내는데. 그런데 이게 웬 일?! 제왕 가마돈의 계획은 성공했고 닌자들이 어린이로 변해버리고 만다."

"닌자들을 없애는 것에 늘 실패하는 제왕 가마돈은 열심히 부하들을 연습시키며 전쟁을 준비한다. 하지만 이를 본 닌자들! 제왕 가마돈의 은신처를 공격하고 어른이 된 로이드를 보고 당황한 제왕 가마돈은 닌자들의 존재를 아예 없애기 위해 과거로 돌아가는데..."

"메가 황금무기가 사라진 가마돈. 스네이크 군단 장군들에게 무시를 당하지만 어둠의 섬을 찾

아보자는 제안을 하고 함께 바다를 순찰하는데. 한편 역사 박물관의 바위로 된 군사들 , 즉 스톤 아미들이 위대한 파괴자의 독 때문에 다시 살아나서 박물관을 엉망으로 만드는데... "

닌자들과 로이드, 마스터 우, 마사코는 어둠의 섬을 향해 먼 길을 떠난다. 어둠의 섬에 있는 빛의 신전에서 닌자들의 힘을 되찾기 위해서다. 그러나 바다를 향해 중, 이빨 불가사리들의 공격을 받고, 배가 난파하고 만다. 그리고 그곳에서 쟌의 아버지를 만나게 된다.

어둠의 섬에 도착한 닌자들은 빛의 신전이 있는 곳을 밝혀내기 위해 섬 곳곳을 살펴 본다. 그러던 중, 죽은 줄 알았던 쟌의 독수리가 스톤아미한테 잡혀 있는 것을 알게 된다. 쟌은 위험을 무릅쓰고 스톤아미의 본부로 들어가 독수리를 구하지만, 그 바람에 닌자들이 섬에 온 사실을 가마돈도 알게 된다. 닌자들은 새로운 무기, 드릴 머신과 파이어 로봇을 이용해 스톤아미를 피해 마침내 빛의 신전에 도착한다. 그리고 그곳에서 새로운 힘을 얻게 된다.

닌자들과 마스터 우 일행은 어둠의 섬에 숨어, 최후의 결투를 막기 위한 방법을 찾는다. 그리고 가마돈이 쓰고 있는 어둠의 헬멧을 벗겨 제 자리에 갖다 두면, 천상의 시계가 멈춘다는 사실을 알아낸 마사코는 가마돈을 속여 어둠의 헬멧을 벗기는 데 성공한다. 그러나 스톤아미의 추격을 받던 중, 니야가 스톤아미한테 붙잡히고, 닌자들의 계획이 실패로 돌아가면서 최후의 대결을 피할 수 없게 되는데...

닌자들 일행은 가마돈과 싸우러 가던 도중, 가마돈에게 붙잡혀 사악한 모습으로 변해 버린 니야의 공격을 받는다. 다른 닌자들이 니야와 맞서 싸우는 동안, 로이드와 마스터 우, 마사코는 가마돈의 계획을 막으려 한다. 그러나 닌자고 세상을 유지하던 힘의 균형이 깨지고 오버로드가 가마돈의 몸을 빌어 닌자고 세상으로 나오게 된다.

가마돈의 몸을 빌어 닌자고 시티를 점령한 오버로드를 막기 위해 닌자들이 나섰다! 최초의 마스터가 쓰던 갑옷을 입고 새로운 스핀짓주 마스터가 된 로이드가 드디어 오버로드와 최후의 대결을 펼치게 된다. 결국 오버로드가 사라지면서 가마돈도 원래의 모습을 되찾게 되고, 닌자고 세상에 평화의 시간이 찾아온다.