Op het moment dat de wederopbouw van Ninjago begint, realiseren de vier ninja's zich dat Lord Garmadon een megawapen heeft ontwikkeld.

Als Garmadon per ongeluk de meedogenloze kapitein Soto en z'n piraten tot leven brengt moeten de ninja's voorkomen dat zij Ninjago City verwoesten.

Als onze helden weer teruggevraagd worden op de kostschool van Darkly, ontdekken ze dat het een val is van Lord Garmadon en zijn snode ninja's.

Als de ninja's horen dat de Mojo Dojo van Darreth zal worden vernietigd, doen ze mee aan een wedstrijd om geld te winnen en de Dojo te redden.

Als de ninja's voorkomen dat Garmadon z'n megawapen gebruikt om een versteend monster tot leven te brengen, worden ze in kinderen veranderd en hebben ze Lloyd nodig.

Als Garmadon terug in de tijd reist om het verleden ongedaan te maken en zich van de ninja's te ontdoen, volgen zij hem zodat hij de Gouden Wapens niet in handen krijgt.

De ninja's gaan op de vlucht voor het Stenen Leger dat tot leven gebracht is door het gif van de Verslinder. Garmadon tracht de macht over het Leger te krijgen.

De ninja's, Lloyd, Sensei Wu en Misako reizen naar het Duistere Eiland om de Tempel van Licht te vinden die de elementaire krachten van de ninja's kan herstellen.

Na hun strijd tegen het Stenen Leger arriveren de ninja's bij de Tempel van Licht voor hun elementaire krachten, waarbij ze zich richten op Lloyd.

De ninja's proberen de helm van Garmadon terug te brengen om de eindstrijd tussen Lloyd en zijn vader te voorkomen.

Garmadon gebruikt zijn nieuwe superwapen om Jamanakai Village in het verderf te storten. De verstoorde balans laat de geest van de Overlord bezit nemen van zijn lichaam.

Ninjago wordt in duisternis gehuld als het superwapen van Garmadon zich tegen hen keert, maar de ninja's ontdekken dat licht meer kracht heeft dan duisternis.