Rozpoczyna się odbudowa Ninjago. Czterej ninja orientują się, że Lord Garmadon przekuł ich zaginioną Złotą Broń w megaoręże.

Kiedy nasi bohaterowie dostają zaproszenie do Mrocznej Uczelni, odkrywają, że to pułapka zastawiona przez Lorda Garmadona i jego fałszywych ninja.

Kiedy ninja dowiadują się, że dojo Darretha ma zostać zlikwidowane, biorą udział w dorocznym Wyścigu Wojowników, aby zdobyć pieniądze na jego uratowanie.

Kiedy ninja uniemożliwiają Garmadonowi ożywienie szkieletu dinozaura za pomocą jego megaoręża, zostają zamienieni w dzieci, przez co potrzebują pomocy Lloyda.

Garmadon cofa się w czasie, aby zmienić przeszłość i zlikwidować przyszłość ninja, którzy podążają za nim i próbują powstrzymać go przed użyciem Złotej Broni.

Ninja muszą zmierzyć się ze starożytnym Samurajem z Kamienia, którego ożywił toksyczny jad Pożeracza Światów.

Ninja próbują uciec przez Armią z Kamienia, którą do życia przywrócił toksyczny jad Pożeracza Światów. Garmadon chce przejąć kontrolę nad armią.

Ninja, Lloyd, sensei Wu i Misako udają się na Mroczną Wyspę, aby odnaleźć Świątynię Światła, gdzie będą mogli odzyskać moce żywiołów ninja.

Pokonawszy Armię z Kamienia, ninja przybywają do Świątyni Światła i zyskują moce żywiołów, skupiając je na Lloydzie.

Ninja próbują umieścić Hełm Ciemności na właściwym miejscu w Niebiańskim Zegarze, aby zapobiec ostatecznej rozgrywce między Lloydem a jego ojcem.

Korzystając ze swojej nowej superbroni, Garmadon sieje zło w wiosce Jamanakai, burzy równowagę i pozwala duszy Mrocznego Władcy zawładnąć swoim ciałem.

Ciemność spowija całe Ninjago, którego mieszkańców Garmadon zmienił w złych za pomocą swojej superbroni, ale ninja odkrywają, że światło jest potężniejsze od ciemności.