Comienzan los esfuerzos por reconstruir Ninjago, y los cuatro ninjas se dan cuenta de que Lord Garmadon ha fundido sus armas doradas para convertirlas en una superarma.

Garmadon revive por accidente al despiadado capitán Soto y a sus piratas y los ninjas deben evitar que saqueen la ciudad de Ninjago.

Nuestros héroes llegan al internado Darkly y descubren que la invitación es una trampa de Lord Garmadon y sus malvadas réplicas de ninjas.

Los ninjas se enteran de que destruirán el Mojo Dojo de Darreth y se inscriben en la carrera anual NinjaBall para usar el dinero del premio a fin de salvarlo.

Garmadon viaja en el tiempo para cambiar el pasado y eliminar a los ninjas, pero ellos lo siguen para evitar que use las armas doradas.

Los ninjas se enfrentan a un poderoso guerrero samurái de piedra que cobró vida.

Los ninjas intentan escapar del ejército de piedra que ha sido resucitado con el veneno tóxico del Devorador. Garmadon intenta tomar el control del ejército.

Los ninjas, Lloyd, Sensei Wu y Misako viajan a la Isla de la Oscuridad para encontrar un Templo de la Luz que pueda restituir los poderes elementales de los ninjas.

Después de enfrentarse al ejército de piedra, los ninjas llegan al Templo de la Luz, donde concentran sus poderes elementales puros y los dirigen a Lloyd.

Los ninjas intentan devolver el casco de la oscuridad de Garmadon a su pedestal en el Reloj Celestial para así poder evitar la batalla final entre Lloyd y su padre.

Garmadon usa su nueva superarma para convertir a Jamanakai Village en un lugar malvado, perturbar el equilibrio y permitir que el espíritu del Gran Tirano lo posea.

Una gran sombra cae sobre Ninjago cuando la superarma de Garmadon la convierte en un lugar malvado, pero los ninjas descubren que la luz es más poderosa que la oscuridad.