Un an après le sacrifice de Nya, les ninjas se retrouvent pour enquêter sur une opération de contrebande de Pierre Venge.

Après avoir sauvé un marin de la noyade, Nya rencontre une autre élémentaire d'eau et élabore un plan pour retrouver son humanité.

Les ninjas enquêtent sur la Pierre Venge, mais Miss Dynamite les surprend. Après un sauvetage humiliant par les Nouveaux ninjas, une bagarre éclate entre les ninjas. Nya aparaît sous sa forme aquatique et demande aux ninjas de l'aider à lui retirer ses pouvoirs élémentaires. Contre l'avis de Maître Wu, les ninjas décident de demander l'aide à leur ancienne ennemie, Aspheera.

Lorsque le maire refuse de libérer Aspheera de la prison de Cryptarium, les ninjas décident de prendre les choses en main et de le faire eux-même.

Les ninjas font une course-poursuite pour récupérer la lance, mais une nouvelle rencontre avec les Nouveaux ninjas trahit leur identité.

Les ninjas combattent les Nouveaux Ninjas le temps qu'Aspheera aide Nya à retrouver sa forme humaine. Un nouveau méchant prépare un mauvais coup.

Les ninjas tombent sur un vieil ennemi en prison et tentent d'empêcher son évasion tandis que Nya trouve une raison d'espérer.

Nya libère les Ninjas en tant que Samuraï X. Le shérif le plus coriace de tout Ninjago, SeanDog McFlair, entre alors en piste, remonté à bloc.

Une chanteuse en route pour Ninjago City aide Kaï, Zane et Dareth à échapper à SeanDog McFlair. Zane comprend que toutes les émotions importent.

Les ninjas se réunissent dans la station-service de Tim le Toqué, échappent à SeanDog McFlair et décident d'infiltrer le Conseil du Roi de Cristal.

Lloyd, déguisé, se rend dans un temple pour rejoindre le Conseil du Roi de Cristal, où il découvre qui se cache derrière le masque Kabuki.

Harumi explique à Lloyd comment elle est en est venue à servir le roi de Cristal et ses plans pour Ninjago mais il ne peut rien faire pour l'arrêter.

Les Ninjas partent à la recherche de Lloyd et tombent droit dans le piège tendu par Harumi. Pendant ce temps Harumi réussit à manipuler Lloyd.

Les Ninjas essayent de s'échapper pendant que Wu et les autres veulent empêcher le Conseil du Roi de Cristal de s'emparer les Armes du Spinjitsu .

Nya, en Samuraï X, sauve les ninjas, mais le plan d'Harumi pour utiliser les armes du Spinjistu, est déjà en action.

Lloyd parvient à s'échapper du Temple de Cristal grâce à une alliée de fortune. Le Roi de Cristal et les Ninjas se préparent à l'affrontement.

Les Ninjas récupèrent le Bounty et foncent secourir Lloyd, qui se retrouve dans une bien mauvaise posture au milieu primitif.

Les ninjas combattent l’armée du Roi de Cristal pendant que Lloyd et Maître Wu trouvent un allié inattendu.

Lloyd et Maître Wu découvrent l’évolution de Garmadon sur le chemin du développement personnel et trouvent la clé pour affronter le Roi de Cristal.

Alors que l'armée de Pierre Venge semble invincible face aux ninjas, Maître Wu et Lloyd imaginent un plan pour triompher de l'ennemi.

Pixal apporte quelques modifications aux véhicules des ninjas, qui se lancent dans la bataille. Mais l'Overlord retenait jusque-là ses coups.

Alors que la bataille contre le Roi de cristal fait rage, Nya est piégée sous les décombres. Les livreurs de journaux passent à l'action pour défendre Ninjago City.

Lloyd sauve SeanDog McFlair. Maître Wu découvre une ancienne prophétie. Pixal, accompagnée d'un Zane endommagé, tombe sur des détenus évadés de la prison de Kryptarium.

Skylor vient en aide à Cole et Kai, puis tombe sur Jake à un jeu d'arcade. Tous les quatre suivent les indices de Maître Wu menant à l'entrepôt des livreurs de journaux.

Kai tente de clarifier la nature de sa relation avec Skylor... mais le moment est mal choisi. Le Dr Borg apprend à Pixal que Zane est dans le coma.

Les ninjas se dispersent pour envoyer des signaux de détresse à leurs alliés. Lloyd se demande si Garmadon ne serait finalement pas capable de "complassion".

Maître Wu explique la forme Dragon, mais les ninjas n'ont pas beaucoup de temps pour la maîtriser maintenant que l'Overlord sait où ils sont.

Lloyd et Garmadon affrontent l'Overlord lors d'un combat épique. Les alliés des ninjas les rejoignent face à l'armée de Pierre Venge, mais il est peut-être trop tard.

Grâce aux sacrifices de ses collègues et amis, Lloyd puise dans un ancien pouvoir pour vaincre l'Overlord.