니야가 닌자고를 구하고 바다와 한몸이 된지 1년이 지났다. 닌자들은 뿔뿔이 흩어지고, 닌자고에 다시 나타나 범죄를 저지르는 데모나 양은 새로운 닌자들이 맡는다. 새로운 범죄가 일어났다는 소식에 콜은 팀을 다시 모으지만, 닌자들은 저마다 니야를 잃은 슬픔에 빠져 있다. 그러나 결국 닌자들은 니야를 위한 촛불 추모회에 모이고, 니야라면 닌자고를 구하길 원할 거라는 사실을 깨닫는다.

물의 드래곤이 된 니야는 바다에 빠진 선원을 구해준다. 선원들이 니야를 알아보자, 니야는 바다와 하나가 된 또 다른 존재, 니야드에게서 원래 기억을 찾는 방법을 알아낸다. 니야드는 자신이 가진 힘을 포기해야만 바다와 헤어질 수 있다며 니야를 말리지만, 니야는 인간성을 되찾기 위해 바다 위로 향한다.

닌자들은 벤지스톤 범죄를 조사하지만, 악당 데모나의 방해를 받는다. 뉴 닌자들한테서 굴욕적인 구조를 받은 닌자들은 집에 돌아와서 서로 다툰다. 이때 니야가 엎질러진 물에서 형체를 드러내고, 원소의 힘을 없앨 방법을 찾아달라고 닌자들에게 부탁한다. 마스터 우는 반대하지만, 닌자들은 숙적, 아스피라에게 도움을 청하기로 한다.

닌자들은 트러스트 시장님에게 크립타리움 감옥에서 아스피라를 풀어주고, 보그 타워의 금고에 보관된 마법 지팡이를 넘겨달라고 요청한다. 그러나 시장이 닌자들의 요구를 거절하자, 닌자들은 마스터 우의 뜻을 거스르며 감옥과 보그 타워에 침입한다. 한편 그동안 스카일라는 니야의 물을 냉동 상태로 유지시켜 준다. 닌자들은 아스피라를 풀어주는 데에는 성공하지만, 보그 타워의 금고는 이미 비어있다는 걸 알게 된다.

트러스트 시장은 검정 옷을 입은 닌자를 체포하라는 명령을 내린다. 아스피라는 닌자들의 소굴에 도착하지만 니야를 구하려면 여전히 지팡이가 필요하다. 새로운 스텔스 차량을 타고 닌자들은 아스피라의 지팡이를 운반하는 경찰 호송 차량을 습격하지만, 이미 기다리고 있던 뉴 닌자들한테 정체를 들키고 만다. 시장은 닌자들을 공공의 적으로 선포한다.

마스터 우는 아스피라를 사원에 붙잡아두기 위해 시간을 끈다. 때마침 닌자들이 아스피라의 지팡이를 갖고 사원으로 돌아온다. 그러나 경찰이 들이닥치고, 닌자들은 아스피라에게 니야를 구할 시간을 주기 위해 뉴 닌자들과 맞서 싸운다. 니야는 인간으로 돌아오고, 혼란스러운 틈을 타서 탈출한 아스피라는 크리스털 킹의 협의회한테서 초청을 받는다. 한편, 닌자들은 체포된다.

닌자들의 재판은 변호사로 나타난 대럿 때문에 빠르게 판결이 나고, 닌자들은 감옥에 갇히게 된다. 닌자들은 감옥에서 로닌을 비롯해, 자신들에게 복수를 꿈꾸는 숙적들과 재회한다. 로이드는 가부키 가면을 쓴 수수께끼의 인물의 면회를 받는다. 가부키 가면을 쓴 자는 크리스털 왕에 대한 암호 같은 경고를 남긴다. 한편, 반젤리스 왕은 스타로 감옥을 탈옥하고, 크리스털 왕의 의회로부터 초대를 받는다.

힘을 잃은 니야는 무력감을 느끼지만 예전 사무라이 엑스의 설계도를 보며 영감을 얻는다. 한편, 로이드는 크리스털 왕이 닌자들의 적들을 모으고 있으며, 다음 목표 대상은 파이토일 거라고 생각한다. 닌자들은 파이토의 탈옥을 막으려던 중, 감옥 안은 대혼란에 빠지고 파이토는 달아나 버린다.

대럿과 사무라이X가 된 니야가 크립타리움 감옥에서 닌자들과 탈옥시키고, 탈출비둘기도 우연히 그들과 함께 한다. 시장은 하운드독 맥브락 보안관을 불러 닌자들을 쫓게 한다. 대럿의 차가 사막 한가운데서 고장나버리자, 닌자들은 보안관을 따돌리기 위해 둘로 나뉘어 도주한다.

쟌, 카이, 대럿은 닌자고 시티까지 가는 샐리라는 가수의 차를 얻어탄다. 샐리는 자신이 차를 훔쳐서 경찰들이 쫓아온다고 생각하고, 하운드독과 사막의 추격전을 벌인다. 닌자들은 감정 기복이 큰 샐리를 집으로 데려다주고, 쟌은 슬픔이 얼마나 중요한 감정인가를 깨닫고 다시 감정 스위치를 켠다.

탈출비둘기 덕분에 악당으로 위장해서 크리스털 킹의 협의회에 침투할 계획을 세운 닌자들은 트위치의 주유소에 모인다. 그러나 하운드독이 닌자들의 뒤를 바짝 추격해오자, 탈출비둘기는 닌자들에게 도망갈 시간을 벌어준다. 닌자들은 버려진 창고에서 기술자와 맞닥뜨리고, 로이드는 기술자로 위장하고, 크리스털 킹의 초청을 받아들인다.

기술자로 위장한 로이드는 크리스털 거미를 따라 비밀의 지하철로를 통과한다. 닌자들은 로이드의 위치를 계속 추적하지만, 진짜 기술자는 닌자들의 감시를 피해 탈출한다. 로이드는 크리스털 사원에서 크리스털 킹의 협의회를 만나게 된다. 한편, 감시 카메라로 진짜 기술자를 발견한 화이트 마스크는 로이드의 정체를 까발린다. 그리고 자신의 진짜 정체가 하루미라는 사실도 드러낸다.

하루미는 로이드에게 그동안의 뒷이야기를 전해준다. 하루미는 크리스털 킹에 의해 목숨을 구했고, 그 대가로 벤지스톤 군대를 만드는 일을 도와주게 된 것이다. 그리고 하루미에 의해 크리스털 킹의 정체가 밝혀지고, 이들이 스핀짓주 무기를 훔치려고 한다는 사실도 드러난다.

하운드독 맥브락은 수도원에 도착하고, 드래곤 전함을 압수한다. 닌자들은 지하철 터널을 통해 로이드를 추적하지만, 하루미가 파놓은 덫에 걸리고 만다. 크리스털 거미들이 폭발하여 지하철 터널이 붕괴되고, 닌자들은 낡은 지하철 칸에 몸을 숨긴다. 하루미는 닌자들의 죽음을 이용해 로이드를 자신의 말을 따르게 하고, 로이드의 내면에서는 어둠의 기운이 끓어오른다.

닌자들은 지하철의 상황을 살피는 동안, 크리스털 킹의 협의회는 닌자 동굴을 공격한다. 마스터 우, 픽셀, 스카일라는 픽셀의 미니픽스의 도움으로 그들을 저지한다. 그러나 하루미의 크리스털 거미 폭탄 로봇들은 동굴이 폭파시킨다. 살아남은 미니픽스는 사무라이 엑스 로봇을 타고 탈출한 니야를 제외한 모두를 구조한다. 니야는 닌자들을 구하기 위해 날아간다.

니야는 로봇을 이용해 무너진 지하철 터널 안에 갇힌 닌자들을 구해내고, 예전 사무라이 엑스 동굴로 데려간다. 크리스털 사원으로 돌아온 하루미는 크리스털 킹의 협의회가 모두 모인 자리에서 스핀짓주 무기를 파괴의 무기로 바꾸는 의식을 통해 크리스털 킹을 소환한다. 드디어 크리스털 킹이 육체의 형태를 띄게 된다.

크리스털 킹은 협의회 악당들에게 새로운 힘을 주고, 사원을 공중으로 띄운다. 엑스 동굴로 데려간다. 로이드는 크리스털 킹으로부터 자기 편으로 넘어오라는 마지막 제안을 받지만, 이를 거절하고 탈출을 시도한다. 로이드는 크리스털 킹의 협의회를 따돌리고, 하루미와 함께 사원에서 벗어난다. 하루미와 로이드는 정글로 떨어지고, 닌자들은 로이드의 위치를 추적한다.

닌자들은 경찰한테 압수당한 드래곤 전함과 차량을 마스터 우의 도움을 받아 몰래 빼내온다. 닌자들은 밀림인 ‘원시의 눈’으로 향한다. 그리고 크리스털 킹의 협의회를 따돌리고 하루미를 포로로 삼아 밀림으로 피한 로이드는 하루미를 풀어주고 닌자들과 합류한다. 그러나 닌자들은 크리스털 킹의 위력을 보고 일단 후퇴하기로 한다.

닌자들은 크리스털 킹의 군대와 충돌하고, 크리스털 킹의 공중 사원은 닌자고 시티를 향해 간다. 벤지스톤 전사들과 크리스털 사원 때문에 닌자들의 힘은 무력화되고, 닌자들의 차량마저 힘을 쓰지 못 한다. 마스터 우와 로이드는 신문팔이들의 도움을 받으며 이번 사건을 경고한 자의 정체를 추적하고, 그 자가 가마돈임을 밝혀낸다. 가마돈은 NGTV 뉴스의 카메라맨인 비니와 살고 있었다.

가마돈은 마스터 우와 로이드에게 그동안 개인적인 성장을 이루었던 경험을 공유한다. 비니는 가마돈에게 ‘크리스토펀’이라고 이름을 지어준 식물을 돌보게 하면서 동정심이 무엇인지 가르쳤다. 그러나 벤지스톤 전사들이 아파트를 공격하자, 가마돈은 비폭력의 맹세를 깨고 만다. 가마돈이 강력한 도깨비 형태를 취해 적들을 물리치자, 마스터 우는 이런 변신이 크리스털 킹을 무찌를 수 있는 열쇠가 될 거라 믿는다.

닌자들은 사무라이 엑스 동굴로 후퇴하고, 가마돈은 로이드를 훈련시켜 도깨비 폼을 마스터하게 한다. 그러나 자신의 어두운 면을 받아들이기 싫은 로이드는 가마돈의 가르침에 반발한다. 마스터 우는 도깨비 폼과 정반대이면서도 동일한 위력을 가진 게 있을 거라고 생각하며 마사코에게 조사를 맡긴다. 픽셀은 크리스털 조각을 연구해서 닌자들의 차량을 업그레이드 시켜 전투에 내보낸다.

닌자들은 새로운 차량을 타고 닌자고 전역을 질주하며 픽셀이 설치한 파워 부스트로 크리스털 전사들을 격퇴한다. 그러나 희망은 잠시였고, 드래곤 전함이 드래고나이드의 공격을 받는다. 크리스털로 만들어진 드래고나이드들은 닌자들의 새로운 차량을 격퇴한다. 마스터 우는 크리스털 킹과 정면으로 대치하지만, 그가 탄 드래곤 전함이 공중에서 폭발하고 만다.

낙하산을 타고 크리스털 사원을 빠져나온 마스터 우는 신문배달부 넬슨과 안토니아에 의해 발견된다. 제이는 난파된 드래곤 전함에서 니야를 구하고, 니야는 다시 각성한 원소의 힘으로 제이를 크리스털 전사들한테서 구해낸다. 이들은 전력을 보강하기 위해 항구로 항한다. 넬슨과 안토니아는 마스터 우를 신문보급소로 데려오고, 마스터 우는 희망의 메시지를 사람들에게 알린다.

로이드와 가마돈은 하운드독 맥브랙에게 쫓겨, 하수구로 몸을 피한다. 그러나 그곳에서 로이드는 크리스털에 감염된 뱀부족에게서 하운드독을 구해준다. 마사코는 드래곤 형태가 존재한다는 걸 화인해주는 문서를 들고 창고로 오지만, 문서의 내용은 불완전했다. 픽셀은 쟌을 구하지만, 몸과 메모리가 모두 손상을 입은 쟌에게서 얼음 형제의 성격이 다시 나타난다. 로닌과 탈옥한 죄수들은 픽셀을 보그 타워까지 안전하게 데려다준다.

스카일라는 카이와 콜의 원소의 힘을 이용해서 파이톤으로부터 둘을 구해낸다. 셋은 몸을 숨긴 오락실에서 부모와 떨어진 제이크를 발견한다. 그리고 크리스털에 감염된 좀비를 피해 창고로 향하고, 그곳에서 제이크는 부모와 재회한다. 한편, 로이드와 가마돈은 동맹을 맺으려면 뱀 부족이 이미 하수도를 떠난 걸 발견한다.

카이와 스카일라는 힘을 합쳐 피난민들을 위해 요리를 한다. 마스터 우와 마사코는 문서에 나온 드래곤 폼의 비밀을 해독하려고 노력 중이다. 콜은 신문배달부들을 이용해서 다른 닌자들과 연락을 취하고, 동맹 세력들에게 지원을 요청하기로 한다. 보그 박사는 쟌을 수리하고, 픽셀은 쟌의 감정 기능을 재가동시킨다. 픽셀은 사무라이 엑스 동굴에서 새로 만든 로봇을 소환하고, 보그 박사는 로닌과 탈옥수들에게 로봇 장치를 입혀준다.

제이와 니야는 벤토마르와 만나고, 레이서 세븐과 비니는 콜과 함께 바니아 공주에게 구원 요청을 하러 닌자고 시티를 통과한다. 로이드는 가마돈과 함께 사라진 뱀 부족들을 찾기 위해 하수로를 수색하던 중, 가마돈이 크리스털에 감염된 뱀 부족의 목숨을 살려주는 걸 보고, 자신의 아버지가 어쩌면 달라졌을지도 모르겠다고 생각한다. 마스터 우는 닌자들을 다시 창고로 불러들인다.

닌자들은 창고에서 새로운 탈옥수 동맹 세력과 다시 뭉친다. 그러나 닌자들은 드래곤 폼을 마스터하지 못 하지만, 넬슨은 오래된 두루마리에서 닌자들이 이기심을 버리고 한편으로 뭉쳐야만 드래곤 폼을 성공시킬 수 있다는 단서를 발견한다. 보그 박사는 크리스털 군대가 창고로 마지막 공격을 하러 오고 있다고 경고한다. 닌자들은 방어할 준비를 하고, 로이드와 가마돈은 크리스털 킹과 정면 승부를 하기 위해 사원으로 향한다.

로이드와 가마돈은 변신한 크리스털 킹과 맞서 싸운다. 닌자들의 동맹군이 도착하고, 닌자들은 드래곤 폼을 마스터하자, 황금 갑옷과 원소 에너지의 날개를 갖게 된다. 한편, 하루미는 크리스털 킹이 오버로드였을 때, 뱀에게 빙의해서 위대한 파괴자가 되었다는 사실을 알게 되자, 크리스털 킹에게서 등을 돌린다. 닌자들은 크리스털 킹의 협의회를 무찌르고, 스핀짓주 무기를 되찾지만, 승리의 순간은 오래가지 못한다.

닌자들은 무기를 합치고, 자신들의 원소의 힘을 내뿜어 네 개의 머리를 가진 드래곤을 만들어낸다. 가마돈이 목숨을 잃자, 분노로 각성한 로이드는 도깨비 폼을 완성시킨다. 그러나 로이드는 자신의 분노를 이용해 승리하길 거부한다. 로이드는 드래곤에 올라 타고, 크리스털 킹을 원소의 호흡으로 무찌른다. 로이드는 하루미와 가마돈을 데리고 공중의 사원을 탈출하고, 가마돈이 죽은 척 했다는 사실을 알게 된다. 닌자고는 다시 무사해졌고, 일주일 후 닌자들과 동맹군들은 수도원을 새로 세운다.