Les Ninjas font face à un nouvel ennemi, Miss Dynamite, qui fait de la contrebande de Pierres-Venges. Nya crée une tornade d'eau pour l'arrêter mais elle en perd le contrôle menaçant un village voisin. Les ninjas sauvent les habitants mais Miss D en profite pour s'échapper. De retour au monastère, les pouvoirs de Nya sont toujours incontrôlables. Contre sa volonté, Kai appelle leur mère à l'aide.

Maya veut tout faire pour Nya et l'aider à résoudre son "petit problème" par la discipline, une alimentation saine et de l'entrainement - ce qui met Nya très en colère. Zane et Pixal répondent à un appel de détresse en mer mais leurs véhicules évitent de peu la destruction par une énergie étrange . Ils trouvent sa source au fond de l'océan ; est-ce ce qui cause problème aux pouvoirs de Nya.

Nya, Jay, Zane et lloyd embarquent sur un nouveau sous-marin : le Bounty Aquatique pour trouver la source d'énergie qui perturbe les pouvoirs de Nya. Quand ils trouvent toutes leurs corvées faites, ils découvrent un passager clandestin : Maya.En approchant de la Tranchée Tartarus, la source de l'impulsion d'énergie, le sous-marin est attaqué, il coule au fond de l'océan à court de puissance.

Seule une source d’énergie peut faire repartir le Bounty Aquatique. Nya et Maya grimpent dans leurs combinaisons APS pour rejoindre cette source. Arrivées devant un vieux temple, elles font face à un nouveau méchant, le prince Kalmaar, qui tente de réveiller un ancien esprit maléfique. Il surprend Nya et Maya et les empêche de s’enfuir.

Nya et Maya sont retenues en otage par Kalmaar qui veut connaître la position de l'Amulette de Foudre. Celui-ci est interrompu par son père, le Roi Trimaar, qui le soupçonne d'être derrière le naufrage du Bounty Aquatique. Nya et Maya parviennent à s'échapper mais sont poursuivies par d'impitoyables requins-machette. Quant à Jay, il risque sa vie pour rétablir le courant dans le Bounty Aquatique.

Après que le Bounty Aquatique ai sauvé Nya et Maya, ils sont tous escortés à Merlopia pour rencontrer le Roi Trimaar. Mais Kalmaar trahit son propre peuple et présente le sninjas comme des fugitifs qui doivent maintenant s'enfuir du royaume. Benthomaar apprend la vérité à propos des intentions de son frère et comprend alors que les ninjas ne sont pas responsables.

Les ninjas survivent à l'inondation du palais mais sont poursuivis par des requins-machette. Benthomaar leur vient en aide et les conduit au hangar. Pendant la bataille, les ninjas parviennent à atteindre le Bounty Aquatique. Une course poursuite s'ensuit et Kalmaar et ses hommes tentent de couler le Bounty. Les ninjas s'échappent de justesse, avec un nouvel allié en la personne de Benthomaar.

Un flashback explore l'histoire tragique de Benthomaar et raconte comment le Roi Trimaar trouve le jeune Benthomaar et l'adopte. Bentho grandit et fait tout pour gagner l'affection de son frère qui le rejette et qui est obsédé par l'idée de trouver Wojira. Kalmaar finit par trahir la confiance de Benthomaar en le poussant à nager à travers des courants dangereux pour trouver le Temple de Wojira.

Les ninjas retournent sur l'île des gardiens pour les avertir du plan de Kalmaar. Ils convainquent leur chef de leur confier l'amulette de foudre pour la mettre à l'abri à Ninjago City, mais ils découvrent que celle-ci n'est qu'une copie. Soupçonnant Clutch Powers d'être derrière tout ça, les ninjas s'empressent de retourner au sous-marin et tombent dans une embuscade tendue par Kalmaar.

Kai, Ray, Cole, Wu et Misako reçoivent le message de Nya et se précipitent au Club des explorateurs pour récupérer l'amulette. Ils parviennent à résoudre l'énigme et entrent juste à temps pour combattre Kalmaar et ses guerriers qui veulent s'en emparer. Pendant ce temps, Benthomaar pousse Nya à utiliser son pouvoir de façon inattendue, ce qui leur donne une chance de regagner Ninjago City.

Antonia, une livreuse de journaux, décide de démissionner au moment où Nelson et elle croisent les ninja et le Prince Kalmaar. Pendant le combat, l'amulette roule aux pieds d'Antonia. Elle pédale à travers la ville en espérant la garder hors de portée des méchants. Kalmaar la rattrape et prend l'amulette, mais Antonia sauve Kai. Elle vient de se prouver que tout le monde peut faire la différence.

Le serpent apocalyptique Wojira émerge de la mer monté par Kalmaar lui-même et fait presque chavirer un petit chalutier de pêche. Au port de Ninjago, Glutinous explique à un pêcheur qu’il doit parler aux ninjas et affirme qu’il a quelque chose d’urgent à leur dire. Wu convoque Zane, Jay, Nya et Benthomaar au poste de police où le commissaire les attend.

L’inondation provoquée par Wojira met les habitants de Ninjago City en danger. Les ninjas entrent en action et tentent de venir en aide à toute personne assez malchanceuse qui n’a pas encore évacué la ville ou qui est piégée. Nya et Jay sauvent un bus de tourisme, Wu et Pixal sauvent Gayle Gossip et son caméraman à l’aide du Bounty, Lloyd sauve des enfants bloqués dans la salle Arcade de la ville et même Dareth se présente comme le ninja brun pour aider les habitants de Ninjago City.

Nya affronte Wojira et Kalmaar pour tenter de cesser le chaos qui règne dans la ville inondée. Le véhicule de Jay coule au fond de l’eau et est en très mauvais état, à tel point que de l’eau parvient à rentrer à l’intérieur de sa cabine. Jay tente de se libérer mais le hublot de son véhicule est coincé et ne veut pas s’ouvrir.

Le combat entre Nya et Wojira chevauchée par Kalmaar semble tourner à l’avantage de Nya mais c’est sans compter une attaque de Kalmaar qui fait disparaître Nya. Fou de rage, Jay saute sur la tête de Wojira et défie Kalmaar. Entre-temps, les ninjas arrivent pour aider Nya et se font attaquer par les Merlopians. Jay se fait repousser par Kalmaar mais Benthomaar attaque son frère à son tour, toujours sur la tête de Wojira.