Ein Jahr ist vergangen, seitdem Nya Ninjago sich ins Meer zurückgezogen hat. Sie vermissen die Freundin so sehr, dass sie nicht mehr gegen Bösewichte kämpfen mögen.

Nya hat vergessen, wer sie einmal war. Nyad hilft Nya, ihre Erinnerungen wiederzufinden. Als ihr klar wird, wer sie eigentlich ist und dass sie ihre Freunde sehr vermisst, versucht sie, an die Oberfläche zurückzukehren.

Die Ninja versuchen den Tiefenstein-Schmugglern auf die Schliche zu kommen, doch Miss Achtung stellt sich ihnen in den Weg. Als der Versuch zu scheitern droht, schlagen die „neuen Ninja“ die Banditen in die Flucht.

Die Ninja sehen nur einen Weg, Nya wieder in ihr altes Leben zurückzuholen: mit der Hilfe von Aspheera. Die böse Schlange hat schon viel Unheil über Ninjago gebracht. Aber sie allein könnte helfen.

Um ihre Freundin Nya zu retten, haben die Ninja Aspheera befreit und ins Kloster gebracht. Aspheera, die Nya ihre Kräfte nehmen soll, kann aber ohne ihren Stab nichts ausrichten.

Aspheera ist bei Meister Wu im Tempel, wo sie auf die Ankunft der Ninja warten, die Aspheeras Stab beschaffen wollten. In letzter Minute tauchen die Ninjas auf, aber Aspheera benutzt ihren zurück gewonnen Stab dazu, die Ninja anzugreifen. Plötzlich tauchen die Neuen Ninja auf…

Um ihre Freundin Nya aus dem Meer zurückzuholen, haben die Ninja Aspheera befreit. Dafür stehen sie nun vor Gericht. Sie und ihr Anwalt Darreth hoffen, dass der Richter nicht so streng mit ihnen ist.

Lloyd, Cole, Kai, Jay und Zane sitzen im Kryptonischen Gefängnis ihre Strafe ab. Sie haben Wind davon bekommen, dass der geheimnisvolle Diamant-König immer mehr Schurken um sich schart, um Ninjago anzugreifen.

Die fünf Ninja werden zu einem Arbeitseinsatz außerhalb der Haftanstalt geschickt. Unterwegs gelingt es Dareth und Nya mit einem Trick, ihre Freunde aus dem Gefangenentransporter zu befreien.

Auf ihrer Flucht durch die Wüste sind die Ninja in zwei getrennten Gruppen unterwegs. Zane, Kai und Dareth treffen mitten in der Ödnis auf die junge Sally, die von einer Karriere als Sängerin träumt und auf dem Weg nach Ninjago ist.

Nach ihrer Flucht durch die Wüste haben die Ninja an Tingelis Tankstelle wieder zusammengefunden. Sie schmieden einen Plan, um herauszufinden, was es mit dem Diamant-König auf sich hat.

Verkleidet als der Verbrecher „Mechaniker“, ist Lloyd auf dem Weg zum Rat des geheimnisvollen Diamant-Königs.

Lloyd trifft in der Gefangenschaft des Diamant-Königs auf Harumi. Als diese Lloyd ihre Lebensgeschichte erzählt, gesteht er ihr, dass nie aufhörte nach ihr zu suchen.

Hounddog McBrag ist den Ninja weiter auf der Spur. Währenddessen versuchen die Ninja Lloyd zu finden, denn sie wissen nicht, dass er von Harumi gefangen wurde. Doch dann schickt sie ihre Diamant-Spinnen los…

Cole, Kai, Jay und Zane sitzen im U-Bahn-Tunnel fest. Die übrigen Ninja bekommen Besuch von den Bösewichten vom Rat des Diamant-Königs. Sie wollen die Waffen des Spinjitzu an sich bringen.

Die befreiten Ninja fliegen in ihr neues Zuhause, die Samurai-X-Höhle. Doch Lloyd fehlt immer noch: er wird immer noch von Harumi gefangen gehalten. Diese ruft den unheimlichen Diamant-König.

Harumi versucht beim Diamant-König ein gutes Wort für Lloyd einzulegen. Doch die Schurkenbande, die dem König treu ergeben ist, hält nichts von Lloyd.

Die Ninja versuchen Lloyd aus dem Dschungel zu retten und holen sich dafür ihr Flugschiff zurück. Zusammen mit Meister Wu machen sie sich auf den Weg ins „Auge des Urwaldes“, um Lloyd und Harumi zu finden.

Cole, Kai, Jay und Zane versuchen sich gegen die Krieger des Diamant-Königs behaupten, während über ihnen der gigantische Tempel des Diamant-Königs schwebt.

Meister Wu und Lloyd treffen in der Wohnung von Vinny Folson überraschender Weise auf Lord Garmadon, Lloyds Vater. Er erzählt ihnen, dass er bei Vinny herausfinden möchte, ob trotz seiner dunklen Oni-Vergangenheit auch Gutes in ihm steckt.

Die Ninja und Garmadon sind in der Samurai-X-Höhle und planen, wie sie gegen den Diamant-König vorgehen. Seine Krieger vermehren sich schnell, weil alle Personen, die sie berühren, auch in böse Diamant-Wesen verwandeln.

Cole, Kai, Jay und Zane verteidigen mit ihren neuen Fahrzeugen Ninjago gegen die bösen Eindringlinge. Das klappt gut, bis der Diamant König seine Drachen frei lässt und Zanes Fahrzeug ins Trudeln bringt.

Meister Wu konnte sich vor den Kriegern des Diamant-Königs retten. Nach einem Sprung in die Tiefe, lässt er sich von den Zeitungsboten Antonia und Nelson aus dem Wasser fischen.

Lloyd und Garamdon fliegen vor Hounddog McBrag. Währenddessen trifft Misako auf Meister Wu und übermittelt ihm eine Schriftrolle, die darauf hindeutet, wie das Ultra-Böse besiegt werden kann.

Kai und Cole werden von Pythor verfolgt, doch können von Skylor gerettet werden. Sie suchen Zuflucht in einem Game-Center und stoßen auf Jake, der von seinen Eltern getrennt wurde.

Kai und Skylor kochen Nudelsuppe für die Menschen im Zeitungslager. Meister Wu und Misako versuchen weiterhin, die Schriftrolle zu entschlüsseln und möchten mehr über die Drachenform erfahren, mit der sich der Diamant-König besiegen lässt.

Die Ninja versuchen Hilfe gegen das Ultra-Böse zu organisieren. Jay und Nya möchten über das Meer Kontakt zu Benthomaar herstellen, doch es ist nicht sicher, ob sie ihn so erreichen können.

Die Ninja halten sich weiterhin im Zeitungslager versteckt. Wie können sie den Diamant-König ohne Hilfe jemals besiegen? Doch dann entdecken sie in der Schriftrolle einen weiteren Hinweis.

Lloyd und Garmadon kämpfen gemeinsam gegen das Ultra-Böse. Plötzlich wendet sich auch Harumi gegen ihn. Die übrigen Freunde versuchen weiterhin die Übermacht der Krieger zu verhindern.

Die Ninja setzen alles auf eine Karte: Zane, Cole, Kai und Jay vereinen ihre Spinjitzu-Waffen. Nur so können sie ihre Elementarkräfte zur vollen Entfaltung bringen und einen vierköpfigen Drachen bilden und das Böse besiegen.