Rok potom, co Nya v boji s Wojirou splynula s mořem, oznámí starosta Ninjaga nový tím ninjů a zakáže činnost starým ninjům, s tím, že všechno ničí. Mistr Wu mezitím ve starých svitcích prvního Mistra spinjitzu hledá způsob jak přivést Nyu zpět. Cole pak přijde za Wuem s tím, že je znepokojen zásilkou kamene pomsty který se nedávno skupina padouchů pokusila převést. Cole se Zanem se znova pokusí spojit tím nindžů, což se jim nakonec i podaří.

Nya splynutá s mořem zachrání cizí loď v bouři. Narazí však na Nyad, která před tisíci lety porazila Wojiru a taktéž splynula s mořem. Ta ji v pomůže si vzpomenout na to kdo ve skutečnosti je. Nya si vzpomene na to že je nindža, a zeptá se Nyady na to jak by se mohla stát znova smrtelníkem. Přijde však na to, že jediná možnost jak by se mohla znova stát smrtelníkem, je zbavit se schopností.

Nindžové se rozhodnou pronásledovat další podezřelou zásilku kamene pomsty, která je však přivede do zapomenuté podzemní linky. Tam se utkají se zločinci kteří kameny pomsty převážejí. Boj však sami nezvládají a na pomoc přijdou "noví nindžové" kteří boj dokončí, ale připisují si vítězství jen s "pomocí" originálních nindžů, a pokouší se staré nindžy nahradit. Z vody na základně se vynoří Nya která nindžům rychle oznámí že jediná šance jak ji dostat zpět je sebrat jí její vodní sílu.

Když se ukázalo že jediná šance jak dostat Nyu zpět, je sebrat jí její sílu, začne se zdát Aspheera jako jediná volba. Nindžové se vloupou do vězení Kryptárium kde je uvězněna Aspheera a slíbí jí že pokud jim pomůže sebrat Nyinu sílu, zajistí Aspheeře slobodu. Aktivují však alarm, který jim celou operaci ztěží, uprchnou však. Cole a Jay půjdou do Borgové věžě po Aspheeřinu hůl. Tam však není a nindžové zjistí že se bude o chvíli převážet na jiné místo.

Cole a Zane v Borgové věži nenašli hůl která by jim pomohla serbat Nyinu schopnost a přivést ji zpátky. Zjistili že se převáží na jiné místo. Nindžové proto propadnou policejní konvoj, utkají se s novými nindžy které porazí a uprchnou s holí. Jméno jednoho z nindžů však bylo vyzrazeno, a starosta proto vyhlásí po starých nindžích pátrání s cílem je zatknout.

Nindžové přijdou na základnu s holí pro Aspheeru a ta může začít odsávat schopnost Nyi která je zmražena. Nindžy však vypátrá policie spolu s novým tímem a zatknou je. Nya se však úspěšně vrátí jako smrtelník.

Zatknutí nindžové jdou před soud, který je odsoudí na 5 let vězení v Kryptáriu. Lloyd tam však má nečekanou návštěvu. Přijela za ním tajemná osoba s maskou Kabuki která Lloydovi řekne o plánu Křišťálového krále, který má v úmyslu ovládnout Ninjago. Hologram této tajemné osoby se pak zjeví i odsouzenému bývalému králi Shintara, Vangelisi. Ten přijme pozvání na radu Křišťálového krále.

Do střeženého vězení Kryptárium se vblíží křišťáloví robotičtí pavouci. S pomocí hologramu se ta stejná tajemná osoba s maskou Kabuki zjeví i Pythorovi a pozve ho do rady Křišťálového krále. Ten pozvání přijme a s pomocí křišťálových pavoůku z vězení uprchnou.

Když policejní konvoj převáží vězně, narazí na nedaleké auto a zastaví se. Z auta však vyjde Dareth v přestrojení za starého muže a zaměstná policii s tím, že má nefukční motor. Na druhé straně konvoje přijde Nya a osvobodí nindžy. Na místo odkud nindžové uprchli však později přijde vysoce respektovaný policejní maršal Ohař McChlubil a opět se začne rozsáhlé pátrání.

V poušti natrafí nindžové na auto budoucí zpěvačky jménem Sally. Ta auto ukradla svému tátovi. Nindžy však začne pronásledovat policejní vrtulník, spolu s 2 policejními auty kde je i Ohař McChlubil. Nechtěně, ve snaze uniknout policii, se auto se Sally a nindžy propadne do řeky. I tam je však pronásleduje policie. Nindžové pak unknou policii, výjdou na poušť a Sally dojde domů. Nindžové se pak vypraví do Ninjaga.

Druhá skupina nindžů spolu s bývalým vězněm Uprholem, se dozví o připravované křišťálové radě. Uvědomí si, že pokud zjistí jaký padouch bude pozván příště, mohou se za něj přestrojit a překazit plán Křišťálového krále. Zjistí že je to padouch jménem Mechanik. Nindžové napadnou Mechanika a svážou ho. Lloyd v přestrojení za Mechanika je pozván do rady Křištálového krále.

Lloyd v přestrojení za Mechanika následuje křišťálového pavouka do základny rady Křišťálového krále, která sa nachází za zdí v zapomenuté podzemní lince. Na základně se pak nachází další metro které odveze Lloyda přímo do centrály rady. Nindžové pak následují Lloydův signál, avšak v dodávce kde je svázan pravý Mechanik, vypukne bitva. Dodávka se převrátí a Mechanik uprchne. Vypukne pak další bitva, tentokrát v lince metra. Tam Mechanik nindžy poráží, avšak křišťálový pavouk rozpozná tvář pravého Mechanika, což ho zaskočí. Mechanik posléze skočí na vlak a chystá se jít na radu Křišťálového krále. Lloyd v přestrojení se setká s padouchy rady - s Aspheerou, Vangelisem, Pythorem a Mistrem F, který býval Mistr E, avšak v 9. sérii byl zničen Garmadonem. Do místnosti přichází tajuplná osoba s maskou Kabuki která rychle odhalí Lloyda v přestrojení. Vypukne boj který Lloyd prohraje a odhalí se že osoba s maskou Kabuki je Harumi. Lloyd je posléze zajat.

Harumi vypráví o tom jak se vrátila. Když s ní v 9. sérii padla budova, dá se říct že zemřela, avšak v říši zesnulých za ní přišel Overlord který jí nabídl že pokud mu bude sloužit, oživí jí. Harumi souhlasila a Overlord jí oživil. Dal jí do rukou krystal a nasměroval jí do chrámu Oni kde krystal položila a Overlord nadobudl dočasnou podobu unvnitř krystalu. Na rozkaz Overlorda, tedy Křišťálového krále, začala Harumi verbovat bývalé padouchy a budovat armádu z kamene pomsty který byl těžen v Shintaru kde vládl král Vangelis. Lloyd se Harumi přizná, že k ní stále něco cítí a že když s ní padla budova, Lloyd jí ihned po osvobození Ninjaga šel hledat, ale nenašel jí.

Ohař McChlubil který stále pátra po nindžích, se zastaví u kláštera Mistra Wu, a sice základny celého tímu. Wu mu však o poloze nindžů nic neřekne. Mezitidím Lloyd zajat na základně Overlorda, je spoután řetězy z kamene pomsty, nad jámou s lávou. Chce přesvědčit Harumi aby si vše rozmyslela, avšak je jen znovu zmanipulován. Když jí Lloyd řekne že určitě nechce aby byli zraněni nevinní lidé. To jí však rozčílí a ovládne jí temnota. Lloydovi řekne že je jako jeho otec Garmadon, má i temnou stranu Oni. Poté Harumi posíla křišťálové pavouky aby zneškodnili nindžy kteří se snaží najít Lloyda. Útok přežijí, ale zůstanou uvězneni ve vozu v podzemí.

Wu, Pixal, Nya a Skylor se na základně snaží vyhledat nindžy kteří zůstali uvězneni v podzemí. V tom je však nepříjemně překvapí příchod Pythora, Vangelise, Aspheery a Mechanika. Ti si přišli po zlaté zbraně, které jim však Wu odmíta dát a vypukne ostrý boj. Bitvu nakonec vyhrají padouši, kteří si vezmou zlaté zbraně potřebné pro přivedení Overlorda. Aktivují i výbušniny umístěny v křišťálových pavoucích. Mini-robot který vyrobila Pixal, vytáhne Wua, Pixal a Skylor pryč z kláštera. Nya tam však zůstane a probudí se jen chvilku před výbuchem. Klášter vybouchne a je srovnán se zemí, Nyi se však podařilo uniknout a vydá se hledat nindžy.

Vangelis, Mechanik, Pythor a Aspheera dorazí s ukradenými zlatými zbraněemi na základnu Overlorda. Lloyd konfrontuje Harumi že za všechno jednou zaplatí. Mezitidím Nya osvobodí uvězněné nindžy a řekne jim že za celým plánem je Harumi, což nindžy dost zaskočí, protože si mysleli že zemřela v 9. sérii. Posléze se začne rituál který provede Aspheera se zlatými zbraněmi a za přítomnosti Generálů Vangelise, Mechanika, Mistra F a Pythora. Zlaté zbraně promění v zbraně destrukce a spolu s Harumi přivolají Overlorda který nadobude podobu smrtelníka se 4 rukami a zvláštní maskou připomínající masku Oni.

Master Wu and the ninjas plot a heist at the police impound lot to take back the Bounty. In Primeval's Eye, Lloyd and Harumi traverse the jungle.

The Overlord realizes that an attempt to destroy the ninjas could unleash their powers and thinks of a new plan. Lloyd and Master Wu chase a lead.

At the home of Vinny of NGTV News, Lloyd and Master Wu discover a most unexpected houseguest and listen to his curious tale.

As the ninjas battle the seemingly invincible Vengestone army, Master Wu and Lloyd outline a possible path to victory.

Pixal makes some modifications to the ninjas' vehicles, and they head out into battle. But the Overlord has been holding back.

As the battle against the Crystal King rages on, Nya is trapped beneath the rubble. The Paperkids spring into action to defend Ninjago City.

Lloyd saves Hounddog McBrag, Master Wu learns of an ancient prophecy and Pixal and a damaged Zane run into convicts who escaped from Kryptarium Prison.

Skylor helps Cole and Kai out of a tough spot. After running into Jake at the arcade, they all follow Master Wu's clues to the Paperkids hideout.

Kai attempts to define his relationship with Skylor... but his timing might be off. Dr. Borg tells Pixal that Zane is in a coma.

The ninjas split up to try and send distress signals to their allies. Lloyd wonders if Garmadon is capable of "complassion" after all.

Master Wu explains the Dragon form — but the ninjas don't have much time to figure it out after the Overlord learns their whereabouts.

Lloyd and Garmadon meet the Overlord in an epic showdown. The ninjas get help from their allies to defeat the Vengestone army — but it may be too late.

Thanks to the sacrifices made by his loved ones and fellow ninjas, Lloyd taps into a deep, ancient power to vanquish the Overlord.