Ninjat tutkivat ryöstöä ja löytävät legendaarisen julkaisemattoman pelin, joka ottaa Ninjagon kaikki muut pelit hallintaansa.

Ninjat yhdistävät Jayn katoamisen Prime Empireen ja lähtevät Dyerin saarelle hakemaan vastauksia pelin suunnittelijalta, erakkomaiselta Milton Dyerilta.

Cyrus Borg saa selville järkyttävän salaisuuden Yli Impperiumista. Ninjat taistelevat karannutta Mekaanikkoa vastaan yrittäessään päästä tasolle 13.

Ninjat ovat täysin vieraalla maalla yrittäessään löytää Jayn ja vältellä Punavisiirien armeijaa Yli Impperiumi -pelin sisällä.

Okino-nimiseltä samurailta on loppua usko itseensä eräällä pelialueella, sillä hän ei millään tunnu onnistuvan johtamaan mestareita voittoon.

Ninjojen on saatava kolme avain-tanaa pysäyttääkseen Unagamin. Niistä ensimmäinen on kätketty yhteen Yli Impperiumin vaarallisimmista ympäristöistä.

Ninjat yrittävät piristää Okinoa ja saapuvat Hysterian kallioille, joille heidän pitäisi jollakin konstilla kyetä kiipeämään.

Terra Karanan pelialueella samuraiopas Okinon on valittava auttaako hän ninjoja vai totteleeko mestarinsa Unagamin käskyjä.

Ninjoille selviää, että toisen avain-tanan voi saada vain voittamalla kilpa-ajon Terra Technicassa – ja että heidän on löydettävä kilpa-autonsa yllättävillä tavoilla.

Ninjat valmistautuvat rankkaan rallikisaan. Lloyd tapaa rallikuskin nimeltä Seitsemän, jolla saattaa olla avain voittoon.

Punavisiirit, Unagamin sotilaat, saavat lopulta selville Scottin salaisen autotallin sijainnin – ja hyökkäävät siellä ninjojen kimppuun.

Ninjoilla on hädin tuskin aikaa surra kaatuneita ystäviään, kun he jo joutuvat keskelle Terra Dominan kaaosta.

Ninjago Cityyn palattuaan Zane ja P.I.X.A.L. lähtevät kiertämään katuja löytääkseen Milton Dyerin, mutta sitten heille selviääkin asioiden todellinen laita.

Jayn on kohdattava Unagami yksin loppupelissä, mutta Unagamilla on edessään sitäkin suurempi kamppailu – hänen on hyväksyttävä totuus omasta identiteetistään.

Unagami murtautuu todelliseen maailmaan ja alkaa terrorisoida Ninjagoa. Jay, Zane ja P.I.X.A.L. yrittävät estää katastrofin viemällä Unagamin luojansa luo.