Bei der Untersuchung eines Raubes entdecken die Ninja Prime Empire, ein legendäres, unveröffentlichtes Spiel. Jay startet das Spiel und löst einen Energieimpuls aus, der alle Spiele in Ninjago in Prime Empire-Spiele verwandelt.

Als die Ninja das Verschwinden von Jay mit Prime Empire in Verbindung bringen, machen sie sich auf den Weg zur Mayers Insel, wo sie hoffen, den Entwickler von Prime Empire zu finden. Sie stoßen jedoch auf etwas unerwartetes.

Die Ninja beschließen, das Spiel zu Cyrus Borg zu bringen, der ein schockierendes Geheimnis entdeckt. Währenddessen kämpfen die Ninja gegen einen entflohenen Mechaniker, um Level dreizehn zu erreichen und selbst ins Spiel zu gelangen.

Die Ninja betreten Prime Empire und entdecken eine Gruppe furchterregender Rot-Visiere, die den Ninja auflauern und sie in der Videospielwelt verfolgen.

Der Samurai Okino ist ein pflichtbewusster Krieger, der nicht weiß, dass Prime Empire ein Spiel ist, da er Teil dessen ist. Seine Aufgabe ist es, die Spieler durch die drei Gefahren von Terra Karana zur ersten Schlüsselklinge zu führen.

Angeführt vom Samurai Okino, machen sich die Ninja auf in den finsteren Wald der Verzweiflung, um dort die Schlüsselklinge zu finden.

Zusammen mit ihrem neuen Gefährten Okino erreichen die Ninja die Klippen der Panik. Der Samurai ist bedrückt: Er möchte seinen neuen Freunden helfen, aber fürchtet sich vor der Kontrolle von Unagami.

Unter der Führung von Okino machen sich die Ninja auf ins Labyrinth, in dessen Mittelpunkt der unbezwingbare Rote Drache über die Schlüssel-Klinge wacht. In dem Irrgarten lauern unzählige gefährliche Fallen.

Die Ninja wollen sich die zweite Schlüsselklinge sichern. Das funktioniert aber nur, wenn sie beim lebensgefährlichen Fünf-Milliarden-Wettrennen den Sieg einfahren. Dafür fehlt ihnen jedoch das notwendige Startgeld.

Um am Fünf-Milliarden-Rennen teilnehmen und die nächste Schlüsselklinge gewinnen zu können, brauchen die Ninja eigene Rennwagen. Sie bitten den Mechaniker Scott um Hilfe.

Die Ninja und Fahrerin Sieben bereiten sich auf das Fünf-Milliarden-Wettrennen vor, das in Kürze losgehen soll. Unterdessen haben Rot-Visiere den geheimen Unterschlupf entdeckt und greifen ihn an.

Verzweifelt über den Verlust von Cole und Kai dringen die überlebenden Ninja in die dritte und letzte Spielzone von Prime Empire vor – Terra Dronica

Zane und Pixal besuchen einen Freund aus Milton Mayers Kindheit, der ihnen erzählt, dass Mayer früher oft ein altes Gamecenter namens Buddy’s Pizza besucht hat. Sie machen sich auf den Weg dorthin, um nach Mayer zu suchen, treffen jedoch auf den Mechaniker, der Zane entführt. Als Pixal Milton Mayer endlich findet, hat dieser andere Dinge zu tun.

Die Schergen des Mechanikers nehmen Meister Wu gefangen und bringen ihn in sein Lager. Der Mechaniker benutzt Wu als Druckmittel, um Zane zu zwingen, den Standort des Motherboards zu enthüllen, das er zum Öffnen des Portals benötigt. Doch Wu gelingt es, einen GPS-Ortungssender zu aktivieren, der Pixal seinen Standort verrät.

Jay und Nya erreichen das oberste Level des Tempels, wo sie ein nettes kleines Sushi-Restaurant finden. Sie werden von mehreren bösen Sous-Chefs angegriffen, darunter auch Meister Sushimi! Nachdem Nya in einem Überraschungsangriff von hinten besiegt wird und Jay nun allein ist, gelangt er ins Innere des Tempels. Dort stellt er sich Unagami, der Jay seine wahre Identität offenbart. Er ist nicht Milton Mayer, sondern das Spiel selbst.

Unagami transformiert sich durch das Portal der Realität nach Ninjago und verwandelt sich in einen Drachen. Jay erreicht Ninjago kurz darauf auf dem Rücken des blauen Cyber-Drachens und es kommt zu einem Luftkampf, in dem Jay Unagami auf den Borg-Turm lockt, wo sie auf Milton Mayer treffen.