Tocmai când orașul Ninjago începe să se refacă, cei patru ninja văd că lordul Garmadon a făurit o megaarmă din cele patru Arme de Aur pierdute care le aparțin.

Garmadon îi reînvie din greșeală pe căpitanul Soto și pirații săi, și doar ninja îi pot împiedica să jefuiască orașul.

Eroii noștri sunt invitați la Școala Întunecată și descoperă că totul e o capcană pusă la cale de lordul Garmadon și maleficele lui sosii ninja.

Ninja află că dojo-ul lui Darreth urmează să fie distrus și se înscriu la cursa anuală Ninjaball pentru a câștiga premiul în bani care va salva dojo-ul.

Ninja îl împiedică pe Garmadon să aducă la viață un monstru fosilizat cu ajutorul megaarmei, dar sunt transformați în copii și au nevoie de ajutorul lui Lloyd.

Garmadon se întoarce în timp pentru a schimba trecutul și a scăpa de ninja în viitor, dar aceștia îl urmăresc și încearcă să-l împiedice să folosească Armele de Aur.

Ninja înfruntă războinicul samurai din piatră prezentat în expoziție și adus apoi la viață de veninul toxic al Marelui Devorator.

Ninja încearcă să fugă de Armata de Piatră, adusă la viață de veninul toxic al Marelui Devorator. Garmadon încearcă să preia comanda armatei.

Ninja, Lloyd, sensei Wu și Misako pleacă spre Insula Întunericului în căutarea Templului Luminii care le poate reda puterile-element.

După lupta cu Armata de Piatră, ninja ajung la Templul Luminii, unde își recapătă puterile-element pure pe care le concentrează asupra lui Lloyd.

Ninja încearcă să pună Casca lui Garmadon înapoi la locul ei în Ceasul Celest pentru a împiedica bătălia finală dintre Lloyd și tatăl său.

Garmadon transformă satul Jamanakai într-un sat malefic cu ajutorul armei supreme, stricând echilibrul și lăsând spiritul Suzeranului să-i posede trupul.